처분청은 청구인들중○○○가○○시○구○○동○○번지 (주)○○유통(이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 주식 60%를 소유하고 있는 상태에서 2002.10.21. 이순제가 이윤제와 이성규로부터 주식 32%를 취득하여 청구인들의 소유주식 합계가 80%로 증가하였음에도 취득세를 신고납부하지 아니 하였으므로, 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액중 증가(20%)된 소유주식비율에 해당하는 금액(797,760,546원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,146,250원, 농어촌특별세 1,755,070원, 합계 20,901,320원(가산세 포함)을 2003.6.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

처분청은 청구인들중○○○가○○○와○○○로부터 주식 32%를 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과하였으나○○○와○○○는 주식을 양도한 사실이 없어 관할세무서에 증권거래세나 양도소득세를 신고납부한 사실이 없고, 2003.3.31. 청구인들의 세무대리인이 대전세무서장에게 2002사업년도 법인세를 신고하면서 청구인들중○○○가○○○와 청구외○○○로부터 주식을 취득한 것으로 잘못 기재한 주식등 변동상황명세서를 제출하였다가 2003.4.29. 수정신고를 하여 정정하였음에도 청구인들이 과점주주에 해당된다고 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 세무서에 제출한 주식등 변동상황명세서를 근거로 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제78조에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인들중○○○가 대표이사로 있는 이 사건 법인이 2003.3.31. 관할세무서인 대전세무서장에게 제출한 2002사업년도 주식등 변동상황명세서상 청구인들중○○○가 이 사건 법인의 주식 60%를 소유한 상태에서 2002.10.21.○○○가○○○와○○○로부터 주식 32%를 취득하여 청구인들의 소유주식 합계가 80%(○○○32%,○○○32%)로 20% 증가한 사실과 2003.4.25. 처분청이 이 사건 법인에 대하여 세무조사를 실시한 후인 2003.4.29. 대전세무서장에게 주식 및 출자지분에 변동이 없는 것으로 주식등 변동상황명세서를 수정신고한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인들은○○○가 주식을 취득하지 아니 하였음에도 취득한 것으로 잘못 기재한 주식등 변동상황명세서를 세무대리인이 착오로 관할세무서에 제출하였다가 그 후에 수정신고를 하여 정정하였으므로 청구인들은 과점주주에 해당되지 아니한다고 주장하고 있다. 그러나 청구인들중○○○가 주식 60%를 소유하고 있는 상태에서 2002.10.21.○○○가 주식 9,600주를 취득하여 청구인들의 소유주식비율이 80%(○○○48%,○○○32%)로 20% 증가한 사실이 이순제가 대표이사로 있는 이 사건 법인이 2003.3.31.○○세무서장에게 제출한 2002사업년도 주식등 변동상황명세서에 의하여 확인되고 있고, 양도소득세와 증권거래세는 납세의무자의 신고에 의하여 납세의무가 확인될 수 있는 것이라 하겠으므로 관할세무서장에게 양도소득세 등을 신고납부한 사실이 없다고 하여 소유주식을 양도하지 아니 하였다고 볼 수는 없다 하겠다. 그리고, 당초 제출한 주식등 변동상황명세서가 잘못 되었다면 그 즉시 관할세무서에 수정신고를 하였어야 함에도 처분청이 이 사건 법인에 대하여 2003.4.25. 세무조사를 실시한 후인 2003.4.29.에야 수정신고를 한 사실 등으로 미루어 볼 때 청구인들중○○○는 2002.10.21.에 이 사건 법인의 주식 32%를 이윤제와 이성규로부터 취득한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24.

행 정 자 치 부 장 관