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부산고등법원 2015.01.30 2014누22656

양도소득세부과처분취소

주문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1....

이유

1. 처분의 경위

가. 원고 A은 주식회사 D(이후 상호가 E 주식회사, F 주식회사로 차례로 변경되었다. 이하 ‘D’라 한다)의 대표이사로서 D의 총 발행주식 10,000주 중 5,000주, 원고 A의 형인 원고 B와 그 처인 원고 C는 그 중 각 2,500주를 보유하고 있었다.

나. 원고들은 2010. 4. 21. G 주식회사(이하 ‘G’라 한다)에게 원고 A의 D 주식 4,000주, 원고 B, C의 D 주식 각 2,500주 합계 9,000주를 21억 6,000만 원에 매도하였고, 원고 A은 2011. 3. 30. G에게 나머지 주식 1,000주를 2억 4,000만 원에 매도하였는데(각 1주당 24만 원, 이하 위 주식들을 합하여 ‘이 사건 주식’이라 한다), 원고들은 이를 중소기업의 주식양도로 보아 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 ‘과세표준의 100분의 10’ 세율을 적용하여 원고 A은 114,330,000원(=2010년 귀속 91,700,000원 2011년 귀속 22,630,000원), 원고 B는 57,200,000원, 원고 C는 57,200,000원의 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 부산지방국세청은 G에 대한 법인세 통합조사결과 D의 2010. 4. 21.자 아래 표 기재와 같은 대차대조표상 단기차입금 5억 원(이하 ‘이 사건 단기차입금’이라 한다)을 원고 A에 대한 가수금으로 보고, 가지급금 1억 3,450만 원(이하 ‘이 사건 가지급금’이라 한다) 역시 원고 A에 대한 것으로 보이므로, 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제3항에 따라 이들을 상계하면 D는 당해 법인의 자산총액 중 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인(이하 ‘부동산 과다보유법인’이라 한다)에 해당하므로 이 사건 주식을 부동산 과다보유법인의 주주가 그 법인의...