가. 원고는 2008. 12. 24.경 서울 중랑구 B 대 416.9㎡ 토지(서울 중랑구 B 대 248.3㎡ 및 C 대 168.6㎡가 2009. 5. 29. 위 토지로 합필되었다. 이하 합필 전후를 구별하지 않고 ‘이 사건 토지’라고 한다)상의 다가구주택(이하 ‘구 주택’이라고 하고, 이 사건 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 철거한 후 2009. 6.경 이 사건 토지상에 12세대 규모의 다세대주택(이하 ‘신 주택’이라고 한다)을 신축하여 2010년경까지 분양하였다.

나. 원고는 2009. 10.경 주식회사 D(이하 ‘D’이라고 한다)에 의뢰 이 사건 부동산의 취득시점인 2006. 10. 11.을 가격시점으로 하여 의뢰하였다.

하여 얻은 이 사건 부동산의 감정가액 1,602,876,000원(= 이 사건 토지 1,375,770,000원 구 주택 227,106,000원, 이하 위 감정평가를 ‘이 사건 감정평가’라고 한다)이 이 사건 부동산의 취득가액이라고 보고 이를 2009년 및 2010년 사업소득금액에서 공제되는 필요경비(신 주택 E호 매매가액 재정산 관련 잡손실 23,000,000원 포함)로 하여, 피고에게 2009년 사업연도 귀속 종합소득세 12,118,541원 및 2010년 사업연도 귀속 종합소득세 9,095,597원을 신고납부하였다.

다. 피고는 2015. 4. 8.부터 2015. 4. 27.까지 원고에 대한 종합소득세 부분조사를 실시하여 ‘① 이 사건 토지의 취득 당시 기준시가에 취ㆍ 등록세를 가산한 824,175,510원만이 2009년 및 2010년 각 사업연도의 필요경비로 인정되고, ② 구 주택의 취득가액 및 신 주택 E호 매매가액 재정산 관련 잡손실 23,000,000원은 신 주택의 공사원가(사업소득 필요경비)에 포함될 수 없다.’는 이유로, 원고에게 2015. 5. 11. 2009년 사업연도 종합소득세 321,181,650원(총 결정세액 333,300,191원에서 위 기납부세액 12,118,541원 공제)을, 2015. 7. 3. 2010년...