가. 원고는 김해시 B에서 ‘C’이라는 상호로 석유화학제품 제조ㆍ도매업을 영위하는 사람이다.

나. 원고는 2008년 2기분 부가가치세 과세기간 중 D 주식회사(2008. 11. 27. E 주식회사로 상호가 변경되었다, 이하 ‘이 사건 거래처’라 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 세금계산서 3매(공급가액 542,334,648원, 세액 54,233,464원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받고, 위 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액을 신고하였다.

다. 김해세무서는 2013. 4. 24.부터 2013. 5. 23.까지 조사대상기간을 2008년 2기분 과세기간으로 정하여 원고에 대한 거래질서조사 관련 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 가공의 세금계산서라고 판단하였다. 라.

이에 피고는 위 과세자료를 근거로 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 종합소득세에 대하여 증빙불비가산세를 부과하기로 하여, 2013. 6. 7. 원고에게 2008년 2기분 부가가치세 112,593,950원 및 2008년 귀속 종합소득세 10,846,680원을 경정ㆍ고지(이하 위 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 11. 29. 위 청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 3, 갑 제6호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 1 원고는 이 사건 거래처와 거래하면서 실제로 톨루엔과 메탄올을 공급받고, 그 거래내역과 일치하는 이 사건...