2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1973. 7. 19. 설립되어 교육출판 문화사업, 서적학습지 도•소매업 등을 영위하는 비상장법인으로서 1990. 1. 1. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세감면규제법'이라 한다) 제56조의2 규정에 따라 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하였다.

나. 피고는 1990. 3. 28. 원고에게 재평가차액 000원에 대한 재평가세 000원을 부과하였고(이하 '재평가세 부과처분'이라 한다), 원고는 그 무렵 이를 납부하였다.

다. 기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령 등 관계 법령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었음에도, 원고는 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다.

라. 이에 피고는 2004. 1. 17. 원고에 대하여 조세감면규제법 부칙(제4285호, 1990. 12. 31.) 제23조 제1항 및 구 조세특례제한법 시행령(2002. 3. 2. 대통령령 제17538호로 개정되기 전의 것) 제138조의 규정에 따라 주식미상장으로 인하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하고, 재평가세 부과처분을 직권취소하면서 원고가 납부한 위 재평가세액에 해당하는 국세환급금 000원과 위 재평가세액의 납부일 다음날부터 기산한 환급가산금 000원(이하 '제1차 환급가산금'이라 한다)을 위 국세환급금에 가산하여 지급하였다.

마. 그런데 재정경제부는 2006. 3. 22. 재정경제부 예규 조세정책과-363호로 제1차 환급가산금 전액이 환수되어야 하는 견해를 표명하였고, 이에 피고는 2006. 5. 18. 제1차 환급가산금을 징수하기 위해 원고에게 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제51조 제7항에 따라 자산재평가세 000원을 납부할 것을 고지하였고(이하 '제1차 환급가산금 반환처분'이라 한다), 이에 원고는 2006. 6. 1. 피고에게 이를 납부하였다.

바. 한편 대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두4074호 환급가산금 부과처분취소 청구사건에서 '재평가세 부과처분을 취소하고 환급한 이상 재평가세를 납부한 다음날부터 환급 가산금을 재평가세 환급금에 가산할 의무가 있다'는 내용의 판결이 선고됨에 따라, 서울지방국세청장은 2011. 6. 13. 피고에게 위 환급가산금 000원을 환급하도록 통지하였고, 이에 따라 피고는 2011. 6. 27. 원고에게 제1차 환급가산금 반환처분을 취소 하는 직권경정처분을 하고, 같은 날 원고에게 국세환급금 000원 및 이에 대한 환급가산금 000원(이하 '제2차 환급가산금'이라 한다)을 지급하였다.

사. 피고는 2011. 7. 1. 원고에게 제2차 환급가산금은 지급의 근거 규정이 없다는 이유로, 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다) 제51조 제8항에 따라 재평가세 000원을 납부할 것을 고지하는 환급가산금 반환처분(이하 '이 사건 반환처분'이라 한다)을 하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2011. 9. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 12. 28. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 반환처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

제1차 환급가산금은 국세기본법 제51조 제1항에서 정한 과•오납된 '국세• 가산금 또는 체납처분비'에 해당하지 아니하나, ① 국세환급가산금은 국세와 유사한 성격을 가지고 있는 점, ② 피고 또한 제1차 환급가산금을 국세에 준하는 것으로 보아 국세기본법 제51조 제1항 전단을 적용하여 이를 원고에게 환급한 점, ③ 국세를 환급

하는 경우와 국세환급가산금을 환급하는 경우 모두 그 실질은 부당이득에 해당하므로 법정이자에 대한 해당하는 환급가산금을 부가함에 있어서 양자를 달리 취급할 합리적인 이유가 없는 점 등에 비추어 보면, 환급가산금을 환급하는 경우에도 국세환급시 적용되는 국세기본법 제52조의 규정을 유추적용하여 가산금을 지급함이 마땅하므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 반환처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

국세환급가산금을 정한 국세기본법 제52조의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대한 특칙인 점, 국세기본법 제52조에서는 국세환급금을 지급하는 경우에 국세환급가산금을 지급하여야 한다고 규정하고 있는데, 국세기본법 제51조는 국세환급금을 '국세•가산금•체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납한 환급세액'으로 정의함으로써 국세환급가산금을 제외하고 있는 점 등을 고려하면, 환급가산금의 계산대상이 되는 금액에 환급가산금이 포함될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

갑 제3호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2006. 5. 18. 제1차 환급가산금 반환처분을 하면서 원고에게 납기내 고지세액란에 '000원', 세목란에 '자산재평가세', 가산금란에 '000원', 중가산금란에 '000원'이라고 각 기재된 납세고지서를 교부한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실과 국세기본법 제2조, 제51조, 제52조의 각 규정의 문언 내용과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제1차 환급 가산금 반환처분에 따라 원고가 2006. 6. 1. 피고에게 납부한 000원은 국세기 본법 제51조 제1항에서 정한 '국세'에 해당하고, 가사 이를 국세로 볼 수 없다고 하더라도 국세환급금을 지급할 때 적용되는 국세기본법 제52조의 규정은 과세관청이 환급 가산금을 다시 환급하는 경우에도 적용된다고 봄이 상당하므로, 이 점을 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 반환처분은 위법하다.

1) 구 국세기본법 제51조 제7항(세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지•독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다)의 규정을 적용하여 피고가 2006. 5. 18. 원고에게 제1차 환급가산금 반환처분을 하였는바, 위 반환처분에 따라 납부된 금원의 실질이 환급가산금이라고 하더라도, 피고가 원고에 대하여 세목을 '자산재평가세'로 정하여 부과처분을 한 이상, 이는 국세기본법 제2조 제1호에서 정한 '국가가 부과하는 조세'인 '국세'에 해당한다.

2) 국세기본법 제2조 제5호는 "「가산금」 이란 국세를 납부기한까지 납부하지 아니한 경우에 「국세징수법」 에 따라 고지세액을 가산하여 징수하는 금액과 납부기한이 지난 후 일정기한까지 납부하지 아니한 경우 그 금액에 다시 가산하여 징수하는 금액을 말한다"고 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 피고는 2006. 5. 18. 원고에게 제차 환 급가산금 반환처분을 하면서 가산금 000원 및 중가산금 000원의 납부를 고지하였는데, 피고 또한 위 반환처분에 의하여 원고가 납부해야 할 금액이 '국세'임을 전제로 제1차 환급가산금 반환처분을 한 것이다.

3) 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급 가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가지는데(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조), 이미 발생한 이자에 관하여 채무자가 이행을 지체한 경우 에는 그 이자에 대한 지연손해금을 청구할 수 있다(대법원 1996. 9. 20. 선고 96다25302 판결 참조) . 가사 제1차 환급가산금 반환처분에 의해 납부되는 금원이 '국세'가 아니라고 하더라도, 국세환급금을 국세기본법 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 과세관청은 법이 정한 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령으로 정하는 이율에 따라 계산한 금액을 환급가산금으로 환급금에 가산하여 지급해야 하는 점을 고려하면, 환급가산금을 다시 환급하는 경우 국세기본법 제52조의 규정이 적용되지 않는다고 해석하는 것은, 과세관청이 환급가산금의 지급을 무한정 지체하더라도 아무런 불이익을 받지 아니한다는 의미로, 민법상 이미 발생한 이자에 대하여 채무자가 이행을 지체한 경우 채권자가 그 이자에 대한 지연손해금을 청구할 수 있는 것과 비교하여 볼 때 국세환급금 청구권자를 합리적 이유 없이 달리 취급하는 것으로 허용될 수 없다.

4) 국세기본법 등 관계 법령에 징수된 환급가산금을 다시 반환함에 있어서 그에 대한 환급가산금을 지급해야 한다는 명문의 규정이 없기는 하나, 국가에 의해 부당하게 징수되거나 보유된 금액이 반환된다는 점에서 환급금과 징수된 환급가산금을 구별할 합리적인 이유가 없는 점, 환급가산금은 환급금과 별개의 독립된 것이 아닌 점(대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 참조) 등을 종합하면, 징수된 환급가산금에 대하여만 법률에 명문의 규정에 없다고 하여 그에 대한 환급가산금을 지급하지 아니한다는 것은 심히 형평을 잃은 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.