가. 청구법인은 2012.3.2. 설립된 금융지주회사이고, 청구법인의 연결자법인인 OOO생명보험주식회사(이하 “OOO생명”이라 한다)는 주식회사 OOO정보시스템 등(이하 “OOO정보”라 한다)에게 신보험 전산시스템 구축 용역대가로 OOO원(2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원으로 이하 “쟁점위탁비용”이라 한다)을 지급하였다.

나. 청구법인은 2015.6.4. 쟁점위탁비용이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 ‘연구·인력개발비에 대한 세액공제’ 대상이므로 기납부한 법인세 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2015.8.19. 신보험 전산시스템 구축 용역대가가「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) [별표 6] 제1호 나목 1)에서 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하지 않는 위탁비용으로 정한 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”(필요에 따라 “전사적 기업자원 관리설비”를 이하 “ERP”이라 한다)에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 전산시스템은 금융환경 변화에 대응하여 고객에게 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동의 일환이다.

조특법상 연구개발활동이란 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의된다.

OOO생명은 과거 고객의 내방 또는 영업사원의 방문을 통하여 보험상품을 판매하고 수익을 거두는 사업구조를 가지고 있었으나 2008년 이후부터는 OOO생명이 제공하는 서비스의 범위가 단순 보험의 영역을 넘어서 대출 등 금융의 영역까지 확장되었고, OOO생명의 고객들은 인터넷 및 모바일기기 등을 통하여 24시간 365일 서비스를 제공받기를 원하며, 사회적으로 금융정보 등 개인정보 보호의 필요성에 대한 인식이 심각하게 대두되는 상황을 겪게 되었다.

이에 OOO생명은 변화하는 금융환경에 대응하여 고객에게 종전에 제공하지 않았던 새로운 서비스를 인터넷을 통하여 해킹의 위험으로부터 안전하게 제공하기 위하여 이 건 전산시스템을 구축한 것으로 애초부터 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동의 일환으로 기획된 것이다.

(2) 조세심판원 및 법원도 금융기관의 전산시스템 구축활동을 연구개발로 인정한 바 있다.

조세심판원에서는 차세대시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 금융 등 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것은 아니라고 한 바가 있으며OOO, 법원에서도 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비에 대해 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발비에 해당한다고 판시OOO하였으며 이후에도 금융기관의 시스템 개발에 대하여도 연구개발에 해당하는 취지로 판결을 한 바가 있다.

OOO생명의 신보험 시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이기는 하지만, 기존 대법원 판시 등에 비추어 여전히 기술적 진전을 위한 것이므로 연구개발에 해당한다는 점에 대해서는 이견이 있을 수 없다. 다만, 조특법 제95조 제5항에서 구체적인 연구개발의 범위를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표 6]에서는 전사적 기업자원 관리 시스템 개발은 연구인력개발비 세액공제의 대상에서 제외하고 있으나, 동 개정이 모든 시스템 개발비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것은 아니다.

(3) 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령은 모든 시스템 개발비용이 연구개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것은 아니다.

(가) 개정의 배경 등을 감안하였을 때, 조특법 시행령 [별표 6]은 모든 시스템이 아니라 전사적 기업자원 관리설비 개발비용을 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다.

[별표 6] 개정 당시의 기획재정부의 의사는 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는지 논란이 있던 전사적 기업자원 관리설비 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 함에 있다. 기획재정부는 ERP 도입 위탁비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고 다만 실무상으로는 이를 위탁 연구․인력개발비의 일종으로 해석하여 운용하고 있어 당해 비용을 세액공제 대상에서 제외하는 것을 명문화하기 위해서 [별표 6]을 개정하였고, 당시 그러한 개정은 ERP 위탁 도입비용이 단순 자산취득 행위로 연구․인력개발비 대상으로 보기 힘들다는 점과 ERP 시스템은 생산성 향상 투자세액공제 적용대상이므로 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 경우, 중복지원의 결과를 초래하는 점이 그 배경이 되었다. 2010년 [별표 6] 개정 당시의 생산성 향상 투자세액공제 관련 규정에는 ERP가 대상 중 하나로 규정되어 있었는데, 당시 기획재정부는 ERP 도입비용이 생산성향상투자세액공제와 연구개발비 세액공제 대상에 중복된다는 문제의식을 가지고 있었고, 이를 해결하기 위하여 연구개발비 세액공제 대상에서 이를 제외하는 내용을 명문으로 규정한 것이므로 [별표 6]도 동일한 표현을 사용하여 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 등 시스템을 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 규정하게 된 것이다.

그렇다면 2010년 조특법 시행령 [별표 6]의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하며, 그 범위는 생산성향상투자세액공제의 대상이던 전사적 기업자원 관리설비의 범위와 동일하다고 해석되어야 할 것이지, 당해 개정으로 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제할 것을 그 목적으로 하였다고 보기는 어렵다.

조세심판원도 기업의 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서는 명확한 규정이 없고, 위탁연구개발비용의 일종으로 해석하여 세액공제를 적용하여 오다가 기업의 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 조특법 시행령 [별표 6]을 개정하여 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 공제대상에서 제외하였다.

현행 조특법 역시 아래 ＜표1＞과 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용에 따라 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러 가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있고, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 이들 설비 및 시스템은 전사적 기업자원 관리설비와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것이지, 전사적 기업자원 관리설비에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아니다.