가. OOO은 주식회사 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 2017.6.23. 이 건 법인의 주주인 OOO으로부터 이 건 법인의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 최초로 과점주주OOO가 되었음에도 과점주주에 대한 취득세 등을 신고·납부하지 않은 사실을 확인하고, 2020.2.14. 처분청에 과점주주 취득세 과세자료를 통보하였다.

나. 처분청은 이러한 과세자료 통보에 따라 과점주주에 대한 취득세 납세의무 성립일인 2017.6.23. 당시 이 건 법인의 처분청 소재 취득세 과세대상 물건의 장부가액OOO에 청구인의 주식 소유비율(100%)을 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2020.4.13. 청구인에게 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2017.6.23. 쟁점주식을 OOO으로부터 매매로 이전받음으로 인하여 100% 주식을 소유하게 되었고, 이로 인하여 과점주주인 청구인에게 취득세가 부과될 예정이라는 과세예고 통지서는 청구인이 처분청에 전화를 하여 팩스로 받고, 고지서를 받지 못한 상태에서 은행의 지방세납부시스템으로 납부를 한 상태인바,

청구인이 쟁점주식의 양도와 관련하여 세무사 직원에게 상담을 하였으나 아직 양수 여부를 결정하지 않은 상태에서 세무사사무소 직원의 착오로 쟁점주식에 대한 양도신고와 증권거래세 납부가 이루어졌고, 이후 국세에서는 착오를 인정해주어 납부한 증권거래세를 환불받았는데, 처분청에서는 이를 인정하지 아니하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

과점주주의 간주취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만, 증빙자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증(대법원 2003두1615, 2004.7.9. 선고)하여야 할 것이며, 그 명의자임을 주장하는 자는 본인의 명의가 도용당하였다거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있는바(조심 2014지664, 2014.6.30., 같은 뜻임),

이 건 법인이 관할세무서장에게 제출한 2017사업연도 주식등변동상황명세서에 의하면, 청구인이 2017.6.23. 쟁점주식을 OOO으로부터 취득하여 이 건 법인의 100% 과점주주가 된 것으로 기재되어 있고, 청구인 스스로도 쟁점주식을 2017.6.23. OOO으로부터 매매로 이전받음으로 인하여 이 건 법인의 주식 100%를 점유하게 되었다고 주장하고 있으며, OOO도 쟁점주식을 매도한 후 2017.6.30. OOO에게 증권거래세 신고서를 제출하고 증권거래세를 납부하였고,

이 건 법인에 대한 OOO의 세무조사 이후 OOO이 2019.11.27. 증권거래세의 환급을 요청하여 증권거래세를 환급받은 사실은 있으나, 이런 사실만으로 이 건 법인이 관할세무서장에게 제출한 2017사업연도 주식등변동상황명세서 및 주식양도계약서가 무효라고 볼 수는 없다 할 것이며, 청구인의 세무대리인이 작성한 사유서는 사인이 임의로 작성할 수 있어 진실성까지 증명하는 것은 아니므로 객관적인 증빙자료로 인정하기 어렵고, 청구인이 2017.6.23. 쟁점주식을 OOO으로부터 취득하지 아니하였다는 사실이 법원의 확정판결이나 객관적 자료에 의하여 입증되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구인이 2017.6.23. 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 착오로 주식을 취득한 것으로 신고하였으나 그 후 이를 정정하였으므로 처분청이 청구인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조를 준용한다.

(2) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주( 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.

④ 법 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득세 과세자료를 확인한 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 과점주주에게 과세할 과세물건이 다른 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 구(자치구를 말한다. 이하 "시ㆍ군ㆍ구"라 한다)에 있을 경우에는 지체 없이 그 과세물건을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 과점주주의 주식등의 비율, 과세물건, 가격명세 및 그 밖에 취득세 부과에 필요한 자료를 통보하여야 한다.

(3) 지방세기본법(2018.12.24. 법률 제16039호로 일부개정되기 전의 것)

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 등기사항일부증명서에 의하면, 이 건 법인은 2016.5.27. OOO를 본점소재지로, 부동산 분양 및 분양대행업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 확인된다.

(나) 이 건 법인 설립당시 OOO이 대표이사로, 청구인이 감사로 각각 재직하다가, 2016.10.24. 청구인이 대표이사에 취임한 것으로 확인된다.

(다) OOO은 2019.9.11. OOO에게 비상장법인에 대한 과점주주 특별세무조사 계획에 따라 주식등변동상황명세서 등의 자료를 요청하여 2019.9.23. 이를 회신받았으며, 회신받은 자료에 따르면 이 건 법인의 2017년 주식변동상황명세서 상 주식변동상황은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 이 건 법인의 주식 변동 상황

(라) OOO은 2017.6.30. 쟁점주식의 양도와 관련하여 OOO에게 증권거래세 신고서(납부할 세액 OOO원)를 제출한 것으로 확인된다.

(마) OOO이 2019.12.12. OOO에게 회신한 자료 중 주식양도계약서에 따르면, 2017.6.23. OOO은 쟁점주식을 청구인에게 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.

(바) OOO은 2019.11.27. OOO에게 착오신고를 사유로 증권거래세 과세표준 및 세액결정(경정)청구를 하여 2020.1.29. 증권거래세 OOO원을 환급받은 것으로 확인된다.

(사) 청구인은 2018.10.2. 쟁점주식을 다시 양도한 것으로 하여 증권거래세 신고를 하였다가, 2019.11.27. 착오신고를 이유로 경정청구를 하였던 것으로 나타난다.

(아) 세무법인 OOO의 담당직원 OOO이 2020.1.23. 작성한 사유서 에는 “위 당사자간 2017.6.23. 주식양도·양수건은 세무법인OOO 직원이 OOO를 담당할 때 상담내용이 결정이 나지 않았음에도 착각하여 양도신고를 제출하고 퇴사하였습니다. 그 사실을 2019년 10월 납세자 OOO에 의해 알게 되어 세무사님께 보고 된 후 이를 바로 잡기위해 수정신고를 하게 되었습니다”라는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 「지방세기본법」제46조 제2호에서 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 과점주주로 보도록 규정하고 있다.

(나) 청구인은 세무사 사무실 담당직원의 착오로 청구인이 쟁점주식을 취득한 것으로 신고하였으나 경정청구를 통하여 착오를 정정하고 납부한 증권거래세를 환급받았음에도 이를 인정하지 아니하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하나,

이 건 법인의 법인세 신고시 제출한 주식등 변동상황명세서에서 OOO이 쟁점주식을 청구인에게 양도한 것으로 기재되어 있었던 점, OOO이 주식 양도에 따른 증권거래세 등을 신고납부하였던 점, 청구인이 2018.10.2. 쟁점주식을 다시 OOO에게 양도하는 것으로 하여 별도로 증권거래세 신고를 하였던 점, 청구인이 2017.6.30. 쟁점주식을 취득한 후 2년 이상이 경과한 2019.11.27. 이 건 법인의 세무조사에 따라 양도인 OOO이 주식을 양도하지 아니한 것으로 경정청구를 하여 납부한 증권거래세를 환급받은 사실은 있으나, 이러한 사실만으로 전혀 쟁점 주식의 양도가 이루어지지 아니하였음에도 단순히 착오로 증권거래세 등을 신고하였다가 이를 정정한 것으로 보기에는 신빙성이 부족하다 하겠다.

(다) 따라서, 처분청이 청구인에게 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.