가. 청구인은 OOO에서 중고자동차 매매상사(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 운영하고 있고, OOO국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대하여 2014년∼2016년 귀속분에 대한 개인통합조사를 실시하였다.

나. 조사청은 조사 착수 당일 쟁점사업장에서 예치한 매매현황 전산자료와 금융거래 현장확인을 통해 확보한 청구인 소속 딜러들의 중고자동차 매매대금 금융거래내역을 대사하여 차량매도 신고금액이 딜러통장 입금액 보다 적은 것으로 확인되어 OOO에 대한 매출신고 차이인 공급대가 OOO원을 매출 누락금액으로 확인하였고, 동 금액 중 차량 매수인이 부담한 취·등록세가 포함되어 있어 개별 차량 당 확인되는 시가표준액을 기준으로 취·등록세 요율표를 적용하여 계산된 OOO원을 누락된 공급대가에서 차감하여 누락매출 과세표준을 OOO원으로 산정하였다.

또한, 대응원가 소명요구 결과 확인된 실제 계약서 12건, OOO원의 차량매입액에 대한 재활용폐자원 등 매입세액 공제세액 OOO원과 세금계산서 수취분 등을 제외한 1,718건, OOO원(취득당시 시가표준액 적용)의 차량매입액에 대한 재활용폐자원 등 매입세액 공제세액 OOO원 합계 OOO원을 매출세액에서 차감하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2018.9.3. 청구인에게 부가가치세 OOO원을 각 경정･고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.29. 이의신청을 거쳐 2019.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조사청은 지방자치단체에서 고시한 중고자동차 시가표준액을 근거로 매입세액 공제를 하였으나, 청구인은 세무조사 이후 연락되는 딜러들에게 협조를 구하여 중고자동차 매입에 대한 금융자료 및 실지계약서를 확보하였고, 아래 ＜표＞와 같이 확인되는 1,527건에 대하여 시가표준액이 아닌 실제 매입금액으로 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 중고차 딜러 73명이 근무하고 있는 중고자동차 매매업을 영위하고 있는 개인사업자로 중고자동차 매매와 관련된 사항(매입자 및 매수자 인적사항, 자동차번호, 구매일자, 판매일자, 차대번호 등)을 전산관리하고 있으나, 실제 매매계약서는 딜러들이 대부분 폐기하여 보관하고 있지 않은 관계로 조사과정에서 중고자동차 실제 매매계약서 및 딜러들의 금융거래내역을 제출하지 못하였다가, 세무조사 이후 연락되는 딜러들에게 협조를 구하여 중고자동차 매입에 대한 금융자료 및 실제 매매계약서를 확보하였으므로 실제 매입금액으로 확인되는 OOO원으로 부가가치세 매입세액을 공제하여 줄 것을 주장하였고, 이에 대해 조사청은 다음과 같이 검토하였다.

① 청구인이 제출한 금융자료 및 매매계약서 중에는 2012년 및 2013년에 매입한 OOO원의 매입금액이 포함되어 있는 것으로 확인되고, 이는 조사대상기간 외의 과세기간(제척기간만료)에 대한 매입금액으로 매입세액 공제 검토 대상에 해당되지 않는다.

② 매도인 인적사항 불명으로 재활용폐자원 매입세액 공제 요건을 충족하지 않는 OOO원이 포함되어 있다.

③ 대금 수취인이 매도인과 상이하거나 다수의 대금 수취인이 존재하는 등 재활용폐자원 매입세액 공제 요건을 충족하지 않는 OOO원이 포함되어 있다.

(2) 또한, 기획재정부 예규(부가가치세제과-277, 2009.4.2.), 국세청 예규(2015-법령해석부가-94, 2016-법령해석부가-281), 조세심판례(조심 2017부2720, 2017.9.5.) 등에 의하면 매출누락이 확인되는 경우, 그 매출누락에 대응하여 거래상대방으로부터 수취한 영수증 등을 제시하는 경우 해당 영수증 등에 의하여 재활용폐자원 매입세액 공제가 되지 않는 것으로 확인된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매출누락에 대응하여 과소신고한 매입금액에 대하여 실제 매입금액을 적용하여 「조세특례제한법」제108조에 따른 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제를 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제108조[재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입 세액 공제특례] ① 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 재활용폐자원을 2016년 12월 31일까지, 중고자동차를 2016년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 다음 각 호의 값을 곱하여 계산한 금액을 「부가가치세법」제37조 제1항 및 같은 법 제38조에 따라 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

1. 재활용폐자원 : 103분의 3. 다만, 2014년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 105분의 5로 한다.

2. 중고자동차 : 109분의 9

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위, 매입세액 공제방법, 그 밖의 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제110조[재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례] ① 법 제108조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자”라 함은 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 「부가가치세법」제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

2. 「자동차관리법」에 의하여 중고자동차매매업등록을 한 자

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자.

④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.

1. 재활용폐자원

2. 중고품 : 「자동차관리법」에 따른 자동차(중고자동차에 한한다)

⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 「부가가치세법」제48조 또는 제49조에 따른 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 「소득세법」제163조 또는 「법인세법」제121조의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제 신고서에 다음 각 호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래 내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.

1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)

2. 취득가액

⑥ 제5항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여는 「부가가치세법 시행령」제74조 제1호를 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 당초 청구인에 대한 조사결과, 매출금액을 소속 딜러들의 계좌입금액으로, 매입금액은 일부 중고차 매입건 외에는 대부분 중고자동차 취득세 시가표준액으로 경정하였다.

(2) 청구인은 2018.11.29. 조사결과에 불복하여 이의신청을 제기하였고, 재조사 결정에 따라 조사청은 청구인이 제출한 실제 매매계약서와 소속 딜러들의 통장 거래내역을 검토한 결과, 재활용폐자원 등 매입세액 공제신고서에 누락하거나 과소 기재한 매입금액의 실제 매입금액에 대해 매출누락이 확인된 후 그에 대응하는 영수증 등을 제시하는 경우 해당 영수증 등에 의하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받을 수 없다고 보아 2019.4.10. 청구인에게 당초 처분이 정당하다는 내용으로 재조사 결정에 따른 처리결과 통지를 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 매출누락금액에 직접 대응하는 차량매입의 실제 매입금액을 기준으로 재활용폐자원 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제108조 및 같은 법 시행령 제110조 제5항에 따라 재활용폐자원 등의 매입세액공제를 받기 위해서는 당해 부가가치세 신고시 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 할 뿐만 아니라 제출된 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 필요적 내용이 기재되어 있지 않거나 그 거래내용이 사실과 다를 경우에는 매입세액이 공제되지 아니하는 점, 중고자동차를 수집하여 판매하는 사업자가 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 매입금액을 고의로 또는 허위로 누락하거나 과소기재하여 매입세액을 공제받은 후 관할세무서장의 현장확인에 의하여 차명계좌 거래에 따른 매출누락이 확인되자 그에 대응하여 거래상대방으로부터 수취한 영수증 등을 제시하는 경우는 「조세특례제한법」제108조에서 규정하는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례를 적용받을 수 없다고 보는 것이 타당한 점, 청구인이 제시한 위 ＜표＞의 중고자동차 실제 매입금액은 부가가치세 신고시 당초 제출한 매입금액과는 차이가 있고, 매도인의 인적사항이 기재되지 않거나 대금수취 관계도 명확하지 않는 사례가 다수 포함되어 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.