처분청은 청구인의 1997년 귀속 종합소득세 실지조사시 종합소득세 과세표준신고금액에서 누락된 소득금액 109,860,156원을 적출하여 경정하면서 당해 소득증가분에 대한 중소제조업 특별세액감면세액으로 8,787,862원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 추가로 공제하였던 바,

처분청에 대한 OO지방국세청의 감사시 청구인이 폐업한 이후에 적출되어 증가된 소득금액에 대해서는 중소제조업 특별세액감면을 적용할 수 없다하여 이의 시정을 요구하자, 이에 따라 2000.10.12 청구인에게 1997년 귀속 종합소득세 9,666,640원을 경정고지하자,

청구인은 이에 불복하여 2000.12.9 이 건 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 폐업일인 1999.4.30 이전인 1998년에 1997년의 중소제조업 특별세액감면 금액 25,731,621원(신고분 16,943,759원, 쟁점감면세액 8,787,862원)보다 더 많은 금액을 장기차입금의 상환과 사업용자산을 구입하는 데 사용하였으므로 폐업일 이후에 적출된 소득금액이라 하더라도 동 소득금액에 대한 감면세액 상당액을 이미 적법하게 사용한 만큼 쟁점감면세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

중소기업 등에 대한 특별세액감면을 적용 받은 거주자는 감면세액에 상당하는 금액을 그 감면적용을 받은 날부터 기산하여 법에서 규정하는 일정기간 내에 장기차입금을 상환하거나 사업용고정자산을 구입하는 데 사용하여야 하는 바,

폐업일 이후 경정으로 인해 적출된 소득에 대한 추가감면세액 상당액은 그 사용여부의 판단시점이 폐업일 이후이므로 원천적으로 사용이 불가능하다 할 것이고 또한 폐업일 이전에 동 감면세액 상당액을 사용한 사실이 있다고 하여 이를 적출된 소득금액에 대한 감면세액으로 사용한 것으로 볼 수 없어 당초 결정은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

제조업을 영위하는 사업자가 사업폐업일 이후 경정결정으로 인하여 폐업연도 이전의 소득이 적출된 경우에 그 소득금액에 대하여도 중소제조업 특별세액감면을 적용 받을 수 있는 지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 제7조 (중소제조업 등에 대한 특별세액감면)

① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

(2) 같은 법 시행령 제7조 (중소제조업등에 대한 특별세액감면)

④ 법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 총리령이 정하는 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 같은법 제123조 (기업합리화적립금의 적립등)

① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

④ 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 소득세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.

(3) 같은 법 제124조 (감면세액의 추징)

제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다.

3. 제123조 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때. 다만, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제88조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 당해 자산의 준공일 또는 구입일부터 3년 이내에 당해 자산을 다른 목적에 전용한 때

(4) 같은 법 시행령 제108조 (기업합리화적립금의 적립등)

④ 법 제123조 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다.

1. 상환기간이 1년 6월 이상인 사채·외화차입금 또는 은행차입금(은행차입금에는 은행법에 의한 금융기관외의 법인으로서 자금의 조달 및 융자업무를 조직적으로 영위하는 자로부터 차입한 자금을 포함한다)의 상환

2. 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용 자산의 매입이나 건설을 위한 투자

⑤ 제4항을 적용함에 있어서 동항 제1호의 경우에는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 날부터 2년 이내에, 동항 제2호의 경우에는 5년 이내에 사용하여야 한다.

⑧ 법 제124조 제3호 단서에서 대통령령이 정하는 사업양수도방법 이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금을 제외한다)와 의무(미지급금을 제외한다)를 포괄적으로 승계하는 경우를 말한다.

⑨ 법 제124조 제3호 단서에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 현물출자 또는 제8항의 규정에 의한 사업양수도방법에 의하여 설립된 법인이 당해 법인의 최초과세연도의 이익금처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. 이 경우 제1항의 규정에 의한 사유로 최초사업연도에 당해 감면세액 미사용분에 상당하는 세액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우에는 다음 사업연도의 이익금 처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1981.1.25 OOOO사라는 상호로 중소기업을 개업하여 1999.4.30 폐업할 때까지 전자부품제조업을 영위한 사실과 1997년 귀속 종합소득세 과세표준신고를 하면서 당해 연도의 제조업소득 109,860,156원을 신고누락한 사실 및 1999.4.30 폐업시 청구인이 대표이사이고 청구인의 배우자와 함께 총 자본금 중 97%를 출자한 (주)OOOO에게 토지·건물을 제외한 제반 권리와 의무를 포괄적으로 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 1999.11.27 청구인의 1997년 귀속 종합소득세를 실지조사하면서 제조업소득 109,860,156원의 신고누락금액을 적출하였고 이를 소득금액에 포함시켜 종합소득세 과세표준을 계산함과 동시에 중소제조업특별세액감면을 적용하여 쟁점감면세액을 차감한 금액을 추가로 경정결정 고지하였으나, OO지방국세청의 처분청에 대한 감사시 폐업일 이후 적출된 소득금액은 중소제조업특별세액감면을 적용할 수 없다는 지적에 따라 이 건 처분하였고,

청구인은 폐업일 이후에 적출되었다 하더라도 적출소득이 귀속되는 연도인 1997년 이후 폐업하기 이전까지 쟁점감면세액에 상당하는 금액이상을 장기차입금상환 등에 사용하여 전시규정의 중소제조업 특별세액감면의 사후관리 요건을 충족하였으므로 쟁점감면세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 폐업일 이후 적출된 소득금액에 대한 쟁점감면세액이 당해 연도 종합소득세 산출세액에서 공제 가능한 경우는

첫째, 중소제조업 특별감면세액에 대하여 전시규정에 의한 사후관리기간의 기산일을 당해 감면대상소득이 발생한 연도의 종합소득세 과세표준 신고기한 다음날로 보는 경우는 그 날로부터 폐업일 이전의 사후관리 기간내에 적법하게 장기차입금의 상환 등에 사용하였다면 쟁점감면세액의 공제가 가능할 것이고,

둘째, 중소제조업 특별감면세액의 사후관리기간의 기산일을 동 특별세액감면을 적용 받은 날의 다음날로 보는 경우에는 폐업일 이후에 적출된 소득에 대한 쟁점감면세액은 폐업으로 인하여 전시규정에 의한 장기차입금 등의 상환에 사용할 수 없어 원천적으로 세액감면이 불가능하나,

청구인이 전시규정에 의한 사업의 포괄양수도에 의하여 법인전환되었다면 계속적으로 사업을 영위하고 있는 것으로 보아 특별세액감면의 적용이 가능할 것이다.

(4) 먼저 중소제조업 특별감면세액의 사후관리기간의 기산일을 언제로 볼 것인가에 대하여 살펴보면,

전시한 구 조세감면규제법은 특별세액감면의 적용을 받은 사업자는 일정기간 내에 특별감면세액의 상당액을 장기차입금의 상환에 사용하거나 사업용 고정자산을 구입하는 데 사용하도록 규정하고 있는 바,

이는 특별세액감면의 적용을 받은 사업자로 하여금 세액감면의 해택을 당해 업체의 재무구조의 개선을 위하여 사용하거나 또는 사업용 고정자산의 구입에 투자하도록 하는 취지로 해석되므로 사업자가 특별세액감면의 적용을 받아 감면세액이 발생한 경우에만 위의 취지에 맞게 감면세액을 사용하는 것이 가능하다고 보아야 할 것이다.

(5) 이러한 점에서 전시한 구 조세감면규제법 시행령 제108조 제5항에 “세액감면을 적용받은 날부터 2년 이내에, 동항 제2호의 경우에는 5년 이내에 사용하여야 한다”의 “적용받은 날”을 해석함에 있어 종합소득세 과세표준신고시 세액감면을 적용한 경우는 그 자진신고일로 보아야 하고, 추가로 종합소득세를 경정하는 경우는 감면결정일 또는 경정결정일로 보아야 할 것이므로 특별감면세액의 사후관리 기산일은 당해 소득을 신고한 경우는 그 신고일 다음날부터, 소득금액의 결정시에는 그 감면결정일이나 경정결정일 다음날로 보아야 할 것으로 판단된다.

따라서 쟁점감면세액은 이미 청구인이 폐업된 이후에 적출된 소득금액에 의한 경정결정에 따른 금액이므로 전시규정에 의한 적법한 사용이 불가능한 것으로 보여 청구인의 주장은 인정하기 어렵다.

(6) 다음으로 청구인이 전시규정에 의한 사업의 포괄적인 양도양수에 의하여 법인전환하였는 지에 대하여 살펴보면,

사업의 포괄적인 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 물적, 인적시설 및 권리·의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하므로(같은 뜻 대법97누3224, 1998.3.27),

청구인은 청구외 (주)OOOO과 사업의 포괄양도양수계약서를 작성하고 법인전환하였으나, 사업용자산 중 중요요소로 볼 수 있는 토지와 건물을 제외하고 양도하여 위의 물적, 인적시설 및 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였다고 보기 어렵고 사업의 동일성이 유지되지 않은 것으로 판단되어 청구인은 사업의 포괄양도양수에 의하여 법인전환한 것으로는 볼 수 없다.

(7) 위의 내용을 종합해보면 청구인은 전시한 구 조세감면규제법의 사업의 포괄양도양수에 의하여 법인전환하지 않아 폐업일에 사업을 폐지한 것으로 보이고, 따라서 폐업일 이후에 적출된 제조업 소득금액에 대한 쟁점감면세액은 원천적으로 적법하게 사용할 수 없는 것으로 보여 쟁점감면세액에 대한 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.