가. 원고는 ‘신경대학교’를 운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 신경대학교의 부지를 확장하는 용도로 사용하기 위하여 2008. 10. 17. 학교법인 서호학원으로부터 화성시 남양동 산95-1 38,479㎡와 같은 동 산96 임야 67,041㎡(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 증여받아 2008. 10. 21. 그에 관한 소유권이전등기를 마치면서, 같은 날 피고에게 구 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호가 각 정한 등록세 등의 면제 사유인 ‘공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’에 해당함을 들어 피고에게 지방세의 면제를 신청하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 등록세 등 지방세를 부과하지 아니하였다.

다. 피고는, 원고가 2008. 10. 21. 이 사건 각 부동산을 취득하고 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접사용하지 아니하였다는 이유로 구 지방세법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서에 따라 원고에게, 2013. 12. 30. 기존에 면제되었던 등록세 98,683,980, 지방교육세 18,357,270원을, 2014. 1. 2. 취득세 246,709,990원, 농어촌특별세 24,670,990원을 각 부과(이하 위 각 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유를 들어 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.

1 구 지방세법은 등록세 등의 감면요

건으로 ‘비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 용도에 직접 사용할 것’을 요구하고 있을 뿐, 학교법인의 경우 그 토지를 '교지...

참조조문