가. 청구법인 OOO 제1호 및 제2호(이하 “투자회사1호” 및 “투자회사2호”라 한다)는 2007.10.12. 설립된 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 특별자산집합투자기구이자 「해외자원개발 사업법」에 따라 해외자원개발투자회사로, 청구법인들은 2016.11.1. 2016.3.1.～2016.8.31.사업연도(이하 “2016사업연도”라 한다)에 대한 법인세 신고시 소득금액 합계 OOO에서 이월결손금 OOO원을 공제(소득금액 전액)하여 과세표준을 OOO으로 신고하였다.

나. OOO장(감사관)은 처분청에 대한 감사를 실시하여 청구법인들은 2016사업연도에 이월결손금이 전액 공제되는 법인에 해당하지 아니하므로 공제가능한 각 사업연도 소득의 OOO을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 과세하도록 처분 지시하였다.

다. 처분청은 OOO장의 처분 지시에 따라 청구법인들이 「법인세법」 제13조 본문 단서 규정에 해당한다고 보아 2016사업연도 소득금액의 OOO을 초과하는 이월결손금 공제를 부인OOO하여 2018.8.9. 청구법인 투자회사1호와 투자회사2호에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2018.10.4. 이의신청을 거쳐 2019.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 처분은 「법인세법」 제5조 신탁소득에 대한 과세 원칙에 위배되어 부당하다.

(가) 청구법인들은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 특별자산집합투자기구로서 위탁자, 신탁업자 및 수익자와 계약을 맺어 위탁자인 청구법인들이 신탁업자인 주식회사 OOO에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 집합투자업자인 OOO 주식회사의 지시에 따라 투자․운용하는 신탁재산이며, 그 수익금은 모두 수익자에게 귀속되므로 이는 「신탁법」 제2조에서 정의한 신탁을 의미한다.

(나) 「법인세법」 제5조 제1항에 따르면 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다고 규정하여 신탁소득에 대한 법인세를 수익자에게 과세할 것을 명시하고 있고, 「법인세법」은 2018.12.24. 법률 제16608호 개정 이전까지 실질과세(제4조) 규정을 두어 수입이 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 다른 경우 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다고 명시하고 있다. 청구법인들은 위탁자(투자회사)로서 수입이 법률상 귀속되는 법인인 것으로 보이나, 수입이 사실상 귀속되는 주체는 수탁자, 위탁자가 아닌 수익자이다.

(다) 다만, 청구법인들은 「상법」상의 주식회사의 성격도 동시에 가지는바 그간 「법인세법」에서는 청구법인들과 같은 신탁재산의 성격을 가지는 법인에 대하여 소득공제나 이월결손금 공제 예외규정을 두어 신탁소득에 대한 실질과세 및 이중과세 문제를 해결하였으나, 2015.12.15. 개정된 「법인세법」 제13조 단서 조항 및 같은 법 시행령 제10조의 이월결손금 공제한도 제한 규정에 따라 신탁재산으로 구성된 청구법인들도 법인세 과세의무를 부담하게 되었다. 개정 법률에 따라 청구법인들과 같은 도관 성격인 형식상 법인인 투자회사가 법인세를 부담하게 되었고, 투자회사가 다시 최종투자자에게 배당할 때 다시 원천징수를 하는 이중과세 문제가 발생하므로 이는 신탁소득에 대한 과세원칙에 위배된다.

(2) 개정된 「법인세법 시행령」은 사업연도 종료일에 따라 이월결손금 공제한도가 달리 적용되므로 조세형평성을 저해하는 문제가 있다.

(가) 2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 「법인세법 시행령」제10조 제1항은 「법인세법」 제13조 단서 규정에 따라 이월결손금 공제한도 적용대상에서 제외하는 법인에 청구법인들과 같은 투자회사를 포함하였으나, 그 적용시기를 2017.2.3. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용하여 사업연도 종료일이 2016.12.31.인 법인이라면 이월결손금 공제한도를 적용받지 아니하나, 청구법인들은 사업연도가 6개월(2016.3.1.～2016.8.31.)이고, 사업연도 종료일이 2016.12.31.이 아니라는 이유로 이중과세 문제가 발생하며, 사업연도 종료일이 2016.12.31.인 법인과 조세형평성 문제가 발생한다.

(나) 처분청은 「법인세법」 제51조의2 및 같은 법 시행령 제86조의2에 따라 유동화전문회사 등에 대한 소득공제를 적용할 경우 이중과세 문제가 해결된다는 의견이나, 청구법인들과 같이 이월결손금이 누적된 법인은 동 규정에 따라 계산할 경우 배당가능이익이 나오지 아니하여 실제 배당을 실시하였음에도 불구하고 이중과세 문제를 조정할 수 없다.

(3) 이 건 처분은 법령개정 과정에서 오류가 있는 규정에 근거한 것이므로 부당하다.

(가) 과세당국은 이월결손금 공제에 제한 규정을 두기 시작한 「법인세법」(2015.12.15. 개정 법률 제13555호) 제13조 및 같은 법 시행령(2016.2.12. 개정 대통령령 제26981호) 제10조로 인하여 그간 적용되어 오던 이중과세 방지 등의 효과가 일부 법인에서 없어지자 이를 보완하고자, 2017.2.3. 「법인세법 시행령」을 다시 개정(대통령령 제27828호)하여 청구법인 등과 같은 투자회사에 대한 결손금 공제 예외조항( 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제5호)을 추가하였다. 과거 잘못 개정된 법령 규정을 근거로 하여 세금을 추징하고 가산세를 부과하는 것이 조세법률주의의 취지가 아님은 명백하다.

(나) 이 건 처분의 근거가 되는 「법인세법」 및 같은 법 시행령의 과세표준 및 결손금공제 규정은 특정연도 개정 과정에서 입법불비로 추정되는 조세정책적 오류임에도 불구하고, 처분청이 조세법률주의를 근거로 하여 이 건 처분이 정당하다고 주장하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인들은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사로 「법인세법」 제5조 신탁소득 규정의 적용대상이 아니다.

(가) 「법인세법」 제5조 제2항은 ‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인의 신탁재산에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다’라고 규정하여 신탁회사와 같은 수탁자가 신탁계약에 의하여 위탁자로부터 얻은 재산인 신탁재산은 신탁회사가 아닌 수익자 또는 위탁자가 가진 것으로 보아 「법인세법」을 적용한다는 의미로서, 청구법인들은 정관 및 등기부등본에 기재되어 있는 바와 같이 해외자원개발사업에 투자하여 그 수익을 주주에게 분배하는 것을 목적으로 하는 「상법」상의 ‘주식회사’인 투자회사로서 투자자들이 납입한 자금을 신탁업자인 ‘주식회사 OOO’에 신탁하여 신탁업자로 하여금 집합투자업자인 ‘OOO 주식회사’의 지시에 따라 운용하도록 하여 수익을 배분받는 것으로 수탁자가 아닌 위탁자에 해당하는바 운용자산에 대한 수입과 지출이 청구법인들에게 귀속된다. 다만, 「법인세법」은 청구법인들과 같은 투자회사에 대한 이중과세 문제와 관련하여 「법인세법」 제51조의2 ‘유동화전문회사 등에 대한 소득공제’ 규정을 두어 이를 해결하고 있다.

(나) 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제109조 ‘신탁계약’에 따르면 신탁업자는 위탁자와 신탁계약을 체결하는 경우 위탁자에게 교부하는 계약서류에 위탁자, 수익자 및 신탁업자의 성명 또는 명칭, 수익자의 지정 및 변경에 관한 사항, 신탁재산의 종류·수량과 가격 등을 기재하여야 한다고 규정하고 있으나, 청구법인들과 신탁업자인 주식회사 OOO과의 ‘자산보관업무위탁계약서’에 따르면 수익자에 관한 사항은 나타나 있지 아니하고, 청구주장과 같이 이 건 처분이 「법인세법」의 실질과세 및 신탁소득에 대한 과세원칙을 위반한 처분이라면 청구법인들은 당초부터 법인세 신고의무가 없었을 것이나 청구법인들은 법인 설립 이후 계속하여 법인세를 신고하여 왔다.

(다) 「법인세법」 제5조는 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 「법인세법」을 적용하되 수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니한 경우에는 그 신탁의 위탁자에게 적용하도록 되어 있으므로 청구법인들의 위탁계약은 수익자가 특정되지 아니하여 동 신탁재산(운용자산)에 대한 수입과 지출은 위탁자인 청구법인들에게 귀속되어야 하므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 2015.12.15. 개정(법률 제13555호) 「법인세법」 제13조에 따라 청구법인들은 각 사업연도 소득 전액을 이월결손금으로 공제할 수 없다.

(가) 2015.12.15. 개정(법률 제13555호) 「법인세법」 제13조에 따르면 중소기업과 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 공제할 수 있는 이월결손금의 범위를 각 사업연도 소득의 OOO으로 규정하면서 2016.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 하고, 「법인세법 시행령」 제10조에서는 이월결손금을 전액 공제할 수 있는 법인으로 회생계획이나 기업개선계획 등을 이행 중이거나 일정한 요건을 갖춘 유동화전문회사로 규정하고 있다.

한편, 2017.2.3. 개정된 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제5호에 따르면 이월결손금을 전액 공제할 수 있는 법인으로 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인을 포함하여 투자회사․해외자원개발투자회사와 같은 법인이 이월결손금을 전액 공제할 수 있도록 하였으나, 이는 ‘2017.2.3. 이후 과세표준을 신고하는 분부터’ 적용한다고 하였다.

(나) 청구법인들은 사업연도가 6개월인 해외자원개발투자회사로 이 건 처분과 관련한 2016사업연도는 2016.3.1.～2016.8.31이며, 동 사업연도의 법인세 신고기한은 2016.11.30.이므로 2016사업연도는 2017.2.3. 개정되기 전의 법령을 적용하여야 하고, 개정 전 법령에 따르면 청구법인들은 각 사업연도 소득의 OOO이내의 범위에서 이월결손금을 공제하여야 한다.

(다) 청구법인들은 「법인세법」 제51조의2를 적용받기 위해서는 배당가능이익이 있어야 하나 청구법인들과 같이 이월결손금이 누적된 법인은 배당가능이익이 없으므로 배당을 실시하더라도 이 규정을 적용받을 수 없다고 주장하나, 이 규정은 청구법인들과 같은 투자회사가 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 OOO 이상을 배당한 경우 그 금액을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다고만 되어 있을 뿐 배당가능이익이 없어 배당가능이익을 초과하여 배당한다고 하여 소득공제를 적용받을 수 없다는 규정이 아니다. 또한, 국세청 서면질의에서도 배당가능이익을 초과하여 배당하더라도 소득공제가 가능한 것으로 일관되게 답변하고 있다[서면2018법인-0466(2018.4.20.), 서면2016법인-3397(2016.7.12.) 외 다수].

(3) 과세처분은 납세의무 성립 시점을 기준으로 당시 시행 중인 법령을 적용하여야 하며, 납세자에게 유리하다고 하여 개정 후 법령을 소급하여 적용할 수 없다.

(가) 청구법인들은 입법 불비로 추정되는 잘못된 법령 개정에 따라 부담하지 아니하여도 될 법인세를 사업연도 종료일이 다르다는 이유로 부담하게 되어 부당하다고 주장하나, 조세법률주의에 따라 과세요건은 납세의무 성립 당시의 법률을 적용하여 엄격하게 해석하여야 하며, 특별한 예외조항이 없는 한 납세자에게 유리하다고 하여 개정 후 법률을 소급하여 적용할 수 없다.

(나) 처분청은 이 사건 쟁점이 되는 청구법인들의 2016사업연도 법인세의 납세의무 성립 당시 법률인 2015.12.15. 신설․개정 「법인세법」 제13조 과세표준 규정과 2016.2.12. 신설․개정된 「법인세법 시행령」 제10조 결손금공제 규정에 따라 청구법인들이 이월결손금을 전액 공제할 수 없는 법인에 해당한다고 보아 공제가능한 각 사업연도소득의 OOO을 초과하는 이월결손금을 부인한 것으로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2016사업연도 소득금액의 OOO을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2015.12.15. 개정 법률 제13555호)

제4조 [실질과세] ① 자산(資産)이나 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 사실상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 사실상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

제5조 [신탁소득] ① 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 그 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다.

② 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 법인의 신탁재산(같은 법 제251조 제1항에 따른 보험회사의 특별계정은 제외한다. 이하 같다)에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다.

제6조 [사업연도] ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

제13조 [과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 OOO으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

＜개정 전＞

제13조 [과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제51조의2 [유동화전문회사 등에 대한 소득공제] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

1. (생략)

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사

3. ～ 7. (생략)

8. 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사

9. (생략)

제60조 [과세표준 등의 신고] ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)

제10조 [결손금공제] ① 법 제13조 각 호 외의 부분 단서에서 "회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인

2. 「기업구조조정 촉진법」제14조 제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인

3. 해당 법인의 채권을 보유하고 있는「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 금융회사등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인

4. 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 이 항에서 "유동화자산"이라 한다)을 기초로「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 이 항에서 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인(각 목 생략)

제86조의2 [유동화전문회사 등에 대한 소득공제] ① 법 제51조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 배당가능이익"이란 기업회계기준에 따라 작성한 재무제표상의 법인세비용 차감 후 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하거나 이월결손금을 공제하고, 「상법」 제458조에 따라 적립한 이익준비금을 차감한 금액을 말한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.(각 호 생략)

(3) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것)

제10조 [결손금공제] ① 법 제13조 각 호 외의 부분 단서에서 "회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인

2. 「기업구조조정 촉진법」제14조 제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인

3. 해당 법인의 채권을 보유하고 있는「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 금융회사등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인

4. 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 이 항에서 "유동화자산"이라 한다)을 기초로「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 이 항에서 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인(각 목 생략)

5. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인

부칙＜제27828호, 2017.2.3.＞

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제19조 제13호의2의 개정규정은 2017년 2월 4일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 2017년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제4조(결손금공제에 관한 적용례) 제10조 제1항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인들의 정관에 따르면 청구법인들은 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사이다.

＜청구법인들의 정관(발췌)＞