가. 청구법인은 2000.10.17.부터 2015.3.30.까지 OOO을 본점소재지로 하여 화학제품 제조업 등을 영위한 법인으로, 2008년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO 등 2개사(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 제품을 매입하면서 매입세금계산서 36매(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고, OOO 등 4개사(이하 “쟁점매출처”라 하며, 쟁점매입처와 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에 공급가액 OOO원 상당의 제품을 판매하면서 매출세금계산서 43매(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고시 관련 매출세액에서 매입세액을 공제받았다.

나. 처분청은 2016.5.2.～2016.7.31. 기간 동안 청구법인에 대한 거래질서관련 조사를 실시하여 청구법인이 쟁점거래처로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취 및 교부한 것으로 보아 2016.9.1. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제1기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점매입처인 OOO와 쟁점매출처인 OOO가 청구법인을 포함한 관계회사 등과 순환가공거래를 한 것으로 판단하였으나, 검찰 수사결과 쟁점세금계산서상의 거래는 실제 재화의 인도와 관련 대금 수수가 있었던 실물거래로 확인되어 가공거래로 볼 수 없다.

(2) 처분청은 검찰청에서 무혐의 처분만으로 실물거래에 따른 정상세금계산서에 해당한다고 인정할 수 없다고 하였으나, 「국세기본법」상 실질과세나 근거과세 원칙에 따라 「부가가치세법」과 「조세범처벌법」은 동일한 기준으로 적용하여야 하므로 검찰 수사결과 거래상대방의 일방이 「조세범처벌법」상 ‘혐의없음’으로 결정되었으면 다른 일방도 세금계산서 수수질서범으로 처벌할 수 없는 것이다.

(3) 이와 같이, 같은 거래행위가 강제 수사기관인 검찰청과 임의 조사기관인 과세관청의 의견이 다를 수 없으며, 강제 수사기관인 검찰청의 수사결과를 더 신뢰 하여야 하는 것이 상식에 부합하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서상 거래는 쟁점매입처인 OOO가 분식회계를 통한 주가관리 및 금융이득을 취하기 위해 2008년부터 2012년까지 청구법인을 포함한 관련회사들(쟁점거래처)과 실물거래 없는 가공의 회전거래를 하였으며, 이를 은폐할 목적으로 일부 회전거래의 경우 산업쓰레기에 불과한 가짜제품을 만들어 관련회사로 이동·보관시킨 것으로, 이미 심판청구(조심 2014중2094, 2015.5.6.) 결과 가공거래로 확정되었으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 가공세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 가공거래 혐의로 고발된 쟁점매입처 OOO가 검찰로부터 불기소처분 받았음을 이유로 이 건 거래가 정상거래라고 주장하나, 검찰 불기소처분이 곧 과세처분의 부당함을 의미하는 것은 아니고(조심 2008부3220, 2008.11.28., 조심 2010서1613, 2010.11.24., 대법원 2016.2.18. 선고 2015두55790 판결 등, 같은 뜻임), 검찰 수사는 형사범죄요건 성립여부를 가리는 절차일 뿐 실물거래 여부를 결정하는 증빙으로 볼 수는 없다.

(3) 청구법인은 쟁점세금계산서상의 거래가 실제 재화의 이동과 대금수수행위가 있었으므로 가공거래가 아니라고 주장하나, 자료훼손 등의 이유로 정상거래임을 입증할 객관적인 증빙제시가 없고, 거래 당시 사업내용과 관련 없는 고액의 품목을 매입하면서 내용물 확인이나 추가공정도 없었으며, 정상 재화가 맞는지 관심조차 없었다는 청구법인의 대표자 OOO의 진술 등으로 볼 때 이 건 거래는 정상거래가 아니었음이 명백하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제6조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취·교부한 쟁점세금계산서는 다음과 같다.

(나) 처분청의 조세범칙조사(거래질서관련) 조사종결보고서(2016년 8월)를 보면, 쟁점거래처에 대한 주요 조사내용은 다음과 같은바, 청구법인은 2008년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래 없이 거짓의 쟁점세금계산서를 발행 및 수취한 것으로 확인되어 관련 거래금액(매출 OOO원, 매입 OOO원)에 대하여 가공거래 확정하여 관련 제세 경정결정하고 「조세범처벌법」위반 혐의로 즉시 고발조치하고 조사 종결한 것으로 나타난다.

1) OOO와의 전략거래(가공매입 OOO원) : OOO국세청장의 조사결과에 의하면 OOO 대표 OOO은 일명 ‘전략거래’ 명목으로 가치가 없는 품목이나 실물 없는 가상의 품목을 만들어 자회사인 OOO 대표 OOO와 공모하여 관련사들과 거짓세금계산서를 수수한 것으로 확인되었으며, 청구법인 대표 OOO은 동 전략거래와 관련하여 본인 스스로 OOO 등과 가공거래한 사실이 있음을 인정하였고, 당시 거래가 불법행위임을 인지하고 있었으나 OOO와는 ‘을’의 입장이라 OOO의 지시에 따를 수밖에 없었음을 진술하였다. 또한, OOO은 2016.6.23. 처분청에 출석하여 당시 거래는 실물이 있었고 거래관련 증빙(세금계산서, 거래명세표 등)이 있었으므로 가공거래가 아니며 가공거래내역을 OOO국세청에 제출한 사실 또한 기억나지 않는다며 기존 진술내용을 번복하였으나, 거래당시 내용(OOO 심문조서)을 보면 사업내용과는 아무런 관련이 없는 품목을 고액 매입하면서 내용물 확인이나 추가공정도 없이 그대로 매출하고 대금결재 역시 매출처 OOO로부터 먼저 받아 매입처 OOO에 지급한 것으로 볼 때 정상적인 거래형태로 보기 어렵고, 과세자료 통보된 전략거래 금액과 OOO이 2013.8.19. 기 제출한 전략거래 금액과의 차이는 당초 과세자료금액은 OOO 부도 후 회생절차 진행과정에서 관련자들이 퇴사한 가운데 OOO의 OOO에 수록된 내용을 분석하여 거짓세금계산서(전략거래)를 확인한 사항이고, OOO이 기 제출한 전략거래 금액은 본인이 관련 자료를 보관하고 있는 상황에서 스스로 개별적으로 식별한 것으로 통보된 과세자료금액 모두 OOO이 제출한 전략금액에 포함되어 있다. 따라서, 전략거래 특성상 거짓세금계산서 수취 및 발행이 사전에 계획되어 동시에 수행되므로 OOO이 제출한 전략거래 금액이 보다 신빙성이 높으며, OOO는 통보된 과세자료의 최초 과세기간(2010년 제1기) 이전에는 거래사실이 없는 업체로 청구법인의 사업내용(PVC컴파운드를 생산하여 OOO에 납품)상 OOO로부터 고액의 제품을 매입할 이유가 없다.

2) OOO와의 전략거래(가공매출 OOO원) : OOO국세청의 조사결과에 의하면 OOO 대표 OOO는 OOO 대표 OOO의 지시에 따라 ‘전략거래’ 명목으로 관련사들과 거짓세금계산서를 수수한 것으로 확인되었으며, 청구법인의 대표 OOO은 동 전략거래와 관련하여 본인 스스로 OOO와 OOO원의 가공거래(매출)를 한 사실이 있음을 인정하였다. 또한, OOO은 2016.6.23. 처분청에 출석하여 당시 거래는 실물이 있었고 거래관련 증빙(세금계산서, 거래명세표 등)이 있었으므로 가공거래가 아니며 가공거래내역을 OOO국세청에 제출한 사실 또한 기억나지 않는다며 기존 진술내용을 번복하였으나, 거래당시 내용(OOO 심문조서)을 보면 사업내용과는 아무런 관련이 없는 품목을 고액 매입하면서 내용물 확인이나 추가공정도 없이 그대로 매출하고 대금결재 역시 매출처 OOO로부터 먼저 받아 매입처 OOO에 지급한 것으로 볼 때 정상적인 거래형태로 보기 어렵고, 자료훼손 등의 이유로 정상거래임을 입증할 만한 증빙자료를 제시하지 않는 점으로 볼 때 OOO의 지시에 따라 일부 이익을 얻는 조건으로 OOO 등의 불법거래행위를 알면서도 이에 동조한 것이 명백하다.

3) OOO과의 전략거래(가공매출 OOO원) : 청구법인 대표 OOO은 OOO국세청의 OOO 등의 세무조사 당시 ‘전략거래’ 명목으로 OOO과 OOO원의 가공거래(매출)를 한 사실이 있음을 인정하였고, 청구법인은 OOO과는 위 거래 이외에는 거래사실이 없고, 해당 거래는 ‘전략거래’에 따라 OOO로부터 수취한 매입세금계산서에 대응하여 발행한 매출세금계산서로, OOO의 진술내용을 보면 사업과는 아무런 관련이 없는 품목을 고액 매입하면서 내용물 확인이나 추가공정도 없이 그대로 매출하였다는 것은 정상적인 거래형태로 보기 어려우며, 자료훼손 등의 이유로 정상거래임을 입증할 만한 증빙자료를 제시하지 않는 점으로 볼 때 불법거래행위를 알면서도 거래에 따른 일부 마진을 위해 이에 동조하여 거짓거래를 한 것이다.

4) 기타 전략거래[OOO 매입세금계산서 OOO원 및 OOO 매출세금계산서 OOO] : 청구법인 대표 OOO은 OOO국세청의 OOO 등의 세무조사 당시 ‘전략거래’의 명목으로 2008년 제2기 OOO로부터 OOO원의 가공 매입세금계산서를 수취하여 같은 기간 OOO원의 가공 매출세금계산서를 발행한 사실이 있음을 인정하였으나, 2016.6.23. 진술시에는 OOO와의 거래는 실물이 있었으므로 가공거래가 아니라며 기존 진술내용을 번복하였으나, OOO는 청구법인과는 이 건 거래 외 고액을 거래한 사실이 없는 업체로서 과거에는 거래한 적이 없는 고액의 품목을 매입하면서 내용물 확인이나 추가 공정도 없이 그대로 매출하였다는 것은 정상적인 거래형태로 보기 어려우며, OOO 대표 OOO 역시 청구법인과 전략거래 명목으로 OOO원 상당의 가공 세금계산서를 수수하였다는 진술내용이 일치하고, 특히 전략거래 특성상 거짓세금계산서 수취 및 발행이 사전에 계획되어 동시에 수행되는 점으로 볼 때 당초 OOO의 진술대로 OOO로부터 가공의 매입세금계산서 OOO원을 수취한 후 일부 마진을 붙여 사실상 본인이 경영하는 OOO에 이에 대응하는 가공의 매출세금계산서 OOO원을 발행한 것이다.

5) OOO 목적의 가공거래OOO 가공매입 OOO원 및 OOO 가공매출 OOO : OOO국세청 세무조사 결과에 따르면 OOO는 SPE(분체도료용수지) 원재료의 형식상 구매업체인 것으로 확인되었으며, SPE 원재료 구매에 따른 자금운영에 어려움이 있자 자금융통 및 외형을 부풀려 어음할인 한도 증가 등 금융상의 이득을 취할 목적으로 청구법인을 비롯한 관련사들과 속칭 OOO라는 가공의 거래를 하였으며, 청구법인 대표 OOO은 OOO국세청의 OOO 등의 세무조사 당시 2009년 제1기 OOO로부터 OOO원의 가공 매입세금계산서를 수취하여 같은 기간 OOO에 OOO원의 가공 매출세금계산서를 발행한 사실이 있음을 인정하였다. 또한, 청구법인은 사업내용과는 아무런 관련이 없는 SPE 원재료를 고액 매입하여 이전에는 거래한 사실도 없는 OOO에 이를 납품하였다는 것은 정상적인 거래형태로 보기 어렵고, OOO 대표 OOO 역시 SPE 원재료 거래와 관련한 OOO의 모든 거래는 위장거래임을 인정하였으며, 특히 전략거래 특성상 거짓 세금계산서 수취 및 발행이 사전에 계획되어 동시에 수행되는 점으로 볼 때 당초 OOO의 진술대로 OOO로부터 가공의 매입세금계산서 OOO원을 수취한 후 일부 마진을 붙여 OOO에 이에 대응하는 가공의 매출세금계산서 OOO원을 발행한 것이다.

(다) 처분청은 위 조사내용의 증빙으로 청구법인 대표이사 OOO의 진술서(2013.8.19.)·문답서(2013.12.19.) 및 범칙혐의자 심문조서(2016.6.23.), OOO대표이사)의 범칙혐의자 심문조서 등을 제시하였다.

(라) 청구법인은 쟁점세금계산서상의 거래가 실지거래라고 주장하면서 그에 대한 증빙으로, 청구법인 및 그 대표이사 OOO의 「조세범처벌법」등 위반과 관련한 OOO의 불기소통지서(2017.1.4.), 쟁점거래처의 「조세범처벌법」등 위반과 관련하여, OOO 대표자의 확인서, OOO의 OOO검찰청 제출자료, OOO검찰청의 불기소통지서(2014.10.1.)·OOO검찰청의 항고기각 통지서(2015.1.7.) 및 OOO검찰청의 재항고기각 통지서(2015.9.15.), OOO검찰청의 불기소통지서(2014.2.13.) 및 OOO검찰청의 항고기각 통지서(2015.9.21.) 등을 제출하였는바, OOO검찰청의 불기소통지서(고발인 : 처분청, 피고발인 : 청구법인 및 그 대표이사 OOO)의 ‘수사결과 및 의견’을 보면, 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 거래에 실제 재화의 이동과 대금수수행위가 있었으므로 가공거래가 아니며 이는 「조세범처벌법」위반혐의에 대한 불기소(무혐의)처분으로 인정된다고 주장하나, 처분청의 조사결과 청구법인은 2008년 제2기～2012년 제2기 과세기간 동안 쟁점거래처에 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취·발행(순환가공거래)한 것으로 확인된 점, 청구법인은 이 건 거래대금 지급과 관련한 객관적인 증빙을 제출하지 못하는 점, 「조세범처벌법」위반혐의에 대한 기소여부는 범죄구성요건의 충족여부 등에 관한 판단에 따라 결정되는 것으로 세법에 근거한 조세의 부과처분과는 그 기준 및 관점의 차이가 있어 검찰의 불기소처분이 곧 과세처분의 부당함을 의미하는 것은 아니라 할 것인바, 청구법인 및 그 대표자의 조세범칙사건에대한 불기소처분이 실물(정상)거래를 입증하는 것이라고 보기 어려운 점등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.