가. 원고는 2011. 12. 27. 부산파이낸스센터피에프브이 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 부산 남구 문현동 1229-1 소재 부산국제금융센터 902호 외 4개 사무실에 관한 분양계약을 체결하였는바, 위 분양계약의 내용은 아래 <표1>과 같다.

나. 소외 회사는 위 분양계약에 따라 원고로부터 분양대금을 지급받고 원고에게 각 세금계산서를 발급하였는바, 이 사건 분양계약에 따른 각 분양대금 지급일 및 각 세금계산서 발급일은 아래 <표2>와 같다.

다. 위 분양계약 당시 잔금지급기일은 ‘실입주일과 입주기한 중 먼저 도래하는 날’로 약정하였는데, 원고는 입주기한인 2014. 10. 31.보다 앞선 2014. 8. 29. 위 902호에 입주하였다. 라.

원고는 위 나항 기재와 같이 2011년 제2기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 소외 회사로부터 발급받은 매입세금계산서와 관련하여, 그 매입세액을 공제되지 아니하는 매입세액인 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’(부가가치세법 제39조 제1항 제7호)으로 신고하였다가, 2015. 1. 26. 피고에게 과면세 겸업사업자로서 임대업에 관련한 부분에 대해서는 매입세액을 공제하여 달라는 내용의 경정청구서를 제출하였던바, 원고의 총 환급신청세액은 1,007,694,000원(= 2011년 제2기 201,539,000원 2012년 제1기 151,154,000원 2012년 제2기 151,154,000원 2013년 제1기 151,154,000원 2013년 제2기 151,154,000원 2014년 제2기 201,539,000원)이다.

마. 피고는 경정청구세액 중 2011년 제2기부터 2013년 제2기분에 해당하는 부가가치세 합계 806,156,850원에 대하여는 경정청구를 받아들여 이를 원고에게 환급하였으나, 2014년 제2기분에 대하여는 세금계산서(공급가액 3,010,400,000원, 이하 ‘쟁점세금계산서’라고 한다)...

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