가. 원고는 비철금속 제련 및 정련업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2012년 2기분 및 2013년 1기분 부가가치세, 2012 사업연도 법인세를 신고납부할 당시, 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)로부터 2012년 2기의 공급가액 합계 2,405,283,330원의 매입세금계산서 16매, 주식회사 C(이하 ‘C’이라 하고, B와 C을 통틀어 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 2012년 2기의 공급가액 합계 656,441,900원의 매입세금계산서 6매, 2013년 1기의 공급가액 합계 324,559,460원의 매입세금계산서 3매를 교부받아 위 공급가액 합계 3,386,284,690원에 해당하는 매입세액을 공제하고 위 공급가액을 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고납부하였다.

다. 중부지방국세청장은 이 사건 매입처를 미등록폐동판매업자가 타인 명의로 설립한 이른바 도관업체[폭탄업체(매출에 상응하는 매입 없이 단기간에 매출만 폭발적으로 발생시킨 후 부가가치세를 납부하지 않고 단기간에 폐업하는 업체)와 실제 매출처를 연결시키는 허위 업체로 마치 정상적으로 물건을 공급받고 공급하는 것처럼 가장하는 업체]에 해당한다는 이유로 원고가 이 사건 매입처로부터 교부받은 매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 이를 피고에게 통보하였다. 라.

피고는 위 통보에 따라 위 나항 기재 해당 매입세액을 불공제하고 이를 손금에 불산입하여, 2014. 3. 25. 원고에게 2012년 2기분 부가가치세 524,044,880원, 2013년 1기분 부가가치세 53,789,230원, 2012 사업연도 법인세 50,000,000원을 경정고지하였다

(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 6. 23. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2014. 12. 22. 기각되었다. ...