가. 국민임대주택단지의 조성공사에 관한 도급계약의 체결 1) 피고는 2006. 11. 13. 서울 구로구 천왕동 일원 천왕2지구 국민임대주택단지 예정지구의 단지조성사업을 위한 사업시행자로 지정되었다. 이에 피고는 입찰을 거쳐 2010. 2. 18. 원고 및 소외 주식회사 록마산업(이하 ‘록마산업’이라 한다

)의 공동수급체(지분 비율 원고 60%, 록마산업 40%)와 사이에, 이 사건 주택단지의 택지조성공사{토공사, 도로 및 포장공사, 하수도 공사(우수, 오수, 상수도), 구조물공사, 부대공사 등, 이하 ‘이 사건 조성공사’라 한다

}에 관하여 계약금액 13,182,186,830원(부가가치세 포함)으로 된 공사도급계약을 체결하였다(이후 설계변경 등의 사유로 변경계약이 여러 차례 체결되어 2014. 6. 30. 최종적으로 체결된 변경계약에 따른 계약금액은 20,016,200,000원이 되었다,

이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다

). 2) 천왕2지구 국민임대주택단지에는 주택법 제2조 제3호 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “국민주택”이란 제60조에 따른 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85㎡ 이하인 주택(괄호 생략)을 말한다.

(이하 생략) 에서 규정하고 있는 국민주택(주거전용면적이 1호 또는 1세대당 85㎡ 이하인 주택을 가리킨다)이 포함되어 있다.

이에 원고 및 록마산업과 피고는 이 사건 도급계약을 체결하면서, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 조세제한특례법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

(이하 생략)...

참조조문