가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(2014.6.1.) 현재 OOO번지 외 보유하고 있는 과세물건에 대한 종합부동산세액 계산시 「종합부동산세법」 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항에 따라 재산세액을 공제함에 있어서 「종합부동산세법 시행령」(2011.3.31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 따라,

“종합부동산세 과세대상 부동산의 과세표준에 대하여 종합부동산세 과세대상분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”을 “과세기준 초과분 공시지가×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세 표준세율”의 방법[「종합부동산세법 시행규칙」, (2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법]으로 공제되는 재산세액을 산정하여 2014.12.12. 2014년 귀속 종합부동산세 신고를 하였다.

나. 청구법인은 2015.3.4. 위와 같은 계산 방법은 재산세와 종합부동산세를 중복하여 납부하는 것으로 이중과세에 해당되어 위법하므로 2014년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급해 달라는 내용으로 경정청구를 하였으나, 처분청은OOO 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2009.9.23.자로 개정된 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식에 의해 종합부동산세를 계산한 것은 동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세를 중복하여 부과한 것이어서 이중과세에 해당되어 위법하므로, 정당세액을 초과한 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원은 취소·환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바,

청구법인이 당초 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용하여 종합부동산세 등을 신고·납부하였고,

이는 「종합부동산세법」 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항, 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항, 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번 등에 비추어 정당하므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 위법‧부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조[과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액〔과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액〕에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제13조[과세표준] ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조[세율 및 세액] ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4[공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제4조의2[주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산] 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3[토지분 종합부동산세의 재산세 공제] ① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법

제110조[과세표준] ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인은 과세대상물건에 대하여 2014년 귀속 종합부동산세 산출시 공제되는 재산세 상당액을 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 부표(2) 종합부동산세 과세표준계산명세서에 따라 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 계산한 후 2014년 귀속 종합부동산세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고 있음에도,

처분청은 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하여야 한다는 취지로 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이를 추가 공제하여 청구법인이 과다납부한 종합부동산세 등을 환급하여야 한다고 주장한다.

(3) 이상의 사실관계 및관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바,

「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있으므로,

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분/(종합·별도)합산과세대상인토지분 과세표준에 대하여 주택분/(종합·별도)합산과세대상인토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 할 것이다.

따라서, 처분청이 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이없는 것으로 판단된다(조심 2015서2385, 2015.7.16. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.