다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑2호증, 갑6호증, 갑7호증, 을1호증의 1 내지 10, 을2호증의 1 내지 7, 을 제3호증의 1 내지 11, 을4호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고의 1995년도 및 1996년도 법인세 과세표준 및 세액 신고

"(1) 1991. 6. 13. 설립된 법인인 원고는 1996. 3.경 1995년도의 법인세 과세표준 및 세액을 피고에게 신고하면서, 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되어 1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 정한기술・인력개발비'로 1995년도에 금157,505,750원을 지출하였다고 하여, 그에 따른 기술・인력개발비 세액공제액으로 금23,625,862원(157,505,750원×15/100)을 신고하였다.", "(2) 원고는 또 1997. 3.경 1996년도의 법인세 과세표준 및 세액을 피고에게 신고하면서, 구 조세감면규제법(1995. 12. 29. 법률 제5038호로 개정되어 1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 정한기술・인력개발비'로 1996년도에 금175,347,878원을 지출하였다고 하여, 그에 따른 기술・인력개발비 세액공제액으로 금26,302,181원(175,347,878원×15/100)을 신고하였다.",나. 피고의 증액경정고지

"피고는 원고가 신고한 위 각 법인세 과세표준 중 노무비 및 외주용역비의 손금산입에 오류 또는 탈루가 있다고 하여 1997. 10. 20.자로 원고에 대하여, (1) 1995년도 법인세에 대하여는 그 과세표준을 금423,384,463원으로 증액한 다음, 원고가 신고한 기술・인력개발비 세액공제액 금23,625,862원 전액과 기납부세액 등을 공제한 후 법인세를 금75,707,496원으로 증액경정고지하고, (2) 1996년도 법인세에 대하여는 그 과세표준을 금1,040,570,669원으로 증액한 다음, 원고가 신고한 기술・인력개발비 세액공제액 금26,302,181원 전액과 기납부세액 등을 공제한 후 법인세를 금188,217,378원으로 증액경정고지하였다(이하 1995년도분 법인세경정고지를이 사건 제1처분

1996년도분 법인세경정고지를이 사건 제2처분'이라 하고, 이를 합하여이 사건 각 처분'이라 한다).",2. 이 사건 각 처분의 적법여부

가. 당사자의 주장

"피고가 이 사건 각 처분의 경위와 관계법령에 비추어 이 사건 각 처분은 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 위 각 구 법률은기술・인력개발비'의 세액공제방법으로 두 가지 방법을 규정하면서 그 적용을 받고자 하는 납세의무자로 하여금 세액공제신청을 하도록 규정하고 있으나, 이는 법인세 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 과세관청에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 원고가 비록당해 과세연도에 지출한 기술・인력개발비의 15/100에 상당하는 금액'을 법인세에서 공제하는 방법으로 세액공제신청을 하였다 하더라도, 피고는 원고가 신청한 세액공제방법보다 세액공제액이 더 많게 되는 방법인당해 사업연도 직전 2년간 지출한 기술・인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 50/100에 상당하는 금액'을 법인세에서 공제하는 세액공제방법을 선택하여 세액공제를 하여야 함에도 불구하고 그렇게 하지 않은 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장한다.",나. 관계 법령

"'기술・인력개발비의 법인세 세액공제 제도'는 민간주도의 기술개발에 의한 생산성 향상으로 국제경쟁력의 제고를 유도하기 위하여 1981. 12. 31. 법률 제3481호 조세감면규제법개정법률 제17조에 신설된 제도로서, 위 개정법률 이후 이 사건 각 처분에 적용될 법률에 이르기까지의 개정연혁 및 그 후의 개정내용은 별지법률 개정 연혁 목록'과 같다.", "그런데 이 사건 제1처분에 대하여는 별지 목록 (6)항의 법률 제4666호가, 이 사건 제2처분에 대하여는 별지 목록 (7)항의 법률 제5038호가 각 적용되어야 할 것인바, 위 각 법률은 이 사건과 같이 중소기업인 원고에 대하여는 법인세 세액공제방법에 있어서 아무런 차이가 없으므로, 이하에서는 이 사건 각 처분에 적용될 위 각 법률을구 법률'이라고만 한다.",다. 판단

그러므로 과연 원고가 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 구 법률 제9조 제1항, 제2항에 규정된 세액공제방법 중의 한 가지 방법에 의하여 세액공제신청을 하였음에도, 피고가 원고의 세액공제방법과는 달리 원고에게 더 유리한 세액공제방법을 선택하여 세액공제를 하여야 하는지에 대하여 살펴본다.

"조세감면규제법의 개정연혁에 의하면, ①기술・인력개발비 세액공제제도'는 1981. 12. 31. 법률 제3481호에서 최초로 신설되었고, 그 당시에는당해 과세연도 지출금액의 100분의 10에 상당하는 금액'을 공제(이하당해 지출금액 공제방법'이라 한다)하도록 하였다가, ② 그 후 1986. 12. 26. 법률 제3865호는 위 금액에다가 다시당해 과세연도 지출금액 중 직전 2년간의 연평균지출액을 초과하는 금액에 대하여는 당해 초과금액의 100분의 10에 상당하는 금액'을 추가로 공제(이하초과금액 공제방법'이라 한다)하도록 하였으며, ③ 1990. 12. 31. 법률 제4285호는 당해 지출금액 공제방법의 산출비율을 100분의 10에서 100분의 15로 상향조정하였고, ④ 그 후 1992. 12. 8. 법률 제4521호는 초과금액 공제방법의 산출비율을 100분의 10에서 100분의 25로 상향조정하였으며, ⑤ 1993. 12. 31. 법률 제4666호는 초과금액 공제방법의 산출비율을 100분의 25에서 100분의 50으로 다시 상향조정하는 한편, 당해 지출금액 공제방법과 초과금액 공제방법의 두 가지 세액공제방법을 따로 규정하였으며, ⑥ 그 후 1996. 12. 30. 법률 제5195호는 위 두 가지 세액공제방법의 선택적 적용관계를 명시적으로 규정하고 있음을 알 수 있다.",그렇다면, 비록 구 법률에서 두 가지 세액공제방법의 적용관계를 1996. 12. 30. 법률 제5195호와 같은 정도로는 명시적으로 규정하고 있지 않다 하더라도, 기술・인력개발비 세액공제 제도에 대한 법률의 위와 같은 개정연혁 및 이 사건 각 처분에 적용될 구 법률 제9조 제1항 내지 제4항의 규정형식과 내용, 특히 구 법률 제9조 제2항 전단에서 … … 제1항의 규정에 불구하고 … … 라고, 같은 조항 후단에서 이 경우 제1항의 규정은 적용하지 아니한다 라고 각 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 법률에서도 두 가지 세액공제방법의 상호 적용관계는 위 법률 제5195호와 마찬가지로 납세의무자의 신청에 따른 선택적 적용관계라고 해석함이 상당하다 할 것이고, 따라서 이 사건에서와 같이 원고가 두 가지 세액공제방법 중 하나를 선택하여 세액공제신청을 하였으며, 그 후 국세기본법 제45조의2에서 정한 과세표준과 세액의 경정 등을 청구한 바가 없음에도 불구하고, 원고가 선택하지 않은 다른 공제방법에 의하여 피고가 세액공제액을 결정할 수는 없다 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문