1. 질의내용 요약

가. 내 용

① 토지의 취득 및 양도 경위 등

-1996.09.15거주자인 甲은 경기도 양평군 지역에 소재하는 토지를 취득하였음

- 2002.02.10 유통업을 주업으로 하는 乙법인은 당해 토지 위에 건축물(판매시설 등)을 건립할 목적으로 甲과 당해 토지를 목적물로 하는 임대차계약을 체결하였음

※ 임대차 계약기간 : 2002.02.10 - 2009.02.09(7년)

임대료 월 3백만원, 임대보증금 3천만원

- 2002.11.14 당해 토지에 건립한 건축물(판매시설 등)의 사용승인을 받았음

-2007.05.15 甲은 당해 토지를 제3자에게 양도하였고, 당해 토지 위에 건립한乙법인 소유의 건축물도 비슷한 시기에 상기 제3자에게 양도되었음

② 토지에 대한 재산세 부과연혁

-2006년까지 당해 토지는 지방세법 제182조 제1항 제1호(구 지방세법 제234조의 15 제2항 본문)의 규정에 따른 ‘종합합산과세대상(구 종합합산과세표준)으로 구분되어 재산세(2005년도 이전 종합토지세를 포함)가 부과되었음

③ 재산세 과세대상 구분에 대한 이의제기

- 甲은 당해 토지를 2007.05.18 양도한 이후에 당해 토지는 乙법인이 건립한 건축물의 부속토지에 해당되고 지방세법 제182조 제1항 제2호에 따른 재산세 별도합산과세대상으로 보지 않을 기타사유가 존재하지 않으므로 2003년부터 2006년까지 ○○군청이 당해 토지에 대하여 재산세 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세를 부과한것은 위법하다고 이의제기 하였음

④ ○○군청 경정처분

-○○군청에서 당해 토지에 대한 현장조사 및 乙법인이 건립한 건축물의 건축물대상 등 공부를 검토한 이후 2003년부터 2006년까지 甲에게 부과된 재산세를(당해 토지가 별도합산과세대상으로 분류되었을 경우 甲에게 부과되었을 재산세로) 직권경정 처분하였음

-또한, 2005년 및 2006년 종합부동산세 신고납부와 관련하여 ○○군청은 ○○○세무서에 당해 토지의 재산세 과세대상 구분이 변경(종합합산과세대상 -> 별도합산과세대상) 되었다는 내용의 공문을 발송하였음

-甲이 2005년 및 2006년도에 당해 토지와 관련하여 과오납부한 재산세는 상기○○군청의 직권경정 이후 즉시 환급되었으나, 2003년 및 2004년도에 과오납부한 종합토지세는 당시 종합토지세가 전국에 소재하는 토지의 과세표준을합산하여 세액을 산정한 관계로 2007년 12월에 환급될 예정임

나. 질 의

- 소득세법 제104조의 3 제1항 제4호 나목을 해석함에 있어 위와 같이 당해토지의 양도일 이후에 양도전 보유기간에 대한 재산세 과세대상 구분이 토지소재지 지방자치단체장에 의하여 ‘종합합산과세대상’에서 ‘별도합산과세대상’으로 직권경정된 경우에 소득세법 제104조의 3 제1항 제4호 나목 규정을 적용 받을 수 있는지 여부

<갑 설>

당해 토지가 토지소재지의 지방자치단체장에 의하여 재산세 과세대상 구분이 ‘종합합산과세대상’에서 ‘별도합산과세대상’으로 직권경정되었다 할지라도 동 직권경정 처분이 당해 토지의 양도일 이후에 내려진 것이라면 당해 토지가실질적으로는 지방세법 제182조 제1항 제2호에 해당하는 토지에 해당 할지라도 소득세법 제104조의 3 제1항 제4호 나목 규정을 적용받을 수 없는 것임

<을 설>

당해 토지의 양도일 이후에 재산세 과세대상 구분이 ‘별도합산과세대상’으로 직권경정 처분되었다 할지라도 당해 토지가 실질적으로 지방세법 제182조제1항 제2호에 해당하는 토지에 해당한다면 동호에 해당하는 기간동안에 대해서 소득세법 제104조의 3 제1항 제4호 나목 규정의 적용이 배제되는 것은 아님

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 (2004. 12. 31. 개정)

양도소득과세표준 세율

1천만원 이하 과세표준의 100분의 9

1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18

4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27

8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36

2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 (2003. 12. 30. 개정)

2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이1년 미만인 것 (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 50

2의 3. - 2의 6. 생략

2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지(2005. 12. 31. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 8. 이하 생략

○ 소득세법제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. - 3. 생략

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지(2005. 12. 31. 신설)

가. 생략

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지(2005. 12. 31. 신설)

다. 생략

5. - 7. 생략

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제168조의 6 【비사업용 토지의 기간기준】

법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간(2005. 12. 31. 신설)

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간(2005. 12. 31. 신설)

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제168조의 7 【토지지목의 판정】

법 제104조의 3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에의한다.다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에의한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-4213, 2006.12.28.

【회신】

1. 「소득세법 시행령」 제168조의 7의 규정에 의하여 같은법 제104조의 3의규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 같은법시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하는 것이나, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하는 것임.

2. 「소득세법」 제104조 제1항 제2호의 7에서 규정하는 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간중 같은법 시행령 제168조의 6이 정하는 기간동안 같은법 제104조의 3 제1항 제4호 나목( 「지방세법」 제182조 제1항 제2호및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지)에 해당되는 경우에는 비사업용 토지에서 제외되는 것이나,귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임.

○ 서면4팀-967, 2007.03.22.

【회신】

1. 「소득세법」 제104조의 3 제1항 규정의 “비사업용토지”는 당해 토지를 소유하는 기간중 같은법 시행령 제168조의 6 규정에서 정하는 기간동안 같은법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것임.

2. 토지 소유기간 중 지목이 변경된 경우, 지목별로 「소득세법」 제104조의 3 제1항 각호에 해당(이하 “지목별 비사업용 토지 해당”이라 함)하는지 여부를 판단하며 같은조 제1항 및 같은법 시행령 제168조의 6 규정의 “대통령령이 정하는 기간”을 계산함에 있어서는 “지목별 비사업용토지 해당”기간을 합산하는 것임.

3. 위 1.의 규정을 적용함에 있어 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지는 당해 토지를 소유하는 기간 중 「소득세법 시행령」 제168조의 6 규정에서 정하는 기간동안 같은법 제104조의 3 제1항 제4호 나목( 「지방세법」 제182조 제1항 제2호및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지)에 해당되는 경우에는 비사업용토지에서 제외되는 것임.

○ 서면4팀-3434, 2006.10.12.

【회신】

1. 「소득세법」 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 규정하는 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 동법 시행령 제168조의 6에서 정하는 기간 동안 동법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것이며,

2. 위 1호를 적용함에 있어 건축물의 부속토지로서 「지방세법」 제182조 제1항제2호 및 동법 시행령 제131조의 2 규정에 의하여 재산세가 별도합산과세되는 토지는 사업에 사용하는 토지로 보는 것임.

○ 서면5팀-233, 2006.09.26.

【회신】

「소득세법」 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 규정하는 “비사업용토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 동법 시행령 제168조의6에서 정하는 기간 동안 동법 제104조의 3 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는토지를 말하는 것이며, 이를 적용함에 있어 건축물의 부속토지로서 「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 동법 시행령 제131조의 2 규정에 의하여 재산세가 별도합산과세되는 토지는 사업에 사용하는 토지로 보는 것임.

( 이 하 여 백 )