가. 원고는 1988. 9. 28. 서울 관악구 B 대지 및 그 지상 2층 주택 겸용 건물 181.22㎡(공부상 1층 면적 91.9㎡, 2층 면적 89.32㎡, 이하 ‘이 사건 건물’)를 취득한 후 2011. 2. 21. C 등에게 이를 1,600,000,000원에 양도하였고, 2011. 8. 5. 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 고가주택 기준금액인 900,000,000원을 초과하는 부분에 대한 환산취득가액을 675,978,301원으로 산정한 후 10,661,309원의 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 과세전적부심사 결과 이 사건 건물 등에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 인정하되 위 건물 중 1층은 상가로, 2층은 주택으로 각 사용되었음을 이유로, 2013. 7. 16. 이 사건 건물 1층은 기준시가로 계산하고 2층은 개별주택가격을 기준시가로 안분함으로써 환산취득가액을 594,846,621원으로 재산정한 다음, 가산세 5,026,545원을 포함한 2011년 귀속 양도소득세로 총 17,162,910원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다.

다. 원고는 2013. 9. 27. 이에 불복하여 심판청구를 하였으나, 2013. 12. 30. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부 소득세법 제89조 제1항 제3호, 시행령 제156조 제1항에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 거래가액이 900,000,000원을 초과하는 고가주택을 제외하고 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 시행령 제154조 제3항에 의하면 위 규정을 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 보되,...

참조조문