2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2009. 3. 19. 원고에게 한 2003년 귀속 농어촌특별세 135,606,300원의 부과 처분 및 2009. 9. 10. 원고에게 한 2004년 귀속 농어촌특별세 286,540,100원, 2005년 귀속 법인세 942,063,990원, 2006년 귀속 법인세 982,132,690원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 원고는 1999. 6. 14. 모터류 및 발전기 등 자동차 부품의 제조 ・ 판매를 주된 사업목적으로 설립된 외국인투자법인이다.

나. 원고는 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제121조의2 제1항, 제2항에 따라 Start-Motor와 Alternator 제품 판매사업으로 인한 소득에 대한 법인세 중 설립연도 개시일부터 7년간은 그 전액을, 이후 3년간은 그 50%를 감면하는 '외국인투자법인세감면'(이하 줄여서 '외투감면'이라 한다)을 받게 되었으나, 2000, 2001 사업연도에는 결손금이 발생하여 2002 사업연도까지 감면받지 못하다가, 2003 사업연도부터는 구 조세특례제한법 제26조 등에 따른 '임시투자세액 공제'와 동시에 감면 및 공제를 적용받게 되었다.

다. 원고는 2003 내지 2006 사업연도 법인세를 신고 ・ 납부하면서 아래와 같이 원고 법인의 산출세액에서 먼저 외투감면을 한 후 구 조세특례제한법 제26조 등에 따른 임시투자세액공제를 적용하였다.

라. 피고는, 원고와 달리 산출세액에서 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제를 먼저 한 후 최저한세가 적용되지 아니하는 외투감면을 하여 세액을 산출하여, ① 2009. 3. 19. 원고에게 2003년도 귀속 농어촌특별세 149,166,930원을 경정 ・ 고지하였는데, 원고가 2009. 6. 16. 이의신청을 하자 위 세액 중 선고불성실가산세 13,560,630원 부분이 취소되어 세액은 135,606,300원으로 감액되었고, ② 2009. 9. 10. 원고에게 2004년 귀속 농어촌특별세 286,540,100원, 2005년 귀속 법인세 942,063,990원, 2006년 귀속 법인세 982,132,690원을 각 경정 ・ 고지하였다(이하 위 ①, ② 처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 22. 조세심판원에 심판청구하였으나 2010. 12. 31. 모두 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑

제4 내지 7, 12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

아래와 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

(가) 법인세법 제59조에 따르면, 공제감면은 ① 세액감면, ② 세액공제의 순서로 하여야 함에도 불구하고, 피고가 이와 달리 ① 세액공제, ② 세액감면의 순서로 계산하였다.

(나) 피고는 경정청구에 대한 결과통지, 심판청구에 대한 직권경정 및 세무조사 결과통지 등에서 공적인 견해표명을 한 후 이와 모순되는 이 사건 처분을 하였으므로 세법상 신의성실의 원칙에 반한다.

(2) 피고의 주장

(가) 외투감면은 '최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면'이고, 임시투자세액공제는 '최저한세가 적용되는 세액공제감면'인데, 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정은 내국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대하여 '최저한세가 적용되지 않는 세액공제 감면 등'을 적용하기 전 단계에서 '최저한세가 적용되는 세액공제감면'을 적용하여 법인세를 계산하기 위한 규정이어서, 공제감면의 순서를 정한 법인세법 제59조의 특별규정에 해당하므로, 위 제132조에 따라 ① 최저한세가 적용되는 임시투자세액 공제, ② 최저한세가 적용되지 않는 외투감면의 순서로 공제, 감면한 것은 적법하다.

(나) 경정청구에 대한 결과통지나 임시투자세액공제의 요건에 해당하는 설비자산의 적정 여부 등을 검토하고 그 결과를 통보한 것은 세액공제감면의 적용순서에 대한 공적인 표명이 아니고, 설사 견해표명에 해당하더라도 합법성의 원칙을 희생하면서 신뢰를 보호하여야만 할 원고의 행위가 없었으므로, 이 사건 처분은 세법상 신뢰보호 원칙에 위반되지 않는다.

나. 관계 법령

별지 '관계 법령' 기재와 같다.

다. 판단

(1) 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 구 조세특례제한법 제132조의 최저한세 규정이 적용되는 임시투자 세액공제와 위 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외투감면이 동시에 적용되는 경우의 공제감면 순서와 ② 이 사건 처분의 세법상 신의성실의 원칙 위반 여부이다.

(2) 공제감면 순서

(가) 관계 규정

1) 구 법인세법 제59조(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)에 따르면, 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 ① 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면, ② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ③ 이월공제가 인정되는 세액공제 순서로 적용하여야 하는데, 임시투자세액공제는 구 조세특례제한법 제144조, 제26조에 따라 '④ 이월공제가 인정되는 세액공제'에 해당한다.

2) 구 조세특례제한법 제132조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제126조 제2항에 따르면, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세・가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 구 조세특례제한법 제132조 제1항 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 같은 항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산업 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 15를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니하고, 여기서 본문의 '대통령령이 정하는 세액공제 등'이라 함은 법인세 감면 중 구 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제 ・ 세액면제 및 감면을 말하는데, 외투감면은 이에 해당한다.

"3) 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제3호 [별지 제3호 서식] '법인세 과세표준 및 세액조정계산서'는 '<120> 산출세액에서 최저한세가 적용되는 세액공제감면인 '<121> 공제감면세액(r)'을 빼서 '<122> 차감세액'을 산출하고, 위 '<122> 차감세액'에서 최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면인 '<123> 공제감면세액(ㄴ)'과 '<124> 가산 세액을 가감하여<125> 가감계'를 산출하도록 작성되어 있다.",4) 이 사건 처분 후인 2010. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법(2010. 3. 12 법률 제10068호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 조세특례제한법'이라 한다) 제132조 제3항은, 조세특례제한법을 적용할 때 조세특례제한법 제132조의 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건의 경우, 아래와 같은 사정을 종합하면, 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정에도 불구하고, 구 법인세법 제59조에 따라 임시투자세액공제에 앞서 외투감면을 먼저 하여야 한다고 보는 것이 타당하다.

1) 외투감면은 구 법인세 제59조 제1항 제1호에 정한 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면에 해당하고, 임시투자세액공제는 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에 정한 '③ 이월공제가 인정되는 세액공제'에 해당하므로, 법인세법 및 다른 법률에서 적용 순위에 관한 '별도의 규정'이 없으면 임시투자세액공제보다 외투감면이 먼저 적용되어야 한다.

2) 구 조세특례제한법 제132조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제2항의 각 규정은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 하지 아니하고 산출한 세액에서 '최저한세가 적용되는 감면 등'을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있는데, ① 법문상 '최저한세가 적용되는 감면 등의 한도'를 정하는 방법을 규정하고 있을 뿐, 최저한세가 적용되지 않는 감면와의 적용순서를 직접적으로 표현하고 있지 않는 점, ② 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 먼저 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 하지 아니한 세액을 산출할 것을 전제로 하고 있는데, 이는 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에서 다시 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하는 것은 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 이중으로 하는 셈이 되므로 '최저한세 적용대상인 감면 등'은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점 에서 그 취지를 별도로 규정하지 않았고, '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 할 것 인지 여부만을 규정한 것으로 보이는 점, ③ 이 사건과 달리 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'이 소액이고, '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'과 '최저한세 적용대상인 감면 등'이 모두 적용되어도 납부할 세액이 있어 이월공제액이 발생되지 않는 경우에는, 감면 등의 적용순서의 차이에도 불구하고 세액에 별다른 차이가 없고, 나아가 이 사건과 같이 감면 등의 적용순서의 차이에 따라 이월공제액에서 차이가 발생하는 경우에도, 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로, 구 조세특례제한법 제132조의 규정에 최저한세제의 산출과 연관된 '감면의 적용순서'가 내포되어 있다고 보기 어려운 점, ④ 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제4항은 납세의무자가 신고한 법인세액이 최저한세에 미달하여 법인세를 경정하는 경우에 '최저한세 적용대상인 감면 등'의 범위 내에서 배제순서를 정하고 있는 규정인 점 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제132조에 정한 최저한세가 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 '별도의 규정'으로 보기 어렵다

3) 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제3호 [별지 제3호 서식] '법인세 과세표준 및 세액조정계산서'는 법인세법 제60조 제2항 제2호, 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제97조 제3항에서 법인세의 신고 ・ 납부에 필요한 행정절차로서 규정한 작성 서식일 뿐이므로, 상위법령인 구 법인세법 제59조가 정한 공제감면의 적용순서의 예외를 정한 '별도의 규정'으로 볼 수 없다

4) 개정 조세특례제한법 제132조 제3항은 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정하였으므로 이에 따르면 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제가 최저한세가 적용되지 않는 외투감면에 앞서 적용되어야 하고, 따라서 위 규정은 구 법인세법 제59조와 달리 별도의 감면순서를 정한 것인데, 헌법 제59조가 정한 조세법률주의의 원칙에 비추어 볼 때 위 신설 규정은 구 법인세법 제59조와 구 조세특례제한법 제132조 제l항의 해석상 위 규정이 당연히 도출됨을 전제로 하여 감면순서를 확인하는 의미에서 규정한 것으로 볼 수는 없고, 구 법인세법 제59조가 정한 감면순서의 예외를 새로 정한 것으로 보아야 한다. 따라서 위 규정은 이 사건 법인세의 사업연도 및 이 사건 처분 후에 신설되었으므로 이 사건 처분에는 적용되지 아니한다.

(다) 소결

따라서 피고가 외투감면에 앞서 임시투자세액공제를 먼저 한 것은 위법하므로 이 사건 처분은 취소되어야 하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 있다(위와 같은 하자는 이 사건 처분을 취소하기에 충분하므로 원고의 나머지 주장에 대하여는 판단하지 않기로 한다).

3. 결론

원고의 청구를 인용한 제1섬판결은 정당하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 기각한다.