2. 나머지 청구는 기각합니다.

가. 청구법인은 1996.6.22.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 소프트웨어 자문 및 개발 제공업을 영위하는 법인으로 주식회사 ○○○로부터 2001.10.30. 공급가액 20백만원(이하 “쟁점1금액”이라 한다), 2001.11.30. 공급가액 10백만원(이하 “쟁점2금액”이라 한다), 합계 30백만원의 매입세금계산서를 수취하여 관련매입세액을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고납부하는 한편, 쟁점2금액을 손금으로 계상하였다.

나. 처분청은 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 매입세금계산서를 자료상으로부터 실물거래없이 수취한 허위의 매입세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 2006.2.1. 청구법인에게 부가가치세 2001년 제2기분 6,100,500원을 결정고지 하는 한편, 법인소득금액계산시 쟁점1금액 및 쟁점2금액 모두 손금불산입하여 법인세 2001사업연도분 9,124,800원을 결정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.5.1. 이의신청을 거쳐 2006.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2001.10.30.자로 매입한 쟁점1금액 20백만원은 청구법인의 소프트웨어 개발용 서버시스템 구축을 위하여 사용중인 감가상각대상 자산이며, 2001.11.30.자로 매입한 쟁점2금액 10백만원은 청구법인이 2001.12.20. 경찰청에 납품한 매출금액(14,400천원) 관련 매입금액으로 정상적인 매입금액임에도 청구법인에게 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○가 자료상으로 확정되었다 하여 가공매입으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인에게 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○가 자료상으로 확정되었다 하더라도 청구법인이 현금으로 대금을 지급한 사실, 쟁점1금액의 매입금액을 감가상각자산으로 계상하고 있는 사실, 쟁점2금액이 경찰청에 납품한 매출금액의 원가를 구성하고 있는 사실 등이 관련 증빙자료에 의하여 확인되므로 매입사실은 인정하여 법인소득 계산시 손금으로 인정하여야 한다.

(3) 예비적으로 처분청이 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입한 것으로 보더라도 청구법인이 쟁점1금액을 감가상각자산으로 계상하여 당해 사업연도에 전액을 손금으로 계상한 사실이 없음에도 전액 손금불산입함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인에게 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○는 2005년 8월 처분청이 자료상으로 확정하여 고발한 법인으로 청구법인이 지급증빙으로 제시한 청구법인의 예금 계좌에서의 출금내역만으로는 주식회사 ○○○와 실지로 거래한 사실이 입증되지 아니하므로 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 주식회사 ○○○의 부사장 명함을 소지한 유○○과 거래상담하여 실물을 매입하였다고 주장하나 청구법인이 거래당사자로 지목한 유○○은 주식회사 ○○○의 직원으로 확인되지 아니하고 자료상으로 고발된 사실이 있는 자이므로 실지 매입처로 인정하기 어렵고 대금지급사실도 객관적인 증빙에 의하여 입증되지 아니하므로 가공매입으로 보아 법인소득계산시 손금불산입한 처분도 정당하다.

(3) 청구법인은 가공매입을 인정하는 경우에도 쟁점1금액은 감가상각자산으로 계상되어 있고 매입금액 전액을 손금으로 계상하지 아니하였다고 주장하나, 이는 당초 과세자료 처리시 소명하지 아니한 내용으로 신빙성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점1금액 및 쟁점2금액의 매입금액을 가공매입으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분 및 법인소득계산시 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만 대통령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서 생략).

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입금액으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하는 한편, 법인소득계산시 손금불산입하였는 바, 그 처분근거를 살펴보면, 청구법인에게 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○는 처분청의 자료상혐의자조사결과 자료상으로 확정된 업체이며, 청구법인이 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 대금을 지급한 사실이 금융자료 등 객관적 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 점을 들고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점1금액 및 쟁점2금액은 실지로 실물을 매입한 것이라고 주장하면서 청구법인 예금계좌(○○은행 ○○지점 000-00000-000)의 2001.12.28. 11,000,000원, 2001.12.31. 22,000,000원의 출금내역, 청구법인이 한국전자산업진흥회로부터의 대출자금으로 E-CARSHOP SITE 웹서버용 컴퓨터를 취득하여 장부상 비품으로 계상한 사실이 확인되는 사업완료보고서, 경찰청에 납품한 물품관련 구매표준계약서 등을 증빙자료로 제시하고 있다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙자료에 기초하여 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 실지매입한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 컴퓨터 및 주변기기를 주식회사 ○○○로부터 매입하고 대금은 전부 현금으로 지급하였다고 주장하나, 주식회사 ○○○가 자료상으로 확정된 사실을 고려할 때 청구법인의 예금계좌(○○은행 000-00000 -000)에서 쟁점1금액 및 쟁점2금액 상당액이 출금된 사실만으로 그 대금을 주식회사 ○○○에게 지급한 것으로 인정하기는 어려운 것으로 보인다.

(나) 또한, 청구법인은 한국전자산업진흥회장에게 보고한 사업완료보고서와 경찰청에 납품한 물품관련 구매표준계약서 및 이에 첨부된 산출내역서 등을 제출하고 있는 바, 이들 서류에 기재되어 있는 품목이 청구법인이 주식회사 ○○○로부터 수취한 거래명세표상의 품목과 일부 유사한 점은 인정되나 이를 근거로 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 물품을 정상적으로 구입한 것으로 단정하기는 어려운 것으로 보인다.

(다) 다만, 청구법인이 이 건 처분전인 2005.11.4.자로 처분청에 제출한 소명자료에 의하면, 쟁점1금액은 HP NETSERVER 및 주변기기를 구입하여 청구법인의 감가상각자산으로 사용하고 있고 쟁점2금액은 LG IBM SERVER 및 주변기기를 구입하여 경찰청에 납품하였다고 소명한 사실이 확인되고, 청구법인이 제시하는 비품계정 기록 및 유형자산감가상각비명세서 기록 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점1금액을 자산으로 계상하여 당해 사업연도에 전액 손금산입한 것으로 보이지 아니한다.

(라) 사실이 이러하다면, 쟁점1금액 및 쟁점2금액의 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○○는 자료상혐의자 조사결과 자료상으로 확정된 자이며, 청구법인이 실지매입한 사실이나 대금을 지급한 사실을 금융자료 등 객관적 증빙에 의하여 입증하지 못하고 있어 청구법인이 제시한 증빙만으로 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 주식회사 ○○○로부터 실지매입한 것으로 인정하기에는 부족한 것으로 보이므로 쟁점1금액 및 쟁점2금액을 가공매입한 것으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 다만, 쟁점1금액은 청구법인이 자산으로 계상하여 법인소득금액계산시 당해사업연도에 감가상각비 상당액만 손금으로 계상한 것으로 보이는 바, 처분청은 청구법인이 손금으로 계상한 감가상각비 상당액을 초과하는 금액만큼 과다하게 손금불산입한 잘못이 인정된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호· 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.