가.주식회사 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 2012.7.26. 학교법인 OOO(이하 OOO이라 한다)과 OOO외 1필지 토지 4,819.9㎡ 및 그 지상 2개동의 건축물 21,795.16㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대한 자산양수도계약을 체결하고, 같은 날 매수자인 OOO은 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 청구인들은 OOO이 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였음에도 잔금을 지급하지 않는 등 계약을 불이행하여 해제 사유가 발생하자 OOO을 상대로 서울중앙지방법원에 “진정명의회복을 위한 소유권이전등기청구 등”의 소를 제기한 결과, 2014.4.9.서울중앙지방법원의 조정조서(2013가합518875)에 따라 이 건 부동산의 소유권을 회복함에 따라 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보아 청구인 주식회사 OOO는 이 건 부동산의 건축물에 대하여, 청구인 OOO는 이 건 부동산의 토지에 대하여 2014.4.29. 아래 <표1>과 같이 각각 취득세 등을 신고·납부하였다.

<표1> 청구인들의 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 신고·납부내역

(단위 : 원)

다. 청구인들은 2014.6.26. OOO의 잔금 미지급으로 인하여 계약이 해제된 이 건 부동산을 진정명의회복을 통한 소유권을 원상회복하는 과정에서 신고·납부한 취득세 등을 환급하여 줄 것을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.7.3. 이를 거부하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2014.8.29. 심판청구를 제기하여 2015.2.16. 우리 원으로부터 “ 「지방세법」제6조 제1호의 취득세 과세대상이 되는 부동산의 취득에 해당되지 않는다.”는 취소 결정을 받아 이미 납부한 취득세 등을 전액 환급받았다.

마.처분청은 2017.3.22. 청구인들에게 아래 <표2>와 같이 등록면세를 각각 부과·고지하였다.

<표2> 등록면허세 부과·고지 내역

(단위 : 원)

바. 청구인들은 이에 불복하여 2017.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1)진정한 등기명의의 회복을 위한 소유권이전등기청구는 이미 자기 앞으로소유권을 표시하는 등기가 되어 있었거나 법률에 의하여 소유권을 취득한 자가 진정한 등기명의를 회복하기 위한 방법으로 현재의 등기명의인을 상대로 그 등기의 말소를 구하는 것에 갈음하여 허용되는 것인데, 말소등기에 갈음하여 허용되는 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기청구권과 무효등기의말소청구권은 어느 것이나 진정한 소유자의 등기명의를 회복하기 위한 것으로서실질적으로 그 목적이 동일하고 두 청구권 모두 소유권에 기한 방해배제청구권으로서 그 법적근거와 실질이 동일(대법원 2003.3.28. 선고 2000다24856 판결 등)하다.

(2) 소유권 방해상태를 제거하는 행위에 불과한 소유권말소등기(그 밖의 등기)에 대한 등록면허세가 건당 OOO천원에 불과한 반면, 소유권이전등기에 대한 등록면허세는 고율의 세율에 의한 세금을 부과하고 더욱이부동산 가액을 기준으로 부과하는데, 그 이유는 소유권 방해 제거의 등기에 불과한 말소등기와 달리 소유권이전등기는 소유권 변경에 관한등기이고, 최소한 등기상으로는 소유권 이전이라는 ‘권리의 변경’이 있기 때문이다.

(3) 즉, 당해 소유권이전등기가 무효이거나 등기상의 소유관계와 실체상의소유관계가 불일치하는 경우에도 OOO소유권 이전에 관한 등기를 할 경우에는 「지방세법」제28조 제1항 제1호 나목의 세율이 적용되는 것이맞지만, 실질상 소유권말소등기와 동일하고 소유권말소등기에 갈음하여이뤄지는 “진정명의 회복을 원인으로 한 소유권이전등기”는 형식적으로는소유권이전등기이지만 실질은 소유권의 변경을 위한 등기가 아니므로 소유권 말소등기에 해당하는 같은 법 제1호 마목의 ‘그 밖의 등기’세율을 적용하는 것이 타당하므로,결국 실질적으로 소유권의 설정, 변경에 관한 등기가 아니라 소유권소멸에 관한 등기에 불과한 이 사건 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기에 관하여, 단순히 등기상의 표시가 ‘소유권이전등기’라는이유만으로 청구인들에게 소유권이전등기에 대한 세율을 적용하여부과한 이 사건 과세처분은 실질과세원칙에 부합하지 않으며, 「지방세법」제23조 제1호 및 제28조 제1항 제1호 마목의 규정에 위반되는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

「지방세법」제23조에서등록이란 ‘재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외한다.’고 규정되어 있고,등록면허세는 재산권 기타 권리의 설정·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기·등록이란 단순한 사실의존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 등기 또는 등록의 유·무효나실질적인 권리귀속 여부와는 관계없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는그 등기·등록에 따른 등록면허세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다(대법원 2002.6.28. 선고 2000두7896 판결 참조)할 것이므로 이 사건 등기가 비록 진정명의회복에 따른물권변동의 외관을 제거하기 위한 것으로서 그 실질이 말소등기와 같다고하더라도, 소유권이전등기를 받은청구인들을 「지방세법」제24조에서정한 등록면허세 납세의무자로보아야 하고 이 건 부동산 등기부등본의 등기목적이 말소가 아닌소유권이전이므로 ‘무상으로인한 소유권 이전 등기’로 보아 「지방세법」제28조 제1항제1호나목2)에 따라 1,000분의 15의 세율(서울고등법원 2013.9.5.선고 2013누4929 판결 및 지방세운영과-2271, 2016.9.2. 참조)로 계산한 등록면허세 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

진정명의회복에 의한 소유권이전등기에 따른 등록면허세율을무상으로인한 소유권이전등기(부동산 가액의 1천분의 15)세율을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

지방세법[2014.5.20. 법률 제12602호로 개정 전의 것]

제23조【정의】등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.

가. 광업권 및 어업권의 취득에 따른 등록

나. 제15조 제2항 제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록

제24조【납세의무자】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

1. 등록을 하는 자

제28조【세율】① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 부동산 등기

나. 소유권의 이전 등기

2) 무상으로 인한 소유권 이전 등기 : 부동산 가액의 1천분의 15.다만, 상속으로 인한 소유권 이전 등기의 경우에는 부동산 가액의 1천분의 8로 한다.

마. 그 밖의 등기 : 건당 6천원

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인들이 제출한 증빙자료를 보면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인 OOO는 1998.9.30. 이 건 부동산의 토지 4,819.9㎡를 매매를 원인으로 취득하였고, 청구인 OOO가 대표이사로 있는 주식회사 OOO는 2009.2.5. 이 건 부동산의 토지상에 2개동의 의료시설용 건축물 21,795.16㎡를 신축하였다.

(나) 청구인들과 OOO은 2012.7.26. 이 건 부동산 및 청구인들이 계약을 체결하거나 점유·관리하고 있는 장비들 일체를 매매가액 OOO[㉠ 부동산 OOO억원(건물 OOO토지 OOO㉡ 장비 OOO)에 양도·양수하기로 하는 자산양수도 계약을 체결하였다.

(다) 이 건 부동산의 자산양수도 계약에 따르면, 이 건 부동산의 매매대금 중 OOO억원은 이 건 부동산에 대한 근저당채무를 OOO이 승계하고, OOO억원은 매도인(청구인들)의 계좌로 입금하며 잔금 OOO만원에 대해서는 거래완결일로부터 5년이 경과하는시점까지 60회로 분할하여 지급하되, 그 지급방법으로 매월OOO을 거래완결일로부터 30일이 되는 날부터 지급하기로 하였다.

(라) 청구인들은 이 건 부동산의 매수자 OOO이 자산양수도 계약에 따른 분할대금 중 1회 차OOO를 지급한 후, 2회 차 이후부터는 지급을 이행하지 아니함에 따라 서울중앙지방법원의 부동산처분금지가처분 결정(2013카합553 및 2013카합795)을 받아 2013.3.29. 이 건 부동산에 대하여 ‘계약해제로 인한 진정명의회복을 위한 소유권이전등기권’을 피보전권리로 하여 가처분등기를 경료한 사실이 부동산등기부 등에 의하여 나타난다.

(마) 청구인들은 2013.5.3. 이 건 부동산의 매수자 OOO을 상대로 서울중앙지방법원에 “진정명의회복을 한 소유권이전등기청구 등”의 소를 제기하였고, 2014.4.9. 양 당사자 간에 조정이 성립됨에 따라 서울중앙지방법원 제20민사부는 아래와 같은 내용의 조정조서(2013가합518875)를 작성하였다.

(바)청구인들은 서울중앙지방법원의 조정조서에 따라 2014.4.30.이 건 부동산에 대한 취득세 등을 신고·납부한 다음 같은 날 ‘진정명의회복’을 원인으로 하여 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

(사) 청구인들은 2014.6.26. 이 건 부동산을 새로이 취득한 것이 아니라 매수인이 계약을 이행하지 아니함에 따라 매수인의 소유권이전등기를 말소한 후, 청구인들이 소유권을 원상회복하는 과정에서 취득세 등을 신고·납부한 것이므로 이미 신고·납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.7.3. 이를 거부하자 이에 불복하여 2014.8.29. 심판청구를 제기하여 2015.2.16. 우리 원으로부터 “ 「지방세법」제6조 제1호의 취득세 과세대상이 되는 부동산의 취득에 해당되지 않는다.”라는 취득세 등의 취소 결정을 받아 이미 납부한 취득세 등을 전액 환급받았다.

(아)처분청은 2017.3.22. 청구인들에게 <표2>와 같이 등록면세를 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제23조 제1호에서 ‘등록’이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말하되, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하도록 하고 있다. 한편 같은 법 제24조 제1호에서는 등록을 하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다고 규정하면서, 같은 법 제28조 제1항 제1호 나목 1)과 2)에서 유상으로 인한 소유권 이전 등기는 부동산 가액의 1천분의 20, 무상으로 인한 소유권 이전 등기는 부동산 가액의 1천분의 15를 등록면허세 세율로 규정하고 있다. 위와 같이 같은 법 제23조 제1호에서 등록면허세의 과세대상이 되는 등록에 대하여 규정하면서 그 단서에서 취득을 원인으로 이루어지는 등기를 제외하도록 규정하고 있으나, 취득을 원인으로 이루어지는 등기에 해당되지 아니하는 경우에는 여전히 등록면허세 납세의무가 발생한다고 보아야 할 것이다.

등록면허세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 사실의 존재를 과세대상으로 하여 이를 받는 자에게 부과하는 조세로서 그 등기 또는 등록 유·무효나 실질적인 권리 귀속의 여부와는 관계가 없다 하겠다(대법원 2014.12.24. 선고 2014두12741판결, 같은 뜻임).

법원(2013가합518875)은 이 건 부동산에 대하여 진정명의회복을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라고 조정한바, 이는 무상승계취득에 의한 등기로서 「지방세법」제28조 제1항 제1호 나목 2)에 의한 세율(부동산가액의 1,000분의 15)로 등록면허세 등을 납부하는 것이 타당하므로청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제96조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.