피고의 상고를 기각한다.

1. 원고의 상고이유에 관하여

부가가치세의 과세에 있어, 어느 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 그 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 소정의 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에게 있고(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조), 원심판결 이유와 기록에 의하면 원고는 2003. 8. 21.부터 2004. 12. 11.까지 78회에 걸쳐 주식회사 ○○○이십일, 주식회사 ○○쥬얼리, 주식회사 ○스카이, 주식회사 ○○트골드 등으로부터 공급가액 합계 143,802,876,200원에 이르는 금지금, 금목걸이, 골드플레이트를 매입하여 매입 당일 이를 인도받고 대금을 지급하면서 그 공급자로부터 각 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 사실, 원고는 이 사건 금지금 등을 매입한 당일 홍콩 소재 수입상에게 수출하고 그 과정에서 이득을 남긴 사실을 알 수 있다.

그렇다면, 비록 기록에 나타나는 바와 같이 이 사건 금지금 등이 수입되어 수출되기까지 일련의 거래과정이 모두 1~2일 내에 이루어지고, 그 중간 단계에 이른바 폭탄업체의 거래, 즉 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입하여 이를 면세추천을 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상으로 공급하고 세금계산서를 작성・교부한 다음 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 행위가 개재되어 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 그 일련의 거래과정 중의 하나인 이 사건 거래가 이른바 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래에 불과하다고 단정할 수 없는 이상, 이 사건 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서가 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점이 증명되었다고 보기 어렵다.

이와 달리 원심은, 이 사건 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 보아 그를 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 이러한 원심의 판단에는 '재화의 공급' 및 '사실과 다른 세금계산서'에 관한 법리 등을 오해한 위법이 있고, 이는 판결결과에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

2. 피고의 상고이유에 관하여

구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제5항, 제116조 제2항 제2호는 "납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화를 공급받고 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다."고 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조는 "납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다."고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 이 사건 거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 볼 수 없는 이상, 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서가 구 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 적법한 세금계산서가 아니라고 할 수는 없으므로, 이 사건 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'임을 전제로 하는 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다 할 것이다.

같은 결론의 원심판결은 정당하고, 거기에 주장하는 바와 같은 판결결과에 영향을 미친 법인세법의 관련 규정에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 부가가치세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.