가. 청구법인은 1999.12.28. 설립된 비영리법인으로, 2005～2007사업연도 법인세 신고기한이 지난 2009.8.13. 2005～2007사업연도 OOOOOOOOOOOO OOOO(OOOOOOOOOOOO)예치에서 발생한이자소득1,857,863,377원(2005사업연도492,463,414원, 2006사업연도 525,107,249원, 2007사업연도 840,292,714원, 이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 하여 손금에 산입하고, 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원(2005사업연도 54,770,072원, 2006사업연도 73,515,015원, 2007사업연도 117,640,980원)에 대한 환급을 구하는 기한후 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2005～2007사업연도별 법정신고기한내에 법인세를 적정신고 하였으므로 본 제출 건은 기한후 신고에 해당하지 아니하고, 비영리법인이 법인세 신고시 이자소득을 과세표준에 포함 하지 않은 경우「법인세법시행령」제99조 제2항에 의거 이자소득을 수정신고 또는 경정 등에 의하여과세표준에 포함할 수 없고, 기한후 신고 대상도 아니라고 하여2009.8.27. 청구법인의 기한후 신고를 받아 들이지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 부설기관인 OOOOOOOO는 2001.7.7. 개소할 당시 사업자등록번호를 ‘국가기관’으로 부여받아 법인세 신고 및 납부대상기관에 제외되었으나,처분청이 2004사업연도 중 청구법인을 조사하는 과정에서OOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOOOOOO OOO OO OOOOOOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOO의사업자 등록번호를 ‘국가기관’에서‘비영리법인’으로 직권 변경하였는 바, 청구법인은 2005～2007사업연도 법인세 과세표준 신고시부설 독립 운영기관인 OOOOOOOO 소관만 신고하고, 청구법인은 법인회계에 대한 개념부족으로신고하지 아니하였다.

따라서, 청구법인의 당초 법인세 신고서는 부설인 OOOOOOOO만의 신고서이고, 청구법인의 비수익사업에 대한 신고는 실질적 으로 이루어지지 아니하였으므로 「국세기본법」제45조3 제1항법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에 해당한다고할 수 있어 청구법인의본건 신고는 기한후 신고 대상에 해당하고, 쟁점이자소득을고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 법인세를 기한후신고를 하였는 바, 쟁점이자소득에 대하여 원천징수된 이자소득세액을환급해 주어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 법인세 과세표준 신고시 원천징수된 쟁점이자소득을신고하지 아니하였는 바, 「법인세법 시행령」제99조제2항의 규정에 의하여 청구법인의 쟁점이자소득 관련 납세의무는 원천징수에 의하여 종결되었다고 보아야 하므로, 원천징수세액 환급을 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인인 청구법인이 원천징수된 쟁점이자소득에 대하여 법인세 신고기간이 지난 후 기한후 신고로 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 원천납부세액의 환급을 청구할 수 있는지 여부

나. 관련법률

(1) 국세기본법제45조의3【기한후 신고】① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 「자산재평가법」제15조의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서

이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제11호까지의 이자소득의금액

제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】① 비영리내국법인은제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에 불구 하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제73조【원천징수】① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에게 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

(3) 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】 ①법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업 연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(「문화 예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체

제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 청구법인이 법정기간내에 법인세 과세표준을 신고한 자에해당하므로 기한후 신고 대상이 아니라 하여 이 건 처분을 하였고, 청구법인은 당초 법인세 신고시 부설인 OOOOOOOO만을 대상 으로 신고하여 기한후 신고 대상자에 해당한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2005～2007사업연도 중 OOO OOOOOO OOOO OOO OOOOOOO OOOOOOOOOOOO에서 지급받았고, 동 금융기관은쟁점이자소득에 대한 원천납부세액 245,926,067원(2005사업연도54,770,072원, 2006사업연도 73,515,015원, 2007사업연도 117,640,980원)을원천징수하여 처분청에 신고·납부하였다.

(나) 청구법인의 2005～2007사업연도 법인세 신고와 청구법인의 기한후 신고내역은 아래 [표]와 같다.

OOO OOO OOO OOO OOOO

(OOO O)

청구법인은 2005～2007사업연도 법인세 신고시 별도 고유번호를부여받은 OOOOOOOO(OOOOO OOOOOOO)O OOOOOOOOOOOOOOOO OOO OOO OOOO(OOOOOO)O OO OOOOO 연구소를 합하여 신고하면서 원천징수된쟁점이자소득을 고유목적 사업준비금으로 손금산입하고, 쟁점이자소득에 대한 위 원천납부세액에대한 환급을신청하였다.

(다)처분청은 ‘청구법인이 당초 각 사업연도별 법정신고기간 내에 법인세를 적정신고 하였으므로 본 건은 기한후신고에 해당하지 아니 하여 이자소득에 대한 법인세 환급대상이 아니고, 아울러 비영리법인의 법인세 신고시, 이자소득을과세표준에 포함하지 않은 경우 「법인세법 시행령」제99조 제2항에 의거 이자소득을 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수 없으며, 「국세기본법」제45조의3 기한후 신고대상도 아니라 하여2009.8.27.청구법인의 기한후 신고를 거부하였다.

(2) 「법인세법」제62조에 “비영리내국법인은원천징수된 이자소득에 대하여는 같은 법 제60조 제1항에 불구하고 과세표준의 신고를하지 아니할 수 있다”고 규정하였고, 같은 법 시행령 제99조 제2항은 “ 「법인세법」제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다”고 규정하고 있는바, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 분리과세를 할지 아니면 합산과세를 할지 여부를 법인세 신고기한 내에 선택할 수 있으나, 기한내에 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고하지 아니하면 이에 따라 동 이자소득에 대한 과세절차는 원천 징수에 의한 분리과세로 종결되었다고 보아야 하고(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 이와 같이 쟁점이자소득에 대하여 「법인세법」제62조와 같은 법 시행령 제99조 제2항에 따라 기한내 무신고하여원천징수에 의한 분리과세로 종결되었다면, 비록 「국세기본법」제45조의3에서 환급받을 세액이 있는 자도 기한후 신고를 할 수 있다고 규정 하였다 하더라도, 기한후 신고로 원천징수된 이자소득을 과세표준에 포함시킬 수는 없다 할 것이다.

(3) 또한, 청구법인은 당초 법인세 신고시는 부설인 강원문화재 연구소만을 대상으로 신고하였으므로 청구법인이 법정신고기한내에과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에 해당한다고 주장하나, 부설인OOOOOOOO는 청구법인의 지점과 같은 것으로 청구법인과 별도의법인세 과세표준 신고대상이 아니라고 할 것이어서 청구법인은 법정기간 내에 법인세 과세표준을 신고한 자에 해당한다 할 것이고,청구법인이 법정신고기한내에 과세표준 신고서를 제출한 이상 「국세기본법」제45조의3【기한후 신고】제1항에 의한 기한후 신고대상으로 볼 수 없다 할 것이다.

(4) 따라서, 청구법인은 2005～2007사업연도 법인세 과세표준을 법정신고 기간내에 신고한 자에 해당하고, 당초 법인세 과세표준 신고시 쟁점이자소득은 각 사업연도 소득과 손금에서 제외하였음에 따라 쟁점이자소득에 대한 과세절차는 원천징수에 의한 분리과세로 이미 종결되어 기한후 신고 대상자에 해당하지 아니한다 할 것이므로 이 건 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.