처분청은청구인이1986.9.16. 대도시외지역에서 인조섬유제조 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2002.1.30.○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 2필지 대지 1,988㎡와 그 지상건축물 10,609㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득·등기한 후 2002.3.13.부동산임대업으로 사업자등록을 하고 임대용으로 사용하던 중 2002.5.30.임대되지 아니한 6·7층 2,198.65㎡(공용면적 포함)에 무역 및 수출입대행을 위한 사업자등록을 하고 서울영업소를 설치한 다음 6·7층에 대한 등록세 등을 신고납부 하였으나, 이 사건 부동산을 지점설치 이전에 취득한 일체의 부동산등기로 보아 그 취득가액(8,300,000,000원)을 과세표준으로 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 473,758,080원,지방교육세 86,855,640원, 합계 560,613,720원(가산세 포함)을 2003.8.12.부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 등록세가 중과되는「지점 등 그 설치이전에 취득하는 일체의 부동산등기」라 함은 지점 등이 그설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기를 뜻하므로그 설치와 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 지점 등으로 사용하게된 경우에도 일체의 부동산등기에 포함된다 할 수 없다 할 것인바,임대용으로 취득하여 사업자등록을 한 후 임대시장의 불황으로 임대되지 아니한 6·7층에○○영업소를 설치한 경우는○○영업소에서 사용하는 6·7층만 등록세 중과세 대상이라 할 것임에도 이 사건 부동산 전체에 대해 중과세 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부동산등기가 지점설치에 따른 부동산등기로서 등록세 중과대상에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면,지방세법제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정한 다음 그 제3호에서대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립 설치 전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은청구인이대도시외지역에서 설립된 법인으로서 2002.1.30.대도시내지역의이 사건 부동산를 취득한 후부동산임대업으로 사업자등록을 하고 임대용으로 사용하던 중 2002.5.30.임대되지 아니한 6·7층에 무역 및 수출입대행을 위한 사업자등록을 하고 ○○영업소를 설치한 다음 6·7층에 대한 등록세 등을 신고납부한 데 대하여 이 사건 부동산을 지점설치 이전에 취득한 일체의 부동산등기로 보아 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 등을 부과한 사실은제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 지점설치와 관련이 없는임대용으로 취득하였다가 임대되지 아니한 6·7층에○○영업소를 설치한 것이므로○○영업소에서 사용하는 부분만 등록세 중과세 대상이라 할 것임에도 이 사건 부동산 전체를 중과세 한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 보면,등록세가 중과되는일체의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하므로, 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니라 할 것(같은 취지의 대법원 판결 2001.4.10. 99두1618)이므로 청구인이2002.1.30. 이 사건 부동산을 취득·등기한 후2002.3.13. 사업자등록(부동산임대업) 하고 용역업체에 경비·주차관리·미화·시설관리 업무계약을 체결하고 부동산 임대업을 시작하였으나,6·7층이 임대되지 아니하므로 2002.4.20.○○소재○○사무소를 매각하고 대도시외 본점이 직접 임대사업을 하는 부동산에 지점을 설치하는 경우 지점이 사용하는 부분만 중과된다는 유권해석(세정13407-488호 2002.5.24.)을 받고 2002.5.30.서울영업소 사업자등록을 하였을 뿐만 아니라, 또한 2002.3.13. 청구인이 부동산임대업으로 사업자등록을 한 것도 청구 외 (주)○○○과 경비·주차관리·미화·시설관리 업무계약을 체결하고 건물·기계·전기의 유지보수와 경비·미화업무를 처리하는 직원을 파견 받아 이들을 본점에서 관리하고 있을 뿐 임대료 징수 등관리 및 회계기능과 영업활동 내지 대외적인 거래업무는 본점에서 직접처리하고 있는 점으로 보아 본점의 임대사업장을 지점 또는 분사무소를 설치하였다고 보기는 어렵다 하겠으므로(같은 취지의 대법원 판결 1993.6.11. 92누10029)처분청의 이 사건 등록세 등의 부과처분은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24.

행 정 자 치 부 장 관