농어촌특별세법(이하 농특세법이라 한다) 제4조 제2호 는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것을 농특세 비과세 대상으로 규정하고, 그 위임에 기한 같은법시행령(이하 영이라 한다) 제4조 제1항 제1호 는 법 제4조 제2호 소정의 '대통령령이 정하는 것' 중의 하나로, 조세감면규제법(이하 조감법이라 한다) 제63조 { 조감법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호 에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작 기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부 징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다}의 규정에 의한 감면을 들고 있으며, 영 제4조 제7항 은 법 또는 이 영에서 농특세 비과세 대상으로 규정된 조감법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조감법 개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농특세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

한편 조감법(1993. 12. 27. 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조 제1항 , 부칙 제16조 제3항은 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세 등의 감면비율에 관한 규정들인바, 조감법 부칙 제16조 제3항은 그 내용이나 규정방식, 체제 등으로 보아 조감법 제63조 제1항 에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 조감법 제63조 제1항 에 의한 감면의 한 모습에 불과하고, 그것이 조감법 제63조 제1항 등과는 별개의 양도소득세 등의 면제에 관한 근거 규정이 되는 것은 아니라 할 것인데 ( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누10334 판결 , 1997. 6. 27. 선고 96누7267 판결 등 참조), 영 제4조 제1항 제1호 에서 조감법 제63조 의 규정에 의한 감면에 대하여는 농업에 관련된 일정한 자가 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지 즉 농지에 한하여 농특세를 비과세하도록 규정하고 있으므로, 결국 영 제4조 제7항 은 개정된 조감법을 적용하는 경우에 생기는 혼란을 염두에 둔 규정으로서 위 조감법 부칙 제16조 제3항에 의한 감면의 경우에도 영 제4조 제1항 제1호 와 같은 취지의 감면에 한하여 농특세를 비과세하는 것이라고 풀이함이 상당하다 .

따라서 원심이, 이 사건 토지에 대한 양도소득세가 조감법 부칙 제16조 제3항 제1호에 의하여 감면되기는 하였으나, 그 지목이 농지가 아니라 임야인 사실을 인정한 다음, 위와 같은 법리에 따라 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면은 농특세 비과세 대상에 해당하지 아니한다 고 본 조치는 옳고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 영 제4조 제7항 의 적용범위에 대한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관들의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.