가. 청구법인은 1999.1.1. 개업하여 경상북도 OO시 진량읍 선화리 120-3에서 자동차부품을 제조·판매하는 법인으로, 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고를 하면서 감면대상업종인 제조업과 도매업 중 소득이 발생한 제조업에 대하여만 「조세특례제한법」 제7조의 규정에 따른 감면비율 30%를 적용하여 법인세 감면신청을 하였다.

나. OO지방국세청장은 2009.1.12.부터 2009.2.18.까지 청구법인에 대하여 법인세 서면심리조사를 실시하고, 청구법인에게 제조업에서 발생한 소득과 도매업에서 발생한 결손을 합산하여 과세표준 수정신고를 할 것을 안내하였으나, 청구법인이 이를 이행하지 아니함에 따라 이와 같은 사실을 처분청에 과세자료로 통보하였다.

다. 처분청은 청구법인이 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 신고시 도매업에서 발생한 결손과 제조업에서 발생한 소득을 합산하지 아니하여 감면대상소득을 과다하게 계산하였다는 이유로 2009.6.1. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 6,833,170원과 2007사업연도 법인세 9,124,310원을 각각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인과 같이 중소기업특별세액 감면대상으로 열거된 업종인 제조업 및 도매업을 겸영하여 제조업은 소득이 발생하고, 도매업은 결손이 발생한 경우, ‘제조업의 소득금액과 도매업의 결손금액을 통산하지 아니한다’는 국세청의 해석사례(OO OOOOOOOOOOO, 2003.1.21.)를 적용하여야 함에도 불구하고, 처분청은 이 건과 사실관계가 다른 사안에 대한 해석사례(OO OOOOOOOOOOO, 2003.7.22. ; 동일한 감면대상 업종인 제조업에 대해 수도권 및 비수도권 사업장에서 각각 소득과 결손이 발생한 경우 소득과 결손을 통산하여 감면세액을 계산한다)를 이 건에 적용하였는 바, 이 건 과세처분은 과잉금지의 원칙 내지는 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

「법인세법 시행령」 제96조 제1항 제1호의 규정에 의하면 감면사업에서 발생한 결손금은 감면대상 소득에서 공제하여야 하므로 비록 감면대상업종을 구분경리하였다 하더라도 소득금액과 결손금액을 통산하여야 하고, 감면세액의 계산식은 “산출세액×(감면소득/과세표준)×감면율”이므로 분모인 과세표준은 감면사업의 결손금이 차감된 금액이므로 분자인 감면소득의 계산시 각 감면사업의 결손금과 소득금액을 통산하지 아니한다면 감면세액이 왜곡되어 산출되는 결과를 초래할 뿐만 아니라 2003.7.22. 생산된 국세청 해석사례(OO OOOOOOOOOOO)는 결손금과 소득금액을 합산하지 아니한다는 2003.1.21 생산된 기존의 해석사례(OO OOOOOOOOOOO)를 변경·치유한 것이므로 청구법인의 2006～2007사업연도 법인세 신고시에는 변경된 해석사례를 적용하여야 하는 바, 이 건 과세처분이 과잉금지의 원칙 내지는 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업특별세액 감면대상으로 열거된 업종들을 겸영하는 경우, 결손이 발생한 업종의 소득과 수익이 발생한 업종의 소득을 합산하여 감면대상소득을 계산한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제7조 【중소기업에 대한 특별세액 감면】 ① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

1. 감면업종

가. 제조업

나.～바. (생 략)

사. 도매업

아.～소. (생 략)

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. (생 략)

다.소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30

(2) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

2.～4. (생 략)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

(3) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금·비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액전액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 ‘ 「조세특례제한법」 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해 사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는사업의 소득을 합산하여야 한다.’는 국세청 해석사례(서일46011-10977, 2003.7.22.)에 따라 이 건 청구법인의 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세 경정시 도매업의 결손과 제조업의 소득을 합산하여 감면소득을 계산하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 ‘ 「조세특례제한법」 제7조의 규정을 적용함에 있어서 감면율이 서로 다른 제조업과 도매업을 겸영하는 경우로서 각사업연도 소득금액 중 도매업 부분은 결손이고 제조업 소득과 기타 과세소득이 있는 경우, 「법인세법」 제59조의 규정에 따라 감면세액을 계산함에 있어서 감면소득은 각 사업연도 소득금액 범위내의 제조업 소득금액을 말하는 것이다.’라는 국세청 해석사례(OO OOOOOOOOOOO, 2003.1.21.) 및 처분청의 심사결정례(법인 2003-73, 2003.7.7.)에 따라 수익이 발생한 제조업의 소득만 감면소득으로 보아야 한다는 취지의 주장을 하고 있다.

(3) 살피건대, 「조세특례제한법」 제7조 제1항에서 규정하고 있는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 위 규정에서 열거하고 있는 업종에서 발생한 소득에 대하여 법인세의 일부를 감면하여 줌으로써 관련산업을 정책적으로 육성·발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로, 위 규정에 열거된 사업을 겸영하는 사업자는 어떤 사업을 임의로 선택하여 감면받을 수 없고 해당되는 사업 모두를 감면되는 사업으로 분류하여 소득금액을 계산하는 것이 타당하다 할 것이므로(OO OOOOOOO, 2001.7.23. 같은 뜻), 청구법인의 경우처럼 제조업 부문과 도매업 부문을 구분경리하였다 하더라도 각각의 사업에서 발생한 소득을 합산하여 과세표준을 계산하고, 이에 대응되는 감면소득에 대하여 감면신청을 하여야 하며, 사업별로 청구법인이 유리하다고 판단되는 사업에 대한 소득은 감면신청을 하고 불리하다고 판단되는 사업에 대한 소득은 감면신청을 하지 않아도 된다는 취지는 아니라고 판단된다.

따라서 처분청이 청구법인의 제조업에서 발생한 소득과 도매업에서 발생한 결손을 합산한 소득을 감면대상소득으로 보아 청구법인의 감면세액을 계산한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

2009. 11. 12.

주심조세심판관 박 동 식