상고비용은 원고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것. 이하 '개정 법인세법'이라 한다) 제63조 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 기간이 6개월을 초과하는 법인은 해당 사업연도 개시일부터 6개월간을 중간예납기간으로 하여 '그 사업연도 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액을 직전 사업연도의 월수로 나눈 금액에 6을 곱하여 계산한 금액'을 납부하여야 한다고 규정하면서, 그 공제할 금액 중 하나로 제1호에서 '해당 사업연도의 직전 사업연도에 감면된 법인세액'을 들고 있다.

한편 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제55조 제1항은 내국법인의 2010년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도의 법인세율에 관하여 과세표준이 2억 원을 초과하는 경우에는 '2천만 원 + (2억 원을 초과하는 금액의 100분의 22)'(이하 '개정 전 세율'이라 한다)로 정하였는데, 2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행된 개정 법인세법 제55조 제1항은 '과세표준이 2억 원 초과 200억 원 이하인 경우에는 2천만 원 + (2억 원을 초과하는 금액의 100분의 20), 과세표준이 200억 원을 초과하는 경우에는 39억 8천만 원 + (200억 원을 초과하는 금액의 100분의 20)'(이하 '개정 세율'이라 한다)으로 규정하면서, 부칙 제26조(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)에서 "2012년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 중간예납기간에 대한 중간예납세액을 계산할 때 제63조 제1항에 따른 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액은 직전 사업연도의 과세표준에 제55조 제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다."고 규정하고 있다.

그리고 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제132조 제1항은 '내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 14[과세표준이 100억 원 초과 1천억 원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억 원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적 기업의 경우에는 100분의 7]를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.'고 규정하고 있다.

나. 원심은 그 채택증거를 종합하여 ① 원고가 2012. 3. 25. 피고에게 산출세액을 개정 전 세율을 적용하여 산정한 3,140,927,424원, 최저한세 적용대상 공제감면세액을 1,658,463,712원으로 하여 2011 사업연도 법인세를 신고・납부한 사실, ② 원고는 2012. 8. 23. 2012 사업연도 법인세 중간예납세액 신고시에는 피고에게 개정 세율을 적용하여 직전 사업연도인 2011 사업연도 법인세의 산출세액을 2,857,206,749원으로 재계산하는 한편, 최저한세 적용대상 공제감면세액은 재계산 없이 1,658,463,712원으로 하여 2012 사업연도 법인세 중간예납세액을 583,501,580원으로 신고・납부한 사실, ③ 이에 피고는 최저한세 적용대상 공제감면세액도 개정 세율을 적용한 1,374,743,037원으로 재계산하여, 2013. 3. 8. 원고에게 납부불성실가산세 6,639,063원을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, ① 중간예납세액을 계산할 때 최저한세액의 계산방법을 따로 규정하지 아니한 채 중간예납세액의 계산방법만을 규정하는 입법형식을 취하고 있는 법인세법이 이 사건 부칙조항을 통하여 중간예납세액의 계산방법에 대하여만 개정 세율을 적용하도록 규정하고 있더라도, 산출세액이 감소함에 따라 필연적으로 감소하게 되는 최저한세 적용대상 공제감면세액의 계산방법에 대하여도 당연히 개정 세율이 적용된다고 해석되는 점, ② 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 의한 공제감면세액의 계산은 과세표준에 법인세법에서 정한 '세율'을 곱한 '세액'의 계산을 전제로 하고 있으므로, 법인세법에서 정한 '세율'이 변경된 경우에는 최저한세 적용대상 공제감면세액 계산의 전제가 되는 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 '다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액' 또한 변경될 수밖에 없는 점 등을 종합하여 보면, 중간예납세액을 계산할 때 이 사건 부칙조항에 따라 직전 사업연도의 과세표준금액에 개정 세율을 적용하여 '직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액'을 재계산하는 경우에는, '직전 사업연도에 감면된 법인세액' 또한 개정 세율을 적용하여 재계산한 산출세액에서 최저한세액을 공제하는 등의 방법으로 다시 계산하여야 한다는 이유로, 최저한세 적용대상 공제감면세액은 개정 세율을 적용하여 재계산할 수 없다는 원고의 주장을 배척하였다.

다. 원심이 들고 있는 위와 같은 사정에다가, 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계 등에 의하면 개정 법인세법 제63조 제1항 및 구 조세특례제한법 제132조 제1항 등에서 정한 중간예납세액의 계산방법은 직전 사업연도의 납부실적에 기초하여 해당 사업연도의 중간예납세액을 계산하는 구조인데, 직전 사업연도에 실제 적용된 세율이 아니라 이후 변경된 세율을 적용하여 중간예납세액을 계산하여야 할 경우에 원고의 주장과 같이 중간예납세액의 계산항목 중 일부에 대하여만 개정 세율을 적용하여 재계산하면 직전 사업연도의 납부실적과 전혀 무관한 중간예납세액이 산정되어 불합리한 점 등을 보태어 보면, 이 사건 처분이 적법하다고 본 원심의 결론은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 구 조세특례제한법 제132조 제1항 등에 대한 해석이나 유추해석에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 그 판시와 같은 사정을 근거로 원고에게 이 사건 법인세 중간예납세액의 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 판단한 것은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.