가. 청구인은 2007.2.16. OOOO OOO OOO OOO OOOOO 답 3,605㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에게 218,000,000원에 양도하고 양도소득세 과세표준신고를 하지 않았다.

나. 처분청은 쟁점토지를 8년 이상 자경한 농지로 보아 산출세액 47,290,656원 전액을 감면결정하였으나, 법정신고기한까지 양도소득세 과세표준신고를 하지 않았다고 하여 「국세기본법」 제47조의2에 의한 무신고가산세를 적용하여 2010.1.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 9,458,130원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.2. 이의신청을 거쳐 2010.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되므로 면제신청이 있어야만 되는 것이 아니라 할 것이고, 그 면제신청에 대한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 납세의무자로부터 소정의 기한 내에 세액면제신청서의 제출이 없더라도 면제요건이 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 하는바(OOO OOOOOOOO, 1997.10.24.), 신고서를 작성하여 제출할 의무는 없으므로 무신고가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(2) 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 2006년도까지 전액 감면되어 납부세액이 없을 경우에 무신고가산세를 부과하지 아니하다가 2006.12.30. 「국세기본법」 개정으로 각 세법에 흩어져 있던 가산세 규정을 「국세기본법」에 이관하여 통일적으로 규정하면서 2007년 귀속분부터 무신고가산세를 부과하였는바, 이 개정은 가산세 규정을 「국세기본법」으로 통합하여 체계적으로 정비한 것에 불과한 것이고 감면의 요건이 바뀐 것은 아니며, 더욱이 소득세법 기본통칙 81-3 전액감면의 경우 가산세의 적용은 이 건 양도일 이후인 2008.7.30. 삭제되었음에도 삭제일 이전 양도분까지 소급하여 적용하는 것은 부당하다.

(3) 이 건 양도소득금액은 전액(감면율 100%) 감면되는 소득금액으로 감면세액의 한도 내의 세액으로서 양도소득세 계산의 순서상 산출세액이 감면세액보다 먼저 계산되는 것일 뿐이고, 산출세액이 도출되기 이전 단계인 양도소득금액이 전액 감면되는 것으로서 과세소득금액이 없는바, 소득금액이 전액 감면되는 이 건 양도는 실질적으로 비과세와 다르지 아니하므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지의 양도일은 2007.2.16.이며, 양도당시 양도소득세에 대한 가산세 규정은 2006.12.30. 법률 제8139호의 개정으로, 부칙 제1조 및 제7조에 따라 2007.1.1. 양도분부터 「국세기본법」 제47조의2 무신고가산세 규정을 적용하여야 하는바, 청구인이 법정신고기한 내에 양도소득과세표준신고서를 제출하지 아니하여 「국세기본법」 제47조의2 규정에 의거 쟁점토지에 대한 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 무신고가산세로 결정함은 달리 잘못이 없다.

(2) 2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전 「소득세법」 제115조 제3항에서 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 추가납부세액이 없는 경우에는 신고불성실가산세를 적용하지 않는 것으로 규정하였으나, 2006.12.30. 법률개정으로 「소득세법」의 가산세에 관한 사항을 「국세기본법」에 통일적·체계적으로 규정하면서, 「소득세법」 제115조의 신고불성실가산세 규정이 삭제되어, 청구인의 경우처럼 산출세액을 전액(100%) 감면받아 납부할 세액이 없는 경우에도 「국세기본법」 제47조의2 무신고가산세 규정이 적용된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이양도소득세를 신고하지 아니하였으나 「조세특례제한법」 제69조에 따라 8년 이상 자경농지로 감면되는 토지에 해당되어 납부세액이 없는 경우, 「국세기본법」제47조의2의 ‘무신고가산세’ 부과대상인지 여부

나. 관련법률

(1) 조세특례제한법

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】①농지소재지에 거주하는대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (이하 생략)

제3조 【조세특례의 제한】② 이 법，「국세기본법」 및 조약과 제1항 각호의 법률에 의하여 감면되는 조세의 범위에는당해 법률이나 조약에특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 가산세 및 양도소득세는 포함되지 아니한다.

(2) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것)

제47조의2 【무신고가산세】① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 포함하고, 상속세와 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조에 따라 가산하는 금액을 포함하며, 부가가치세의 경우에는 「부가 가치세법」 제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “산출세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

부 칙

제1조 【시행일】이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제7조 【무신고가산세 등에 관한 적용례】② 제47조의2 내지 제47조의5의 개정규정 중 퇴직소득 및 양도소득에 대한 소득세(그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 퇴직하거나 양도하는 분부터 적용한다.

제47조 【가산세의 부과】②가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만,당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다.

(3) 소득세법

제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

제115조 【양도소득세에 대한 가산세】(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그신고를 하지 아니한 당해 소득금액또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1995.7.16. 상속받은 쟁점토지를 재촌자경하다가 2007.2.16. OOO에게 218,000,000원에 양도하고, 법정신고기한인 2008.5.31.까지 양도소득과세표준신고를 하지 않은 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 확인하고 「조세특례제한법」제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정에 의거 산출세액 47,290,656원 전액을 감면결정하였으나, 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출하지 않았다고 하여 「국세기본법」 제47조의2에 의한 무신고가산세를 적용하여 2010.1.1. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 9,458,130원을 과세하였다.

(3)「소득세법」(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제115조 제3항은 “양도소득 과세표준확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 신고불성실가산세 관련 규정을 적용하지 아니한다”라고 규정하였으나, 「국세기본법」제47조의2 제1항은 일반무신고가산세 관련 규정을 통합하여 정비하면서 양도소득세에 대한 위와 같은 예외를 규정하지 아니하였으며, 구 OOOOO에서 2007년에 발행한 ‘2006개정세법 해설’에 의하면 위와 같은 신고불성실가산세를 국세기본법에 통일하여 규정한 취지는 신고세목 전체에 공통적으로 적용되는 신고불성실가산세를 「국세기본법」에 통일적·체계적으로 규정하여 세목간 가산세 형평 및 입법의 효율화를 도모하기 위한 것으로 나타난다.

(4) 2011.1.1.부터 시행되는「국세기본법」개정(안)제47조의2, 3에 의하면 양도소득세, 상속세·증여세에 대한 결정·경정시 추가납부세액(가산세액 제외)이 없으면 무신고 및 과소신고 가산세가 면제되고, 위 개정 법은 2011.1.1. 이후 최초로 신고·결정 또는 경정하는 분부터 적용된다고 규정하였다.

(5) 살피건대, 가산세의 세목간 형평 및 입법의 효율화를 도모하기 위하여 「국세기본법」에서 체계적으로 정비하였던 입법취지상 2006.12.30. 「소득세법」제115조 제3항이 삭제되면서 당해 조항이 「국세기본법」제47조의2로 옮겨지지 아니한 것은 중대한 입법미비로 보이는 점, 1975.1.1 이후 2006.12.31까지 30년 이상 납부할 세액이 없으면 무신고가산세를 부과하지 아니하여, 일반 개인납세자의 경우 양도소득세 산출세액이 있더라도 납부할 세액이 없으면 무신고가산세 부담의무가 없다고 인식할 수 있었던바, 2007.1.1. 이후부터 이러한 경우까지 신고를 요구함은 과도한 납세협력의무를 강제한다고 볼 수 있는 점, 2011.1.1.부터 시행되는「국세기본법」개정(안)에 의하면 2011.1.1. 이후 최초로 신고·결정 또는 경정하는 양도소득세, 상속세·증여세에 대하여는 추가납부세액(가산세액 제외)이 없으면 무신고 및 과소신고 가산세가 면제된다고 규정하였던바, 2010년에 신고·결정 또는 경정되는 양도소득세에 대하여 무신고가산세를 부과하는 경우, 입법미비에 의하여 과세형평이 지나치게 침해된다고도 볼 수 있는 점 등을 종합하였을 때, 양도소득금액이 있으나 8년 이상 자경농지에 대한 세액감면에 의하여 납부할 세액이 없는 청구인의 경우에는 양도소득 과세표준 확정신고 의무를 이행하지 아니하였다 하더라도, 무신고가산세 부과대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, 2010.12.21., 같은 뜻임).

(6) 따라서, 양도소득금액이 있어 산출세액은 있으나 전부 감면되어 납부할 세액이 없는 청구인에게 무신고가산세를 부과한 이 건 과세처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.