구 조세특례제한법 제85조 (지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1984. 12. 11. ○○시 ○○동 492-1 제방 465㎥, 같은 동 493-1 제방 798㎥(이하 위 부동산들을 합쳐 '이 사건 부동산'이라 한다.)를 각 취득하고 이를 보유하여 왔다.

그런데 이 사건 부동산이 소재한 ○○시 일대는 2003. 5. 29. 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제96조 제1항 제6호의2에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 지역(이하 '지정지역'이라 한다.)으로 지정되었고, 그에 따라 이 사건 부동산은 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 부동산에 해당하게 되었다.

나. ○○남도지사가 2004. 8. 30. ○○남도고시 제2004-168호로 이 사건 부동산이 포함된 ○○시 ○○동 일원에 대하여 ○○○○지구 도시개발구역지정 및 개발계획수립을 고시하면서 주식회사 ○○종합건설을 사업시행자로 지정하자, 원고는 2004. 10. 21. 주식회사 ○○종합건설에 이 사건 부동산을 양도하였다.

다. 원고는 2004. 12. 31. 피고에게 위 양도에 따른 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 양도소득 과세표준 198,615,360원의 예정신고를 하면서 이에 따른 양도소득세 56,891,360원을 납부하였다.

라. 한편 조세특례제한법이 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되면서 같은 법 제85조로 지정내역 내의 공익사업용 부동산에 대하여는 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에도 불구하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 양도소득세 과세특례규정(이하 '이 사건 특례규정'이라 한다.)이 신설되었다.

마. 원고는 이 사건 특례규정이 이 사건 부동산의 양도에도 적용될 수 있음을 알게 되자, 2006. 2. 21. 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 피고에게 예정신고상의 과세표준 및 세액을 기준시가에 의하여 산정된 과세표준 61,809,380원, 세액 10,969,679원으로 경정하여 줄 것을 청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다.)하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2006. 3. 30. '구 조세특례제한법(2005. 12. 31. 법률 7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)제85조 규정에 의하면 원고는 양도소득 과세표준의 확정신고기한인 2005. 5. 31.까지 기준시가에 의한 양도차익을 신고하여야 하고, 확정신고기한이 경과한 이후에는 기준시가에 의한 양도차익의 신고가 불가하다.'라는 취지의 사유를 들어 이 사건 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

이 부분에서 당원이 설시한 부분은 제1심 판결 이유란 '2. 본안전 향변에 대한 판단'기재 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 이 사건 특례규정에 따라 기준시가에 의하여 산정하여야 함에도 원고는 이 사건 특례규정이 시행되기 전에 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의하여 실지거래가액을 기준으로 과세표준 및 세액을 예정신고하였는바, 이는 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구사유에 해당한다. 그럼에도 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

또한 원고는 이 사건 경정청구 전에 국세종합상담센터로부터 "확정신고기한 이후에도 경정청구가 가능하다."는 취지의 회신을 받아 이를 믿고 경정청구를 한 것이므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에도 반하여 위법하다.

(2) 피고

이 사건 특례규정은 단서에서 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 실지거래가액으로 양도소득세를 산정하도록 규정하였는데, 원고가 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 이 사건 부동산의 양도차익은 위 단서의 규정에 따라 실지거래가액에 의할 수밖에 없다. 따라서 이 사건 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 소정의 경정청구사유에 해당하지 않는다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

한편 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2, 제97조 제1항 제1호 가.목에 의하면, 지정지역 내의 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산을 양도하는 경우 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하나, 지정내역 내의 부동산을 '공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률' 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 이 사건 특례규정에 따라 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 있다. 이 사건 특례규정의 입법취지는 지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 인정함으로써 공익사업용 부동산에 대하여 납세자의 조세부담을 경감하여 공익목적을 달성하기 위한 부동산의 수용 등을 용이하게 하려는 데에 있다고 할 것이다. 다만, 이 사건 특례규정은 그 단서에서 구 소득세법 제96조 제1항 제6호, 제97조 제1항 제1호 가.목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그 신고한 대로 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는데, 이는 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정으로 해석함이 상당하다.

이 사건에서, 원고는 이 사건 부동산이 지정지역에 해당되어 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 따라 기준시가보다 높은 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 신고한 것으로, 이 사건 특정규례의 시행일인 2005. 1. 1. 이후 이 사건 부동산에 대한 양도소득세과세표준 확정신고기한인 2005. 5. 31.이 도래함으로써 이 사건 양도에 대하여도 이 사건 특례규정이 적용됨에 따라 원고로서는 양도소득과세표준 확정신고기한까지 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 신고할 수 있었음에도 이를 하지 않았으므로, 원고가 당초 예정신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당한다고 보아야 할 것이다(이와 같이 원고가 구 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 따라 실지거래가액에 의하여 양도차익 예정신고를 한 이상, 이 사건 특례규정 단서의 문언 및 그 취지에 비추어 볼 때 이 사건 양도의 경우에는 위 단서의 적용이 배제된다.)

따라서 원고가 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도차익을 신고함에 있어 실지거래가액에 의하여 산정한 양도차익을 신고한 것은 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당하므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

■ 국세기본법

제45조 의2 (경정등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

■ 구 조세특례제한법 (2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제85조 (지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일로부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경유를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

부칙<제7322호, 2004. 12. 31>

제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 해당호에 규정된 날부터 시행된다(각 호 생략).

제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준 확정신고기한이 도래한느 분부터 적용한다.

■ 구 소득세법 (2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

제97조 (양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

제105조 (양도소득과세표준 예정신고)

① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월, 다만, 국토의계획및이용에관한법률 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다.

제110조 (양도소득과세표준 확정신고)

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 끝.