2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고의 부동산 취득 및 본점 소재지의 이전등기 등

⑴ 원고는 2002. 8. 29. 안양시 동안구 (주소 3 생략) 대 14,044.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대한 원고 명의의 소유권이전등기를 마친 후, 같은 날 과세표준을 45,119,381,990원으로 하여 아래 표와 같이 계산한 이 사건 토지의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고·납부하였다.

⑵ 원고는 2007. 3. 14. 이 사건 토지 지상에 오피스텔(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축·취득한 후, 다음 날 과세표준을 229,908,780,818원으로 하여 아래 표와 같이 계산한 이 사건 건물의 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고·납부하였다.

⑶ 한편, 원고는 2000. 7. 12. 서울 강남구 (주소 6 생략)을 본점으로 하여 설립되었고, 이후 법인등기부상 원고의 본점 소재지의 변동 내역은 아래 표와 같으며, 특히 이 사건 토지를 취득하기 하루 전날인 2002. 8. 28. 본점 소재지를 수도권정비계획법상의 과밀억제권역이 아닌(즉, 등록세가 중과세되지 않는 지역인) 용인시 (주소 1 생략)로 이전등기하였다.

⑷ 주식회사 국도이앤씨(이하 ‘국도이앤씨’라 한다)는 1993. 10. 8.에, 주식회사 국도엔지니어링은 2001. 11. 8.에, 주식회사 대영디앤씨는 2003. 8. 25.에, 주식회사 두라씨앤디는 2005. 5. 2.에 설립되었고, 한교건설 주식회사는 2005. 6. 1.에, 설립되었으며, 주식회사 정은이앤씨는 2005. 6. 24에 각 설립되었는데, 위 회사들의 대표이사는 모두 원고의 대표이사와 동일인이며, 국도이앤씨를 주축으로 하여 ‘국도’라는 명칭으로 활동하고 있다.

나. 세무조사 및 부과처분

⑴ 경기도와 안양시는 2008. 4. 15.부터 2008. 4. 17.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하여, 원고가 등기부상 2002. 8. 28. 용인시로 본점을 이전한 것으로 되어 있으나 실제로는 여전히 서울에 본점이 있었고, 2007. 3. 30.에 이르러서야 비로소 이 사건 건물의 (동호수 생략)으로 본점을 이전하였다는 판단을 내렸다.

⑵ 피고는 2008. 9. 10. 이 사건 토지의 소유권이전등기는 대도시인 서울특별시 내에서 법인설립 후 5년 이내의 부동산등기로서, 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 , 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제102조 제2항 에 따라 과세표준을 49,881,896,535원으로 하여 산정한 등록세 3,591,496,540원(본세 2,992,913,790원, 가산세 598,582,750원), 지방교육세 658,441,020원(본세 598,582,750원, 가산세 59,858,270원)을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘제1처분’이라 한다)을 하였다.

⑶ 또한 피고는 같은 날 이 사건 건물 중 (동호수 생략)은 과밀억제권역안에서 취득한 법인의 본점으로 사용하는 부동산으로서, 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것) 제112조 제1항 , 제3항 , 구 지방세법 시행령 제84조의2 제3항 에 따라 과세표준을 291,737,638원으로 하여 산정한 취득세 15,750,320원(본세 11,669,500원, 가산세 4,080,820원), 농어촌특별세 1,575,030원(본세 1,166,950원, 가산세 1,575,030원)을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘제2처분’이라 하고, 위 제1처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1 내지 5, 21, 24 내지 26호증(각 가지번호 포함)의 각 기재

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

⑴ 피고는 등기부상 원고의 본점이 2002. 8. 28. 용인시로 이전되어 그 이후로 계속 용인시로 되어 있었음에도 사실상 본점이 서울에 있다는 이유로 이 사건 각 처분을 하였는데, 조세법률주의의 원칙상 법인의 본점에 대한 판단은 오로지 등기부에 따라 판단하여야 하는 점에서 이 사건 각 처분은 위법하다.

⑵ 설령, 법인의 본점에 대한 판단을 등기부와 관계없이 사실상 본점에 해당하는지 여부로 판단하여야 한다고 하더라도, 원고는 2002. 8. 28. 실질적으로 그 본점을 용인시로 이전하였고, 이후로도 계속 실질적으로 용인시에 본점을 두었으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다. 특히 제1처분의 경우 등록세, 지방교육세의 부과제척기간은 그 등기일로부터 5년이라고 할 것인데, 제1처분 당시 이미 5년이 도과하였으므로, 제1처분은 위법하다.

⑶ 피고는 세무조사 당시 원고에게 아무런 소명자료의 제출 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 과세권을 남용한 위법한 처분이다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 판 단

⑴ 첫 번째 주장에 대한 판단

대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 소재지는 단순히 법인등기부상의 주소만으로 판단할 것이 아니라 그 실질에 따라 판단하여야 할 것이다. 따라서 이와 달리 법인의 본점을 오로지 그 등기부의 기재에 따라 판단하여야 한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

⑵ 두 번째 주장에 대한 판단

㈎ 먼저, 제1처분에 대하여 본다.

1) 을 8 내지 18호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 2002. 8. 28.자로 원고의 본점 소재지로 등재된 ‘용인시 (주소 1 생략)’에는 건축물이 없었고, 2002. 8. 31.자로 원고의 본점 소재지로 등재된 ‘용인시 (주소 5 생략)’ 지상에는 가건물이 있었는데, 그 현재 소유자는 원고와 관계없는 주식회사 호주건설인 점, ② 원고가 위와 같이 그의 본점 소재지를 서울에서 용인으로 이전하면서 이사비를 지출하지 않은 점, ③ 원고를 비롯하여 국도이엔씨, 주식회사 국도엔지니어링, 주식회사 대영디엔씨, 한교건설 주식회사, 주식회사 두라씨엔디, 주식회사 정은이엔씨가 공동으로 사용하고 있는 인터넷 홈페이지상에는 위 회사들의 주소가 단지 2003. 10.경 서울 강남구 (주소 4 생략)인 것으로 기재되어 있었을 뿐, 원고의 주소가 용인시로 이전하였다는 아무런 기재가 없었던 점, ④ 원고는 법인등기부상 본점소재지를 용인시로 이전한 이후인 2002. 9.부터 2003. 10.까지도 종전 본점 소재지인 (주소 2 생략)의 임대 및 관리비라는 명목으로 매월 3,000,000원씩, 야간무인경비업체인 주식회사 에스원 서초에 경비 명목으로 매월 130,000원씩 지출하였고, 또한 서울 반포동 인근에 소재한 식당, 문구점 등에 식비, 사무용품 구입비 등을 다수 지출한 점, ⑤ 원고는 2002. 10. 5.부터 2006. 11. 7. 사이에 세금계산서를 발행하면서 그 중 일부에 원고의 주소를 ‘서울 서초구 (주소 2 생략)’으로 기재한 점, ⑥ 원고는 2002. 8.분부터 2002. 12.분까지의 주민세를 종전과 같이 서울 서초구청에 계속 납부한 점 등에 비추어 보면, 비록 원고의 법인등기부상 본점 소재지가 2002. 8. 28. 용인시로 이전되었다고 하더라도, 이러한 본점의 이전이 단지 등기부상으로만 이전되었을 뿐이고, 그 실질적인 본점은 여전히 서울에 두고 있었다고 의심이 들 수 있다.

그런데 한편, 갑 3 내지 10, 13, 15, 19, 21 내지 49, 52, 64 내지 68호증, 을 13, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 증인 소외 3의 증언, 증인 소외 4의 일부증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 법인등기부상 본점 소재지를 2002. 8. 28. ‘용인시 (주소 1 생략)’으로 이전하였다가 2002. 8. 31. ‘용인시 (주소 5 생략)’으로 다시 이전하였는데, 당초 ‘용인시 (주소 1 생략)’은 착오로 잘못 등재한 것으로 보이는 점, ② 위 용인시 (주소 5 생략) 지상에는 가건물이 존재하고 그 현재 소유자는 원고와 무관한 주식회사 호주건설이지만, 원고가 본점을 서울에서 용인시로 이전등기할 무렵 당시의 소유자는 원고의 관계사인 국도건설이었고, 그 사용자는 국도건설로부터 위 가건물 2층의 사무실을 승계한 원고의 관계사인 국도이앤씨였으며, 원고는 위 국도이앤씨로부터 위 사무실을 승계하여 사용하기 시작하였고, 위 사무실에 원고의 사장실까지 있었던 것으로 보이는 점, ③ 원고는 인근의 주식회사 광명사무기로부터 새로 임대한 복사기를 제외하고는 당초 국도이앤씨가 사용하던 각종 사무비품을 그대로 인수하여 사용하게 되어 별도의 이사비를 지출하지 않게 되었던 것으로 볼 여지도 있는 점, ④ 당시 원고는 2001년부터 그 명의로 용인 동백지역 아파트 개발사업을 진행하고 있어서 이미 용인시에서도 업무를 보고 있었던 점, ⑤ 원고의 인터넷 홈페이지는 ‘국도’의 계열사가 모두 사용하고 있는 것으로서 당시 국도의 주력사는 국도이앤씨였고, 국도이앤씨의 당시 주소가 ‘서울 강남구 (주소 4 생략)’이어서 국도의 계열사인 원고의 주소 역시 마치 위 (주소 4 생략)으로 표시하였을 가능성이 충분한 점, ⑥ 원고의 등기부상 본점이 용인시로 이전된 후 원고는 그곳에서 발생한 통신비를 납부하였고, 그곳에서 법인세, 갑근세, 주민세, 차량 등록세 등을 납부하였으며, 대부분의 식비, 유류구입 등의 비용 지출도 그곳에서 행하였고, 당시 발행된 대부분의 계약서 내지 세금계산서상 원고 주소도 용인시로 기재된 점, ⑦ 위와 같은 2002. 8. 28.자 원고의 본점 이전등기는 2002. 8. 28. 본점을 용인시로 이전하는 내용으로 정관을 변경하는 주주총회의 특별결의와 이사회 의결을 거쳐 이루어진 점, ⑧ 원고의 주택건설사업자 등록도 그 주소지를 용인시로 하여 이루어 진 점 등에 비추어 보면, 원고가 2002. 8. 28. 실제로 그 본점을 용인시로 이전하였다고 볼 여지도 충분하다.

결국, 원고가 실제로 그 본점을 이전하지 않은 채 단지 등록세 등의 중과세를 회피하기 위하여 법인등기부상으로만 본점 소재지를 이전하였다고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고가 법인등기부상으로만 본점 소재지를 이전하였음을 전제로 하는 피고의 제1처분은 위법하다.

2) 다만, 원고가 법인등기부상 본점 소재지를 용인시로 이전한 2002. 8. 28.부터 1년 정도의 기간 동안 종전의 본점 소재지인 서울 서초구 반포동 709-1 소재 (주소 2 생략) 2층에서도 일부 영업을 계속한 것으로 볼 수 있는 사정들이 엿보이고, 이러한 경우 서울에도 사실상 지점을 설치한 것으로 보아 그 후 취득한 이 사건 토지에 대한 등록세를 중과할 수 있는 여지가 있지도 하지만, 앞서 본 바와 같이 원고가 2002. 8. 28. 법인등기부상 본점 소재지를 용인시로 이전한 것을 허위라고 단정할 수 없으므로, 원고가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 것으로 보아 그 제척기간이 10년으로 연장되었다고 볼 수는 없다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 취득한 2002. 8. 29.부터 5년의 제척기간이 도과한 이후에 이루어진 제1처분은 위법하다.

㈏ 다음으로, 제2처분에 대하여 본다.

을 18, 22, 33호증(각 가지번호 포함)의 기재와 증인 소외 1의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2007. 1. 8.부터 2007. 4. 5. 사이에 세금계산서를 발행하면서 그 대부분에 원고의 주소지를 이 사건 건물로 기재한 점, ② 원고 회사 직원의 명함에도 원고의 주소가 이 사건 건물 중 (동호수 생략)으로 기재되어 있는 점, ③ 이 사건 건물 중 (동호수 생략) 문 앞에 원고를 포함한 국도계열사의 명칭이 기재된 간판이 붙어 있던 점, ④ 피고의 세무조사 요청에 대하여 원고는 이 사건 건물 중 (동호수 생략)으로 나오라고 하였고, 그곳에 원고의 대부분의 세무조사 관련 자료가 있던 점, ⑤ 게다가 원고가 이 사건 건물을 취득할 당시 원고는 이 사건 건물의 관리 외에 다른 업무를 하고 있지 않았으며, 원고는 당초 이 사건 건물을 취득하여 관리할 목적으로 설립된 법인으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건물을 취득한 이후부터는 그 실질적인 본점을 이 사건 건물 중 (동호수 생략)로 삼고, 그곳에서 업무를 하였다고 봄이 상당하다(이에 반하는 증인 소외 4의 일부 증언은 이를 믿지 아니한다).

이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑶ 세 번째 주장에 대한 판단

을 30, 31호증의 각 기재에 의하면, 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2008. 5. 2. 원고에게 이 사건 토지 및 건물에 대한 등록세, 취득세 등이 중과될 예정이라고 통지하면서 과세전 적부심사를 청구할 수 있음을 통지하였고, 이에 따라 원고는 2008. 6. 4. 피고에게 그의 본점 소재지가 서울이나 안양시가 아니라 계속 용인시였다는 자료를 제출한 사실이 인정되는바, 사정이 이와 같다면, 피고가 원고에게 아무런 소명자료의 제출 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 각 처분을 하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 제1처분은 위법하므로 이를 취소하고, 제2처분에 대한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.

[별지 관계 법령 생략]

판사 최재혁(재판장) 황인경 민규남

심급 사건

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