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가. 원고는 화학, 정유, 기타 산업의 공장시설의 설립과 관련하여 프로젝트의 설계, 실행 및 완성된 산업시설을 운영하는 사업을 영위하고 있는 독일 법인이다.

나. 원고는 주식회사 한진중공업과 컨소시엄을 구성하여 2007. 6. 16. 현대제철 주식회사(이하 ‘현대제철’이라 한다)와 ‘현대제철 일관제철소 설비구매 계약 - 코크 오븐 플랜트 1&2 및 가스정제 플랜트 관련’('HYUNDAI STEEL COMPANY INTERGRATED STEEL PLANT EQUIPMENT PURCHASE AGREEMENT - In respect of the Coke Oven Plant 1&2 and Gas Refinery Plant', 이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 이 사건 계약에서 원고는 현대제철에게 코크 오븐 플랜트 및 가스정제 플랜트(이하 위 두 플랜트를 합하여 ‘이 사건 각 플랜트’라 한다)의 공사를 위한 설비의 공급, 설계 및 엔지니어링, 감리 등의 용역을 제공하고, 현대제철은 원고에게 국외설비 대금으로 117,422,000유로, 설계 및 엔지니어링 용역 대금(이하 ‘이 사건 설계대금’이라 한다)으로 21,000,000유로, 감리 용역 대금으로 17,575,000유로를 지급하기로 하였다. 라.

이후 현대제철은 원고에게 이 사건 설계대금 중, 2008. 2. 11., 2008. 7. 8., 2008. 12. 29., 2009. 8. 17. 각 4,200,000유로씩 총 16,800,000유로를 지급하면서, 이 사건 설계대금이 ‘대한민국과 독일연방공화국간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정’(이하 ‘한ㆍ독 조세조약’이라 한다) 제12조 제2항 나호의 사용료 소득에 해당한다고 보아 원천징수세율 10%(주민세 포함)를 적용하여 위 대금에서 법인세를 원천징수하고, 피고에게 2008. 2. 11. 원천징수한 법인세 522,262,361원, 2008. 7. 8. 원천징수한 법인세 624,868,361원, 2008. 12. 29. 원천징수한 법인세 713,053,088원, 2009. 8....