가. 청구법인은 「여객자동차운수사업법」 제53조에 의하여 설립된사단법인 OOO개인택시운송사업조합의 정관 제33조 및 제35조에 의하여 설치된 OOO조합으로 2007년 5월부터 OOO에 소재한 정비소에서 조합원들을 상대로 자동차 정비사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 운영하였으나, 이와 관련된 법인세를 신고‧납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 일반통합조사 결과, 청구법인이 무신고한 2007사업연도부터 2010사업연도까지의 쟁점사업의 수입금액을O,OOO,OOO,OOO원으로 확인하고, 기준경비율에 의해 소득금액을 추계하여 2011.12.8. 청구법인에게 법인세 OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO,OOO,OOO원을 결정‧고지하고, 조OOO(전 조합장)에 대한 상여로 OOOOOOOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO,OOO,OOO원, 김OOO(현 조합장)에 대한 상여로 OOO원을 소득처분하여 소득금액변동통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.20. 이의신청을 거쳐 2012.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2007 및 2008사업연도는 장부를 보관하고 있지 않으나 당초 조사시 제출하지 못했던 부품매입 관련 업체별 결제내역과 송금관련 증빙을 확보하였으므로 부품매입비OOO를 주요경비로 추가로 인정하여야 하고,2009 및 2010사업연도의 경우 당초 조사시 제출하지는 않았으나 장부와 증빙을 보관하고 있으므로 실지조사방법에 의하여 소득금액OOO을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

조사당시 청구법인이 쟁점사업 관련 회계장부는 매년 자체 감사 후 폐기하여 보관하고 있지 않다며 인건비 관련 자료를 제외하고는 제출하지 아니함에 따라 금융조사 등을 통하여 2007사업연도～2010사업연도 정비수입금액을 OOO원으로 확인하고, 기준경비율에 의하여 소득금액을 추계하면서 주요경비로 인건비만을 인정한 것이며, 거래명세표 등 객관적인 증빙에 의하여 부품매입비 주장금액이 사업관련 매입비용인지가 확인되지 않으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2007 및 2008사업연도는 부품매입비를 주요경비로 추가로 인정하여소득금액을 추계하고, 2009 및 2010사업연도는 장부 및 증빙을 근거로실지조사방법에 의하여 소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)조사종결보고서와 이의신청 결정서 등 처분청의 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점사업에서발생한 현금수입금액과 신용카드 결제금액은 청구법인 명의의 OOO지점 2개 계좌OOO에 입금되었다가 인건비 지급과 정비부품 매입 등에 지출된 것으로 나타난다.

(나) 청구법인의 현 조합장인 김OOO은 쟁점사업과 관련한 2007사업연도~2010사업연도 회계장부는 자체감사 후 폐기하여 보관하고 있지 않다는 내용으로 2011.10.7. 확인서를 작성하였고, 부품매입 증빙의 제출을 요구하였으나 청구법인은 급여지급대장, 급여이체전표 등 인건비 관련서류만을 제출하고 그 외의 자료는 제출하지 않았다.

(다)처분청 조사당시 청구법인이 제출한 인건비 내역과 국민건강보험공단이 2011.9.29. 발급한 건강보험료 납부확인서에 의하면, 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 이경주 외 5인에게 OOO원의 급여를 지급한 것으로 나타난다.

(라)처분청은 「법인세법 시행령」 제104조 제2항에 규정된 기준경비율에 의하여 각사업연도의 소득금액을 추계하면서 아래 <표1>과 같이 인건비 지급액만을 주요경비로 인정한 것으로 나타난다.

<표1> 사업연도별 수입금액 및 소득금액 결정내역

(2) 청구법인이 아래 <표2>와 같이 각사업연도별 소득금액을 경정하여야 한다고 주장하며 다음의 장부와 증빙을 제출하였다.

<표2> 사업연도별 수입금액 및 소득금액(청구주장)

(가)OOOO OOO지점에서 2011.10.10. 발급한 청구법인 명의의 2개계좌의계좌별 거래명세표상 출금내역과 무통장(또는 타행환)입금확인증 및 일부 입금표와 거래명세표에 의한2007사업연도~2010사업연도의 정비부품 매입액 주장금액은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구법인 명의의 계좌에서 출금된 내역(청구주장)

(나) 2009 및 2010사업연도의 소득금액 계산과 관련하여 계정별원장 각 1권, 일자별 수입지출내역서 3권(2009년 1권, 2010년 2권), 통장결제내역과 증빙철 1권(2009년) 및 그 내용을 정리한 재무제표를 제출하였고, 각사업연도 손익계산서의 내용을 정리하면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 사업연도별 손익계산서 요약

(3)청구법인의 선거관리위원회위원장의 당선인 통지서와 OOOOOOO운송사업조합의 문서(경개택조 제2009-01호, 2009.1.2.)에 의하면, 2009.1.2. 청구법인의 조합장이 조OOO에서 김OOO으로 변경된 것으로 나타난다.

(4) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 처분청에서는 기준경비율에 의하여 2007사업연도~2010사업연도의 소득금액을 추계하면서 청구법인이 쟁점사업 관련 장부 및 증빙의 폐기를 주장하며 자료를 제출하지 않아 인건비만을 주요경비로 공제한 것으로 확인되나, 청구법인은 이 건 심판청구시 기업은행 송내지점이 발행한 청구법인 명의의 계좌의 거래명세표(2007.5.9.~2010.12.31.)와 무통장(또는 타행환)입금 확인증, 사업연도별 정비부품 결제내역과 거래명세표 및 입금표 일부,2009 및 2010사업연도에 대한 계정별원장과 재무제표를 제출하였으므로 동 장부와 증빙 등에 의하여 2007 및 2008사업연도의 부품매입비와2009 및 2010사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다면, 동 금액을 반영하여 각사업연도의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 하겠다.

2007 및 2008사업연도의 경우, 자동차정비업을 영위함에 있어서는정비부품의 매입이 필수적이고, 정비수입금액이 입금된 청구법인의 계좌에서 주식회사 다복상사 등에게 특정금액이 출금된 것으로 나타나므로 동 출금액이 부품매입비라면 추가로 주요경비로 공제함이 타당하나, 거래명세표 등 구체적인 증빙이 부족하여 청구법인이 제출한 자료만으로는 명확히 확인되지 않으므로 처분청에서 통장출금내역과국세통합전산망 조회자료 등을 이용하여 실 거래처와 거래여부및 거래금액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

2009 및 2010사업연도의 경우, 과세표준 및 세액의 계산은 장부나 증빙을 근거로 하는 것이 원칙인바, 청구법인은 심판청구시 장부와 일부 증빙 및 동 장부를 근거로 작성한 재무제표를 제출하였으므로 청구주장대로 실지조사방법에 의하여 과세표준 및 세액을 경정하여야하나, 당초 조사시 확인된 인건비와 손익계산서상 인건비 간에 차이가 있고, 통장출금내역에 의한 부품매입액과 손익계산서상 부품매입액 간에 차이가 있으며, 청구법인은 장부(계정별원장)와 일부 증빙만을 제출하여 동 자료만으로는 청구법인이 주장하는 내용을 그대로 받아들이기는 어려우므로 처분청에서 청구법인이 제출한 장부와 증빙 및 국세통합전산망 조회자료 등을 근거로 재무제표의 적정여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.