2. 피고가 2015. 3. 19. 원고에게 한 2009 사업연도 귀속 법인세 281,208,430원(가산세 109,738,468원 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 법원이 이 판결에 기재할 이유는 아래 제2항에서 고쳐 쓰는 부분 이외에는 제1심 판결문의 이유 중 제1, 2항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

제1심 판결문 제3면 제21행의 "대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등" 을 "대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결 등"으로, 제4면 제1행과 제8면 제3행의 "구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 이전의 것"을 "구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 이전의 것"으로 각 고쳐 쓴다.

제1심 판결문 제5면 제17행부터 제7면 제4행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『2) 구체적인 판단

위와 같은 법리 및 갑 제3, 4, 8 내지 16호증, 을 제3, 4, 6 내지 9, 11 내지 17의 각 기재, 당심 증인 김○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 이 사건 영업권은 결합회계준칙에 따른 것으로 보일 뿐 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보이지 아니하고 달리 이를 인정할 증거가 없어, 이 사건 영업권이 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

가) 원고가 피합병법인을 합병함에 있어 결합회계준칙에 따라 그 차액을 회계장부에 이 사건 영업권으로 계상하였다는 것만으로는 세법상으로 유의미한 영업권의 존재 내지 그에 대한 실질적인 평가가 있다고 단정할 수 없으며, 오히려 원고는 이 사건 영업권이 세법상 영업권에 해당하지 않는다고 보고 스스로 2009 회계연도 법인세 신고시 이 사건 영업권을 손금불산입함으로써 감가상각의 대상으로 삼지 아니하였다.

나) 원고는 1992년 12월경 설립되어 ○○○과 주식회사(이하 '○○○과'라 한다)로부터 껌, 초콜릿 등을 주문받아 제조ㆍ납품하는 회사로서 원고의 주된 매출처는 ○○○과이어서 ○○○과로부터의 주문량에 따라 원고의 매출액도 변동을 하게 되며, 피합병법인은 1999년 7월경 설립되어 원고로부터 껌 포장을 주문받아 원고의 포장설비를 이용하여 포장ㆍ납품하는 원고의 사내하청업체로서 원고와 거래 이외에는 다른 거래가 없어 거래처나 상호, 기술력 등의 무형의 자산으로 평가할 수 있는 자산이 없었던 것으로 보인다.

다) 피합병법인은 ① 2008년 말 기준 자산총계 657,893,404원 중 당좌자산이 약95.3%인 615,130,898원이며, 유형자산은 3,791,406원이었고, ② 2008년 말 기준 매출액은 1,693,181,959원, 영업이익은 94,179,635원, 당기순이익은 147,306,488원, 이익잉여금 잔액은 150,329,998원이었으며, ③ 2005년부터 2008년까지 영업이익률은 2005년 9.79%, 2006년 5.59%, 2007년 8.18%, 2008년 5.56%이었고, ④ 2005년부터 2008년까지 법인세 신고 소득금액 및 소득률은 2005년 168,877,390원(소득률 11.48%), 2006년 69,884,048원(소득률 5.02%), 2007년 154,640,979원(소득률 10.93%), 2008년135,698,926원(소득률 8.01%)으로 경영상태가 양호하였으나, 2008년 금융위기 이후로는 이전에 비하여 경영상태가 나빠지고 있었으며, 피합병법인의 매출은 모두 원고로부터의 하도급에 의존하고 있어 원고의 매출이 감소하면 그에 비례하여 피합병법인의 매출도 감소할 수밖에 없어 독자적인 수익체제를 갖추었다고 보이지 않는다.

라) 원고의 주주와 피합병법인의 주주는 모두 원고의 대표이사인 ○○웅의 친인척들인 특수관계인으로 구성되어 있었는데, 원고는 2008년 금융위기로 ○○○과로부터 주문량이 감소하게 되자 구조조정을 통한 경영합리화로 이를 극복하고 특수관계인 사이의 하도급거래에 대한 세무상 문제발생 가능성을 해소하고 조직통합에 따른 인력운영의 효율성 제고로 간접비를 절감할 목적으로 피합병법인을 합병한 것으로 보인다.

마) 원고가 피합병법인을 합병한 이후인 2010년부터 원고의 수입이 증가하였다고 하더라도, 법인세를 산정함에 있어 이 사건 영업권을 익금으로 산정할 것인지는 합병당시를 기준으로 무형의 자산으로서 영업권 취득을 세법상 인식할 것인지 살펴보아야 할 뿐만 아니라 수입 증가는 여러 가지 다양한 요소가 개입될 수 있으므로, 원고가 합병 이후의 사업연도에 수입이 증가하였다는 점만으로는 이 사건 영업권을 합병 당시 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급하였다고 단정할 수 없다.』

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용한다. 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소한다.