원심은 원고가 1986.9.10. 소외인으로부터 이 사건 부동산을 대금 4,000만 원에 매수함에 있어서 당일 계약금 400만 원을 지급하고, 잔대금중 금 2,000만 원은 위 소외인의 동액 상당의 은행채무를 원고가 부담하고 나머지 금 1,600만 원만을 같은 해 10.13. 지급하기로 약정한 사실, 원고가 그 후 동 약정에 따라 위 잔금지급기일에 금 1,600만 원을 지급하고 그 다음날 소유권이전청구권 보전의 가등기만을 경료받았다가 1988.7.13.에 이르러 그 소유권이전등기를 경료받은 사실과 원고가 그 후 1988.9.1. 위 은행채무를 변제하여 근저당권설정등기를 말소받은 사실을 인정한 다음, 사실관계가 이러하다면, 원고의 이 사건 부동산 취득에 있어서의 대금청산일은 위 은행채무를 최종적으로 변제한 1988.9.1.로 봄이 상당하고, 다만 위와 같이 소유권이전등기 접수일이 대금 청산일보다 빠른 이상 소득세법 시행령 제53조 제1항 제1호(1988.12.31. 제12564호로써 개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 대금 청산일이 아닌 소유권이전등기접수일인 1988.7.13.이 그 취득시기가 되는 것이라고 판시하고 있다.

소득세법시행령 제53조 제1항은“법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다”라고 규정하고 있는바, 1세대 1주택의 양도로서 비과세요건인 3년의 보유기간에 해당되는가의 여부가 문제되는 이 사건에서, 사실관계가 원심판시와 같은 것이라면, 원고로서는 위 매매대금에서 그가 부담하기로 한 은행에 대한 채무를 뺀 잔금을 지급함으로써 그 대금을 모두 지급한 것이라고 볼 것이므로, 원고가 그 취득부동산에 대한 잔금을 청산한 날은 원고가 위 소외인에게 위 잔대금 1,600만원을 지급한 날이라고 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심이 원고 앞으로 소유권이전등기가 경료된 때를 위 부동산의 취득시기로 보았음은 소득세법시행령 제53조 제1항의 대금청산에 대한 법리를 오해하여 사실을 그릇 인정한 위법을 저질렀다 고 할 것이고, 이러한 위법은 판결결과에 영향은 미쳤다 할 것이다. 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.