2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 2015. 1. 16. 원고에게 부과한 2010 사업연도 주식변동상황명세서 미제출 가산세인 법인세 12,000,000원을 취소한다는 판결.

가. 원고는 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○에서 합성수지 및 관련 자재의 수출입 등을 영위하는 법인으로서, 당초 발행주식 총수는 80,000주[원고 대표이사 임AA: 48,000주(60%), 원고 사내이사로서 원고 대표이사의 배우자인 윤BB 32,000주(40%)], 자본금은 400,000,000원이었다.

나. 원고는 2010. 12. 10. 09:00 임시 주주총회를 개최하여 보통주식 120,000주(발행가액: 5,000원, 납입기일: 2010. 12. 10., 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 발행하여 증자하기로 심의・의결하였다.

다. 임AA는 2010. 12. 10. 원고에게 이 사건 주식을 600,000,000원에 청약・인수하였고, 원고의 ○○은행 계좌에 600,000,000원을 예치한 후 법무사에게 변경등기 등을 위임하였는데, 법무사는 이 사건 주식 인수가액 중 599,950,000원만이 납입된 것으로 하여, 2010. 12. 17. 발행주식 총수 199,990주, 자본금 999,950,000원으로 변경등기가 마쳐졌다.

라. 임AA는 위와 같은 등기내역을 확인한 후 2011. 2. 15. 나머지 인수가액 50,000원을 추가로 납입하였고, 2011. 2. 21. 원고의 법인등기부상 발행주식 총수가 200,000주, 자본금이 1,000,000,000원으로 변경등기가 마쳐졌다.

마. 이후 원고는 2012. 3. 31. 피고에게 2011. 1. 1.~2011. 12. 31. 2011 사업연도 귀속 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 법인세법 제119조에 따라 주식변동상황명세서를 제출하였다.

바. 피고는 2013. 12.경 원고의 유상증자와 관련하여 「상속세 및 증여세법」(이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제39조의 불균등 증자에 따른 이익 증여에 해당되는지 여부를 서면으로 확인하였고, 그러던 중 임AA는 2013. 12. 24. 자신이 가진 원고 주식수의 비율을 초과하여 이 사건 주식 중 윤BB의 실권주 48,000주를 배정받았다는 이유로 상속세및증여세법 제39조에 따른 증여세를 기한후신고하였다.

사. 피고는 위 주식변동 서면확인 결과 임AA의 위 기한후신고는 적정하나, 다만 원고가 2010 사업연도 주식변동내역에 관하여 주식변동상황명세서를 미제출하였음을 확인하였다.

아. 이에 피고는 원고가 2010 사업연도에 이 사건 주식에 관하여 주식변동상황명세서를 제출하지 아니하였음을 이유로, 2015. 1. 16. 원고에게 이 사건 주식의 액면금액(주당 5,000원) 합계 600,000,000원의 100분의 2에 해당하는 12,000,000원을 주식변동상황명세서 미제출 가산세로 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

자. 원고는 이에 불복하여 2015. 2. 2. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 중부지방국세청장은 2015. 3. 23. 기각 결정을 하였으며, 2015. 4. 21. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2015. 6. 30. 청구기각 결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1, 2호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

임AA는 2010 사업연도에 이 사건 주식의 인수가액 600,000,000원 중 599,950,000원을 납입하였는데, 임AA는 주식 인수가액 전부를 납입하지 아니하여 상법 제421조, 제423조 제2항에 의하여 이 사건 주식의 주주로서의 권리를 가질 수 없고, 이후 임AA는 나머지 인수가액 50,000원을 완납한 후 2011 사업연도에 증자가 완료되어 피고에게 주식등변동상황명세서를 제출하였다. 따라서 원고가 2010 사업연도에 이 사건 주식의 주주로서의 권리를 가지게 되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 법인세법 제119조 제1항은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고, 제76조 제6항은 납세지 관할 세무서장은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있을 때 제119조에 따라 주식등변동상황 명세서를 제출하여야 하는 내국법인이 명세서를 제출하지 아니한 경우(제1호) 등에 해당하면 미제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다고 규정하고 있다.

한편 상법 제421조, 제423조 제1항, 제2항 등의 규정에 의하면, 신주발행의 경우 신주인수인은 납입기일에 그 인수한 주식에 대한 인수가액의 전액을 납입할 의무가 있고, 만약 신주인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니하면 그 권리를 잃으며, 신주발행의 효력은 발행예정주식 중 납입기일에 납입이 이루어진 주식에 한하여 발생한다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2012두10345 판결 등 참조).

2) 임AA는 2010. 12. 10. 이 사건 주식을 청약・인수하였고, 원고의 ○○은행 계좌에 600,000,000원을 예치하고 법무사에게 변경등기 등을 위임하였으나, 법무사는 이 사건 주식 인수가액 중 599,950,000원만을 납입한 사실, 이후 2010. 12. 17. 원고의 법인등기부상 발행주식 총수가 199,990주, 자본금이 999,950,000원으로 변경등기가 마쳐진 사실, 임AA는 위와 같은 변동내역을 확인한 후 2011. 2. 15. 나머지 인수가액 50,000원을 추가로 납입하였고, 2011. 2. 21. 발행주식 총수 200,000주, 자본금 1,000,000,000원으로 변경등기가 마쳐진 사실은 앞서 본바와 같다.

위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 임AA가 2010 사업연도에 이 사건 주식 중 119,990주의 인수가액 599,950,000원을 납입하였고 나머지 인수가액은 납입하지 아니하여 납입이 이루어진 주식에 한하여 원고의 발행주식내역의 변동이 발생하였음에도 원고는 피고에게 2010 사업연도 주식등변동상황명세서를 제출하지 아니하였는바, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 원고가 2010 사업연도에 출자한 가액 또는 주식의 액면금액인 599,950,000원의 100분의 2에 상당하는 금액인 11,999,000원(=599,950,000원 x 0.02)을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.