2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

가. 원고 김○우, 김○훈, 김○민, 김○훈(이하 위 4인을 통틀어 '원고 김○우 등'이라 한다)은 2001. 6. 27. 자신들이 보유하고 있던 아래 표의 '쟁점주식'열에 기재된 각 해당 주식회사 ○○피(이하 '○○피'라 한다) 발행주식(이하 '쟁점주식'이라 한다)을 아래표와 같이 원고 장○원, 임○희, 김○호, 이○성(이하 위 4인을 통틀어 '원고 장○원 등'이라 한다)에게 각 액면가액인 주당 10,000원에 양도(이하 '1차양도'라 한다)하였고, 원고 장○원 등은 2004. 12. 31. 쟁점주식을 아래 표와 같이 원고 주식회사 ○○유화(이하 '원고 회사'라 한다)에 각 액면가액인 주당 10,000원에 양도(이하 '2차양도'라 한다)하였다.

나. 서울지방국세청장은 ○○피 등에 대한 조사를 통해, 1차양도에 따른 쟁점주식의 실제 취득자가 ○○피라는 전제 하에, ○○피가 1차양도를 통해 쟁점주식을 취득하면서 원고 장○원 등에게 명의신탁하여 두었다가 2차양도를 통해 원고회사에 재차 양도하였다고 보고, 피고들에게 과세자료로 통보하였다.

다. 이에 피고 북대구세무서장은, ○○피가 1차양도를 통해 특수관계자인 원고 김○우 등으로부터 쟁점주식을 저가매입한 후 2차양도를 통해 특수관계자인 원고회사에 저가양도한 것으로 보고, 법인세법상 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여, 1차양도에서의 양도가액(주당 10,000원)과 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 의하여 할증가산율 30%를 적용하여 평가한 가액(주당 517,453원)과의 차액 4,941,676,150원을 2001 사업연도 익금에 산입하고, 2차양도에서의 양도가액(주당 10,000원)과 위 보충적 평가방법에 의하여 할증가산율 15%를 적용하여 평가한 가액(주당 614,302원)과의 차액 5,866,584,100원을 2004 사업연도 익금에 산입하고 위 2001 사업연도 익금산입액에 해당하는 부분을 손금으로 인정하며, 2차양도에서 위와 같이 평가하여 나온 주당 614,302원으로 계산한 금액을 증권거래세의 과세표준인 양도가액으로 하여, 주문 제1항 기재와 같이 원고회사(2005. 12. 19. ○○피를 흡수합병하였다)에 대하여 2001사업연도 법인세, 2004사업연도 법인세, 2004. 12.분 증권거래세를 각 경정ㆍ부과하였다.

라. 또한 원고 김○우 등의 각 거주지를 관할하는 피고 용산세무서장, 강남세무서장, 남양주세무서장, 삼성세무서장은 원고 김○우 등이 특수관계자인 ○○피에 쟁점주식을 저가양도한 것으로 보고, 소득세법상 부당행위계산부인 규정 등을 적용하여, 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 의하여 할증가산율 30%를 적용하여 평가한 가액(주당 517,453원)을 양도가액으로 하여, 주문 제1항 기재와 같이 원고 김○우 등에게 각 양도소득세를 경정ㆍ부과하였다.

마. 또한 원고 장○원 등의 각 거주지를 관할하는 피고 송파세무서장, 금천세무서장, 동안양세무서장, 용인세무서장은 ○○피가 1차양도를 통해 쟁점주식을 취득하면서 원고 장○원 등에게 쟁점주식을 명의신탁하였다고 보고, 상속세 및 증여세법상 명의신탁재산의 증여의제 규정 등을 적용하여 위 법상 보충적 평가방법에 의하여 할증가산율 30%를 적용하여 평가한 가액(주당 517,453원)을 증여재산가액으로 하여, 주문 제1항 기재와 같이 원고 장○원 등에게 각 증여세를 부과하였다(이하 위 다.항에서의 법인세 및 증권거래세 부과처분, 위 라.항에서의 양도소득세 및 증여세 부과처분 등을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거 : 갑1호증의 1 내지 11, 을1호증의 1 내지 11, 을2호증의 1 내지 12, 을3, 4호증의 각 1 내지 11, 을5호증의 1, 2, 을6 내지 9호증, 을10 내지 13호증의 각 1, 2, 을 15호증의 1, 2, 을 16, 21호증의 각 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 주위적으로, 1차양도에서 쟁점주식을 실제 취득한 자는 ○○피가 아니라 원고 회사이고 원고 김○우 등과 원고회사는 특수관계자의 지위에 있지 않은바, 이와 달리 ○○피가 그 실제취득자임을 전제로 나온 이 사건 처분은 모두 위법하다. (2) 예비적으로, ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자라고 가정하더라도, 1차양도는 ○○피가 자기주식을 취득한 것이어서 상법 제341조에 위반되어 무효이고 이에 기한 2차양도도 무효이므로, 위 각 양도가 유효임을 전제로 나온 이 사건 처분은 위법하고, 가사 그렇지 않다 하더라도 1차 및 2차 양도는 저가양도에 해당하지 않으므로 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없으며, ○○피는 평가기준일 전 3개 사업연도 연속 결손법인에 해당하고 취득한 자기주식은 의결권이 없으므로 상속세 및 증여세법상 할증가산율의 적용대상이 아니며, 원고 장○원 등의 쟁점주식 취득과 관련하여 주주명부상 명의개서가 이루어진바 없으므로 명의신탁재산의 증여의제 규정이 적용될 수도 없는바, 이와 달리 보아 나온 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

소득세법 제1조 (납세의무)

소득세법 제101조 (양도소득의 부당행위계산)

소득세법 시행령 제98조 (부당행위계산의 부인)

상속세 및 증여세법 제41조의2 (명의신탁재산의 증여의제)

상속세 및 증여세법 제45조의2 (명의신탁재산의 증여의제)

다. 판단

1) 이 사건 각 법인세 및 증권거래세 부과처분에 대하여

먼저 이 사건 처분의 전제사실인 ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자인지 여부에 관하여 본다.

일반적으로 과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지는 경우에 한하여 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하도록 할 수 있을 뿐이라 할 것인바(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조), 위에서 든 증거 및 갑2호증의 1 내지 9, 을22호증의 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고 김○우 등은 과세관청으로부터 1차양도계약이 부당행위계산부인 대상임을 이유로 이에 따른 이 사건 양도소득세 부과예정통지를 받은 직후인 2006. 4. 5. 원고 장○원 등을 상대로 1차양도계약이 ○○피의 자기주식취득에 해당하여 무효임을 이유로 각 쟁점주식에 해당하는 주권의 반환을 구하는 소송을 제기하였다가 패소한 후 서울고등법원 2006나91324호로 항소하였고, 그 항소심에서 원고 김○우 등은 1차양도가 ○○피의 자기주식취득에 해당하여 무효임을 전제로 원고 장○원 등에게 쟁점주식 반환의무 이행불능에 따른 손해배상을 청구하는 것으로 소를 변경하였는데, 이에 대하여 위 법원은 2차양도에 따른 양도대금이 원고 장○원 등 명의의 은행계좌에서 ○○피 직원인 정○석 명의의 계좌로 입금되었다가 주식회사 ○○건업 명의의 계좌로 재차 입금된 후 최종적으로 ○○피 명의의 계좌로 입금된 사실을 인정하고, 그러한 사실만으로는 ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자라고 단정할 수 없고 오히려 여러 사정에 비추어 쟁점주식 취득을 위한 자금이 ○○화학 주식회사(이하 '○○화학'이라 한다)의 출연에 의한 것으로 보인다는 이유로 2007. 10. 10. 원고 김○우 등에 대하여 패소판결을 하였고 위 판결은 2007. 11. 2. 확정된 사실, 위 판결에서 인정된 바와 같은 2차양도대금이 최종적으로 ○○피 명의의 계좌에 입금된 사실 외에 달리 ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제 취득자라는 점에 관하여 피고가 이를 입증할 증거를 추가로 제출한 바 없는 사실, 위 서울고등법원 사건 및 이 사건에서 원고 장○원 등은 자신들이 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자가 아니라고 주장하면서도, 그 실제취득자가 누구인지에 대하여는 ○○화학이라거나 ○○피라거나 원고회사라는 등 계속하여 주장을 번복하고 있는 사실, 원고 장○원 등은 ○○화학의 경영기획팀 직원들인 신○철, 김○동, 이○일, 이○섭(이하 위 4인을 통틀어 '신○철 등'이라 한다)의 각 배우자들로서 ○○피와는 직접적인 관련이 없는 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 볼 때, 1차양도에서 원고 장○원 등이 쟁점주식의 실제취득자가 아님은 명백하나, 1차양도에서 쟁점주식의 취득자금의 원천이 ○○피라거나 ○○피가 1차양도에 관여되었다고 볼 아무런 증거가 없는 상황에서 1차양도 시점으로부터 3년 6개월여가 지난 시점에 있은 2차양도의 대금이 최종적으로 ○○피 명의 계좌에 입금되었다는 사정만을 들어 ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자라고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다(원고회사 또한 2차양도에서 양수인의 지위에 있었을 뿐 1차양도에 관여되었다고 볼 아무런 증거가 없는데다가 원고들이 관련사건 및 이 사건에서 실제취득자가 누구인지에 관하여 수시로 주장을 번복하고 있는 사정에 비추어 원고회사를 그 실제취득자라고 보기도 어렵다).

다만 위에서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 1차양도계약 당시 ○○화학이 원고 김○우 등에게 ○○그룹의 구조조정의 필요상 쟁점주식을 ○○화학에 매도할 것을 요청하는 등 실질적으로 양도계약관계의 형성을 주도한 점, 원고 장○원 등은 당시 ○○화학의 직원들이 신○철 등의 배우자들로서 ○○화학의 요청을 받고 양도계약상의 매수인이 될 것을 승낙한 점, 1차양도계약은 원고 김○우 등 및 원고 장○원 등의 참석 없이 ○○화학 사무실에서 위 각 원고들의 대리인 자격으로 참석한 ○○화학의 상무 이○주와 신○철 등에 의하여 체결된 점, 신○철 등은 ○○화학으로부터 매매대금 상당액의 돈을 건네받아 ○○화학의 지시에 따라 원고 김○우 등 명의의 은행계좌로 송금한 점, 그 후 원고 장○원 등은 역시 ○○화학의 지시에 따라 원고회사에 쟁점주식을 2차양도한 점 등의 여러 사정에 비추어 볼 때, 1차양도에서 쟁점 주식의 실제취득자를 ○○화학으로 볼 여지가 있을 뿐이다.

결국 ○○피가 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자임을 전제로 하여 나온 원고 회사에 대한 이 사건 2001사업연도 및 2004사업연도 각 법인세부과처분 및 2004. 12. 귀속 증권거래세 부과처분은 위법하다.

2) 이 사건 양도소득세 부과처분에 대하여

소득세법 제101조 제1항은 '납세지 관할세무서장 등은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다'고 규정하고, 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 일부 개정되기 전의 것) 제98조 제1항은 위 법 소정의 '특수관계 있는 자'에 해당하는 경우로서, 당해 거주자의 친족(1호), 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족(2호), 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족(3호), 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총 발행주식수 또는 총 출자지분의 100분의 50 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인(4호), 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인(5호), 제4호 또는 제5호에 발행하는 법인이 총 발행주식수 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인(6호) 등을 열거하고 있다.

이 사건의 경우 앞서 살핀 바와 같이 1차양도에서 쟁점주식의 실제취득자를 ○○피로 볼 수 없으므로, 1차양도시 실제취득자가 ○○피임을 전제로 한 이 사건 양도소득세 부과는 위법할 뿐 아니라, 실제취득자가 ○○화학이라고 볼 경우에 ○○화학이 양도자인 원고 김○우 등과의 관계에서 위 시행령 제98조 제1항 소정의 '특수관계 있는 자'에 해당한다고 볼 증거가 없어 1차양도 거래로 인한 소득금액 계산에 있어 소득세법 제101조 제1항 소정의 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 위 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 나온 이 사건 양도소득세 부과처분은 위법하다.

3) 이 사건 증여세 부과처분에 대하여

상속세 및 증여세법(2002. 12. 18. 법률 제6780호로 일부 개정되기 전의 것) 제41조의2 제1항은 '권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 원칙적으로 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다'고 규정하고 있으나, 기명주식의 경우 그 이전은 취득자의 성명과 주소를 주주명부에 기재하지 아니하면 회사에 대항하지 못하는 것이어서(상법 제337조 제1항), 주주명부에 주식의 실질소유자가 아닌 다른 사람 앞으로 명의개서가 되지 아니한 이상 위 상속세 및 증여세법 제41조의2 제1항 소정의 증여의제 요건인 '권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우'에 해당할 수 없고, 법인세의 과세표준 및 세액을 신고할 때 첨부하여 제출하는 서류인 주식등변동상황명세서를 주주명부와 동일시할 수는 없으므로(2003. 12. 30. 법률 제7010호로 개정된 상속세 및 증여세법 제45조의2 제3항은 '주주명부 등이 작성되지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서를 판정하도록' 규정하고 있으나, 위 규정은 위 개정법 시행일인 2004. 1. 1. 이후 주식등변동상황명세서를 제출하는 분부터 적용되므로, 이 사건 과세대상인 2001. 6. 27.자 1차양도에서의 명의신탁에 따른 증여의제에 적용되지 아니한다), 주식등변동상황명세서에 주식의 변동상황을 기재하여 신고하였다고 하더라도 주식의 명의개서가 되었다고 할 수 없다(대법원 2004. 2. 27. 선고 2003두13762 판결 등 참조).

원고 장○원 등이 실제매수인으로부터 부탁을 받고 그 명의로 원고 김○우 등으로부터 쟁점주식을 양수하였음은 앞서 본 바와 같고, 을16호증의 1 내지 4, 을19호증의 1 내지 8, 을21호증의 1 내지 4, 을28, 29호증, 을32호증의 1, 을33호증, 을34호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ○○피가 관할세무서에 제출한 2001, 2003, 2004 각 사업연도 주식등변동상황명세서상 1차양도 및 2차양도에 따라 쟁점주식에 대한 주주가 2001사업연도 기준 우너고 김○우 등에서 원고 장○원 등으로, 2004사업연도 기준 원고 장○원 등에서 원고회사로 각 변동된 것으로 기재된 사실, 한편 원고 장○원 등은 ○○피에 대하여 1차양도에 따른 주주명부상 명의개서를 요구한 바 없는 사실, ○○피에 대한 2003, 2004 각 사업연도 감사보고서상 주주현황에 관하여 원고 장○원 등의 이름이 구체적으로 표시되지 않은 채 기타 주주로만 기재되어 있는 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 볼 때, 1차양도에 따라 ○○피의 주주명부에 원고 장○원 등으로 명의개서가 이루어졌다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고 장○원 등이 쟁점주식에 관하여 ○○피의 주주명부에 주주로 기재되지 않은 이상 위 상속세 및 증여세법 제41조의2 제1항 소정의 증여의제 규정이 적용될 수 없다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 위 증여의제 규정을 적용하여 나온 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 모두 위법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용한다.