가. 청구법인은 2003.3.5.～2006.3.5. 아래 <표1>과 같이 4차례에 결쳐 대표이사 OOO(이하 “대표이사”라 한다)에게 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 퇴직금 중간정산 명목으로 지급하고, 쟁점금액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였으며, 퇴직소득세 합계 OOO원을 원천징수·납부하였고,

이후 청구법인은 대표이사의 입사일인 1992.4.1.부터 근속기간을 기산하여 2014.12.31. 대표이사에게 연봉제 전환을 사유로 중간정산 퇴직금 OOO원(이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 지급하였으며, 쟁점퇴직금을 손금에 산입하여 2014사업연도 법인세를 신고하였고, 퇴직소득세 합계 OOO원을 원천징수·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점퇴직금에 대하여 임원퇴직금의 한도 계산시 근속기간의 기산일을 1992.4.1.이 아니라 직전 중간정산 퇴직금의 지급일인 2006.3.5.로 하여야 한다는 취지로 청구법인에게 감사지적사항을 통보하였고, 이에 따라 청구법인은 쟁점퇴직금 중 OOO원이 퇴직금의 손금 한도를 초과하는 것으로 하여 손금불산입(상여)하고 2014사업연도 법인세 OOO원 및 근로소득(원천)세 OOO원을 수정신고·납부하는 한편, 퇴직소득세로 원천징수하여 기납부한 OOO원을 환급받았으며,

이후 청구법인은 쟁점금액이 현실적인 퇴직에 의하여 지급한 임원퇴직금에 해당하지 아니하므로 이는 퇴직금이 아닌 업무무관 가지급금에 불과한바, 쟁점퇴직금의 한도계산시 근속기간은 입사일인 1992.4.1.부터 기산함이 타당하므로, 기수정신고·납부한 2014사업연도 법인세 OOO원 및 근로소득(원천)세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2018.1.10. 및 2018.3.9. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.3.14. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점퇴직금은 정관에서 위임한 임원 퇴직금 지급규정에 의하여 지급한 적법한 퇴직금으로 「법인세법」상 현실적인 퇴직에 해당하고, 당초 현실적인 퇴직에 의하지 아니하고 지급한 쟁점금액은 퇴직금이 아닌 업무무관 가지급금에 해당하는바, 손금산입한도 계산시 근속기간은 대표이사의 입사일인 1992.4.1.부터 기산한다고 봄이 타당하므로, 대표이사 근속기간이 2006.3.5.부터 기산하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(1) 법인이 사용인에게 「근로자퇴직급여보장법」제8조 제2항의 규정에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급하는 때에는 이를 현실적인 퇴직으로 보아 손금에 산입하는 것이고, 「근로자퇴직급여보장법」이 적용되지 않는 임원의 경우에도 일반 근로자와의 형평을 고려하여 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때에는 이를 현실적인 퇴직에 해당하는 것으로 보아 손금에 산입하도록 「법인세법 시행령」제44조 제2항 제4호에 규정되어 있는데, 청구법인은 2014.12.31. 대표이사의 급여를 연봉제로 전환하면서 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 정관에서 위임한 임원 퇴직금 지급규정에 의하여 적법하게 계산된 쟁점퇴직금을 실제 지급하였으며, 관련 법령에 따라 퇴직소득세를 원천징수·납부하였고, 쟁점퇴직금이 현실적인 퇴직에 따라 지급된 것임에는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(2) 다만, 처분청은 청구법인이 당초 현실적인 퇴직에 해당하는 사유에 의하지 아니하고 임의로 대표이사에게 지급한 쟁점금액이 중간정산 퇴직금에 해당하므로, 쟁점퇴직금 지급시 근속기간을 직전 중간정산일인 2006.3.5.부터 기산하여 계산하였어야 한다는 의견이다.

(3) 그러나, 청구법인은 쟁점금액을 지급할 당시 대표이사와 급여를 연봉제로 전환한다거나, 향후 퇴직금을 지급하지 않기로 계약한 사실이 없으므로, 쟁점금액은 현실적인 퇴직에 해당하는 사유로 지급된 것이 아니고, 「법인세법」상 현실적인 퇴직에 의하지 아니하고 임원에게 지급하는 퇴직급여는 「법인세법 시행령」제44조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제22조 제2항에 따라 ‘업무무관 가지급금’으로 보아 인정이자를 익금에 산입하도록 법령에 명확하게 규정되어 있으므로, 쟁점금액은 ‘퇴직급여’가 아니라 청구법인이 대표이사에게 업무와 관련없이 대여한 금액, 즉 ‘업무무관 가지급금’에 불과하다.

(4) 따라서 대표이사의 현실적 퇴직사유가 최초로 발생한 시점은 급여를 연봉제로 전환하고 향후 퇴직급여를 지급하지 않기로 계약을 한 2014.12.31.이고, 대표이사의 근속기간은 대표이사의 입사일인 1992.4.1.부터 기산함이 타당함에도, 근속연수가 2006.3.5.부터 기산되는 것으로 오인하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인에게 지배력을 행사하고 있는 대표이사에게 이미 퇴직금을 중간정산하여 지급하였음에도 불구하고, 고액의 퇴직금을 재차 지급하기 위하여, 입사일부터 기산하여 퇴직금을 지급하는 것으로 임원퇴직금 규정을 제정하고 연봉계약서를 작성한 행위는 「법인세법」상 중간정산 요건을 형식상 충족하기 위한 행위임이 명확한데도, 「법인세법」상 중간정산 요건 불충족시 업무무관가지급금으로 취급하는 제재조치를 근거로 적법하게 지급한 당초 중간정산은 무효가 되고 새로 개정한 임원퇴직금 규정이 정상적이라고 판단한다면 이는 심각한 모순이 아닐 수 없으며,「근로자퇴직급여보장법」,「법인세법」등에서 규정하듯이 중간정산 후의 퇴직금 산정은 중간정산 이후부터 새로이 기산하는 것이 일반적인 사회통념에 부합하는바, 중간정산기간에 대한 퇴직금을 손금부인하여 상여처분한 수정신고는 정당하고, 이 건 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

(1) OOO은 처분청에 대한 업무감사시, ① 청구법인은 2003∼2006년 사이 모든 임직원이 퇴직금 중간정산을 실시하였고 실제 퇴직시 모든 임직원이 중간정산 정산일 이후부터 퇴직금을 받고 있는 점, ② 청구법인은 이러한 현실을 반영하여 2008.1.1. 사규를 제정하면서 임직원의 퇴직금 중간정산 요구에 따라 중간정산할 수 있도록 규정하고 중간정산 이후에는 퇴직금 중간정산일 이후부터 새로이 기산하도록 명시한 점, ③ 퇴직급여지급규정은 계속·반복적으로 누구에게나 동일하게 적용될 수 있어야 함에도 2014.12.26. 임원퇴직금 규정을 제정함과 동시에 임원퇴직금 지급결의를 하고 대표이사와 연봉계약서를 작성하는 등 지배주주인 대표이사에게 퇴직금을 지급하기 위하여 임원퇴직금 규정을 신속히 제정한 것으로 보이는 점, ④ 청구법인은 가족 중심의 기업으로 직계가족을 제외하고는 향후 상당 기간 쟁점 임원퇴직금 규정이 적용될 임직원이 없고, 자녀의 경우 특별한 성과가 없음에도 임원에 취임하여 고배율의 지급률을 적용받고 있으며, 지배주주로서 향후 얼마든지 개정이 가능한 점, ⑤ 청구법인은 2014년 사업부의 일부를 정리하면서 법인의 유형자산을 매각하여 유형자산처분이익 OOO원이 발생하였고 이로 인한 법인세 및 향후 지배주주로서 고율의 배당소득세를 부담하여야 한다는 점에서 대안이 필요하였던 점, ⑥ 대표이사는 사업초기 OOO원 수준의 급여를 지급받다가 OOO원을 초과하여 지급받는 등 일반직원들의 급여제와는 달리 법인의 성과를 연봉에 반영하였음에도 고액의 임원퇴직금 규정을 만들어 중간정산 직전 사업연도인 2013사업연도 (누적)이익잉여금 기준 1/5 수준을 퇴직금으로 과다하게 지급한 점 등에 비추어 청구법인의 임원퇴직금 규정에 대하여 문제점을 제기하였고, 청구법인은 위와 같은 지적에 대하여 지배주주이자 대표이사가 아니라면 OOO원 상당의 고액 퇴직금을 현실적으로 지급하는 것은 어려운 점, 모든 임직원이 중간정산 이후부터 기산하여 퇴직금을 지급하고 있는 점, 사규에 규정되어 있음에도 대표이사만 소급하여 지급함은 대표이사에게 퇴직금을 과다하게 지급하기 위한 것이었던 점 등을 시인하였으며, 이에 따라 중간정산기간을 퇴직금 지급대상 재직기간에서 제외하여 수정신고하였던 것이지, 퇴직금의 법리를 착오하여 수정신고한 것이 아니다.

(2) 청구법인은 쟁점퇴직금은 퇴직급여지급기준에 따라 지급된 것이므로 정당하고, 당초 중간정산하여 지급한 쟁점금액은 업무무관가지급금으로 보아 관련 세무조정을 하면 된다고 주장하나, 이는 퇴직금에 대한 현실적인 효력과 「법인세법」상 취급을 혼동한 결과에서 비롯된 것이다.

(가)「법인세법」에서는 실제 퇴직이 아님에도 연봉제 전환(향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건) 등 일정 요건을 충족하는 경우에는 현실적인 퇴직으로 허용하되 이를 위반하여 향후 퇴직금을 재차 지급하는 등 중간정산 요건 위배시에는 실제 퇴직(현실적인 퇴직 포함)시까지 당초 중간정산 퇴직금에 대해서는 업무무관가지급금으로 보도록 제제조치를 두고 있다.

(나) 다만, 이는 「법인세법」상 퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대한 손금산입을 제한하는 제재 규정일 뿐, 이를 근거로 실제 기업과 직원 간에 중간정산·지급된 금원의 법률적 성격이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것은 아니므로, 「법인세법」상 손금산입 여부와 무관하게 현실에서 퇴직금 지급은 유효한 경제행위 및 법률행위에 해당한다.

(다) 청구법인의 경우 2003∼2006사업연도에 전 임직원이 동일하게 급여 및 근속연수에 비례하여 퇴직금 중간정산을 하였고, 이후 실제 퇴직시 근속기간을 정산일 이후부터 기산하여 퇴직금을 지급하였음에도 어느 누구도 퇴직금 청구에 대하여 (법률적으로) 이의를 제기한 사실이 없으며, 사규 제정 시에도 이를 명문화한 점에 비추어 보면 청구법인이 지급한 중간정산 퇴직금은 청구법인과 임직원의 사이에서 그 법률적 효력이 유효한 것으로 봄이 타당하다.

(라) 따라서 「법인세법」상 퇴직금이 가지급금으로 의제된다고 하여 기업이 임직원에게 중간정산 퇴직금을 가지급금으로 보고, 처음부터 소급하여 퇴직금을 지급하는 경우는 현실적으로 지배력이 있는 임원에게 고의적으로 퇴직금을 지급하고자 하는 경우를 제외하고는 상정하기 어렵다 할 것이고, 결국 문제의 쟁점은 적법하게 지급한 퇴직금 중간정산 이후 법인이 퇴직금 규정을 제정하여 퇴직금 기산일을 소급적용하고 퇴직금을 과다지급한 것이 정당한지 여부이며, 당초 지급한 중간정산 퇴직금을 가지급금으로 처리하였으므로 퇴직시 재직기간을 소급하여 지급하여도 된다는 논리는 현실과 세법상의 취급을 혼동한 결과에서 비롯된 것이다.

(3) 「근로자퇴직급여보장법」의 규정뿐만 아니라 「법인세법」에서도 퇴직금을 중간정산했다면 이후 지급되는 퇴직금은 최종 중간정산일부터 새로이 기산하는 것을 전제로 퇴직금 규정을 운용하고 있다.

(가) 「법인세법」제44조 제2항에서 현실적인 퇴직의 범위에 근로자 및 임원(기획재정부령이 정하는 사유로 중간정산하는 경우)에게 퇴직금을 중간정산하여 지급하는 경우를 포함하되 이후에는 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산한 경우로 한정하였고, 일반적인 임원에 대한 퇴직금 중간정산의 경우에는 ‘급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때’에만 현실적인 퇴직으로 인정하고 있으며, 이때에는 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산하는 등의 명문상 규정은 없으나 문리해석 상 향후 퇴직금을 지급하지 아니한다는 조건에서만 퇴직금으로 손금산입되기 때문에 퇴직금 관련 기산일 규정은 삽입할 이유가 없는 것이다.

(나) 또한, 같은 조 제4항에서는 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다고 규정하고 있어 퇴직금을 중간정산 또는 지급한 경우 기산일을 소급적용할 수 없음을 명문화하고 있다. 따라서, 이상 사실을 요약하면 「법인세법」에서는 중간정산 요건 위배로 중간정산 퇴직금이 업무무관가지급금으로 취급되는 것과 별개로 기본적으로 퇴직금 중간정산이 적법한 경우에는 정산일 이후부터 기산하여야만 손금에 산입하도록 규정하고 있는 것이다.

(4) 청구법인의 2003～2006사업연도의 퇴직금 중간정산 지급은 비록 임원퇴직금 없이 지급되었으나 당시 모든 임직원이 공통적으로 중간정산을 실시하였고, 실제 퇴직시 중간정산 이후부터 퇴직금을 계산하였으나 어떠한 임직원도 퇴직금 정산이 잘못되었다는 이의를 제기한 사실이 없으며, 법인 내부적으로도 이와 관련된 내부지침을 문서화(제정이라기보다는 명문화 성격)하여 2008.1.1.부터 사규에 반영하였는바, 청구법인이 임원에 대하여도 직원 퇴직급여지급규정을 준용하여 퇴직금 제도를 운영하였음이 자명하고, 「법인세법」에서도 정관 등에서 규정한 임원퇴직금 규정이 없는 경우에는 「법인세법 시행령」제44조 제4항 제2호에서 「근로자퇴직급여보장법」에 따른 퇴직금 수준을 손금으로 인정함으로써 중간정산 이후 퇴직금을 소급적용하지 않는 이상 전액 손금으로 인정하고 있으며, 청구법인의 중간정산 퇴직금도 지급시에 가지급금으로 의제되나 퇴직시에는 전액 손금에 산입된다. 결국, 청구법인이 직원 퇴직급여지급규정을 준용하여 임원에게 당초 지급한 중간정산 퇴직금은 유효한 것이고, 적법하게 지급된 중간정산 퇴직금을 배제하고 재직기간을 다시금 소급적용하도록 한 임원퇴직금 규정은 상관행에 반하는 규정에 해당한다.

(5) 청구법인의 임원퇴직급여지급규정이 퇴직금을 중간정산하였음에도 다시금 소급하여 지급할 수 있다는 전제하에서 만들어졌다면 이는 일반적이고 통상적으로 적용될 수 없는 임원퇴직급여지급규정에 해당하여 과다지급한 퇴직금에 대해 상여처분함은 타당하고, 통상적인 경우와 같이 임원퇴직금 규정이 최초로 중간정산(퇴직자 포함)하는 자를 가정하거나 중간정산 이후 퇴직금을 지급하지 아니하는 경우, 중간정산 이후부터 새로이 기산하는 경우를 가정하여 만든 일반적인 규정이라면 퇴직급여지급규정을 위반하여 퇴직금을 과다하게 지급한 것이므로 소급하여 중복지급한 기간에 대해 퇴직금을 배제하여 퇴직금을 재계산한 당초 수정신고는 정당한 것이다.

(가) 「법인세법」상 임원퇴직급여지급규정은 형식적인 요건을 모두 갖추었다고 하더라도 해당 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직금을 지급하려는 것이 아니라 퇴직금의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면, 적법한 임원퇴직금지급규정에 해당되지 아니한다(대법원 2016.2.18. 선고 2015두50153 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인의 정관 및 임원퇴직금지급규정을 살펴보면, 2014.12.26. “임원의 퇴직급 지급은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정 의하고, 임원이 원하는 경우 연봉제를 실시할 수 있으며, 이에 따른 퇴직금을 중간정산할 수 있다”라는 내용의 정관 제33조를 임시주주총회를 통해 추가하였고, 청구법인이 제정한 임원퇴직금지급규정에는 퇴직금 지급사유는 명시되어 있지 아니하며, “퇴직금을 지급함에 있어 임원으로 최초 취임하였을 때부터 소급하여 적용한다”라고 규정하고 있다.

(다) 명문상 임원퇴직금 중간정산 이후 퇴직금 기산일을 언제부터 할 것인지에 대한 규정은 없으나, 만일 청구법인의 계산방식처럼 퇴직급여를 중간정산한 이후 퇴직급여를 재임연수 기간 동안 소급하여 지급하는 것이 가능하다면 향후 실제 퇴직시(중간정산 포함), 또는 연봉제를 퇴직급여 제도로 재전환하는 경우 퇴직급여를 얼마든지 중복적으로 지급할 수 있다는 해석이 가능하고, 법인에 지배력을 행사하는 임원의 경우에는 일단 중간정산을 사유로 고액의 퇴직금을 수령하고 향후 상당기간 경과한 시점(예, 20년 후)에 퇴직 또는 중간정산 하면서 다시금 소급하여 지급받을 수 있는 등 비통상적인 불합리성이 존재한다.

(라) 결국, 청구법인의 임원퇴직금지급규정이 퇴직금을 중간정산하였음에도 다시금 소급하여 지급할 수 있다는 전제하에서 만들어졌다면 이는 일반적이고 통상적으로 적용될 수 없는 임원퇴직급여지급규정에 해당하여 과다지급한 퇴직금에 대해 상여처분함은 타당하고, 통상적인 경우와 같이 임원퇴직금 규정이 최초로 중간정산(퇴직자 포함)하는 자를 가정하거나 중간정산 이후 퇴직금을 지급하지 아니하는 경우, 또는 중간정산 이후부터 새로이 기산하는 경우를 가정하여 만든 일반적인 규정이라면 퇴직급여지급규정을 위반하여 퇴직금을 과다 지급한 것이므로 소급하여 중복지급한 기간에 대한 퇴직금을 손금부인하여 상여처분한 당초 수정신고는 정당하다.

(6) 청구법인이 퇴직금을 기 정산한 재직기간까지 포함하여 퇴직금을 재차 중간정산하여 지급한 것은 고의적으로 대표이사에게 급여를 과다지급하기 위하여 퇴직금 중간정산의 형식을 취한 것에 불과하다.

(가) 청구법인은 법인의 내부적으로 사규를 정하여 2014.12.26. 임원퇴직금지급규정을 제정하기 전까지 모든 임직원이 중간정산 이후부터 퇴직금을 기산하여 왔고, 청구법인의 최대주주(직계가족 포함, 100%)이자 지배주주인 대표이사 OOO의 퇴직금 중간정산시에만 중간정산 직전에 임원퇴직급여지급규정을 신설하고, 동시에 임원퇴직금 지급결의 및 연봉계약서를 작성하는 등 일사천리로 퇴직금을 지급하였으며, 통상 임원퇴직금지급규정은 계속·반복적으로 적용가능하고, 사규에 반하지 아니하는 선에서 적용된다는 점에서 보면, 대표이사인 OOO에게 퇴직금을 지급하기 위해 임원퇴직금을 제정하였음은 자명하며, 계속 적용한다고 하더라도 청구법인은 가족 중심의 기업으로 직계가족을 제외하고는 향후 상당 기간 임원퇴직금지급규정이 적용될 임직원(자녀 제외)이 없고, 자녀의 경우 특별한 성과가 없음에도 임원에 취임하여 고배율의 지급률을 적용받고 있다는 점에서 법인의 성과공로가 아닌 지배주주의 재테크 수단으로의 적용될 소지가 크다.

(나) 청구법인이 임원퇴직급여지급규정을 신속히 제정한 후 대표이사에게 퇴직금을 지급한 이유는 2014년 사업부의 일부를 정리하면서 법인의 유형자산을 매각하여 유형자산처분이익이 OOO원 발생하였고, 이로 인한 법인세 및 향후 지배주주로서 고율의 배당소득세를 부담하여야 한다는 점에서 대안이 필요하였던 것으로 판단된다.

(다) 대표이사는 사업초기 OOO원 수준의 급여를 지급받다가 OOO원을 초과하여 지급받는 등 일반직원들의 급여제와는 달리 법인의 성과를 연봉에 충분히 반영하였고, 고액 연봉에 따른 퇴직금도 타 임직원 대비 고액으로 수령가능함에도 퇴직금 기산일을 소급적용하거나 지급률을 고배율(7.5배)로 책정하고 실제 퇴직이 아닌 중간정산임에도 공로를 평가하여 퇴직금을 추가 지급하는 방식으로 퇴직금 지급 직전 사업연도인 2013 사업연도 (누적)이익잉여금 기준 1/5에 해당하는 OOO원을 퇴직금으로 지급하였는데, 이는 지배주주이자 지배력 있는 임원이 아니고서는 현실적으로 일어날 수 없는 경제 행위에 해당한다.

(라) 전술하였다시피 청구법인은 감사시에도 위와 같은 지적에 대해, 지배주주이자 대표이사가 아니라면 OOO원 상당의 고액 퇴직금을 현실적으로 지급하는 것은 어렵고, 또한 모든 임직원이 중간정산 이후부터 퇴직금 기산일을 계상하고 있으며, 사규에도 규정되어 있음에도 대표이사만 소급하여 지급함은 대표이사에게 퇴직금을 과다하게 지급하기 위한 것이었음을 시인한 바 있고, 이에 따라 중복 재직기간을 퇴직금 지급대상 재직기간에서 제외하여 수정신고하였던 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대표이사의 퇴직급여 계산시 근속연수가 중간정산일 이후부터 기산하는 것으로 보아 중간정산일 이전 분 퇴직급여를 손금불산입하고 근로소득으로보아 법인세 및 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 청구법인 정관, 임원퇴직급여지급규정, 임시주주총회의사록, 임원 연봉계약서 등에 의하면, 2003∼2006사업연도에 4차례에 결쳐 실시한 대표이사 OOO에 대한 퇴직금 중간정산은 모두 현실적인 퇴직에 의하지 아니한 퇴직금의 지급으로서, 쟁점금액은「법인세법」상 가지급금에 해당하고, 2014.12.31. 지급한 쟁점퇴직금은 「법인세법 시행령」제44조 제2항 제4호에 의한 현실적인 퇴직을 원인으로 지급한 퇴직금인 것으로 나타나며, 처분청이 쟁점퇴직금 중 최종 중간정산일인 2006.3.5.을 기산일로 하여 청구법인의 임원퇴직금지급규정에 따라 계산한 금액을 손금에 산입하고 퇴직소득 원천징수 대상으로 판단한 점에 비추어 볼 때 위 사실에 대하여 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없는 것으로 보인다.

(2) 청구법인은 2003～2005사업연도 중 전직원이 매년 퇴직금을 중간정산하였고, 대표이사인 OOO도 같은 기간 퇴직금 중산정산을 실시한 것으로 나타나며, 2003사업연도 최초 중간정산시, 모든 임직원이 같은 날 동일하게 입사일부터 정산일(2003.3.5)까지를 재직기간으로 계산하였고, 2004～2006사업연도에는 정산일 이후부터 재직기간이 새로이 기산되는 것으로 하여 퇴직금을 계산한 것으로 확인된다.

(3) 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 청구법인의 임원 변동상황은 아래 <표3>과 같고, 아래와 같이 청구법인의 법인등기부등본상 임원 또한 실제 퇴직시 재직기간을 중간정산 이후부터 새로이 기산하여 퇴직금을 정산한 것으로 확인된다.

(가) 퇴직한 OOO 이사는 2003～2005사업연도에 퇴직금 중간정산을 하였고 2012.2.23. 퇴직시 퇴직금 기산일을 소급적용하지 아니하고, 2008.1.1.부터 적용하였다.

(나) 퇴직한이사 OOO도 2003～2005사업연도에 퇴직금을 중간정산하였고, 2008년 3월 등기임원에서 탈퇴하고 2014년 청구법인의 권고퇴직시 퇴직금 기산일을 소급적용하지 아니하고 2006.3.6.로 하여 퇴직금을 지급하였다.

(4) 청구법인은 2008.1.1. 퇴직금 지급방식을 명문화하여 사규를 제정하였고, 임직원에 대한 퇴직금 관련 내용은 아래와 같다.

(5) 청구법인 정관, 임원퇴직금지급규정, 임시주주총회의사록, 임원 연봉계약서 등에 의하면, 청구법인은 2014.12.26. 정관을 개정하여 임원의 보수와 퇴직금 규정을 추가하였고, 같은 날 주주총회를 개최하고 임원퇴직금지급규정을 신설하였으며, 2014.12.31. 임시주주총회를 개최하여 대표이사인 OOO에게 쟁점퇴직금을 지급하기로 의결하는 한편, OOO와 임원연봉계약서를 작성하였고, 같은 날 쟁점퇴직금을 지급한 것으로 나타난다.

(6) 쟁점퇴직금 손금불산입액은 아래 <표4>와 같이 계산한 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 퇴직금이 아닌 가지급금에 해당하므로 쟁점퇴직금은 전액 손금산입 대상 퇴직급여로서 퇴직소득에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 OOO를 제외한 모든 임직원에게 중간정산 이후부터 기산하여 퇴직금을 지급하여 왔고, 중간정산 이후 재직기간을 새로이 기산하는 것으로 사규에도 규정되어 있음에도, 임원퇴직급여지급규정을 새로이 제정하여 단기간에 대표이사 OOO에게만 소급하여 OOO원 상당의 고액(직전 사업연도말 이익잉여금의 1/5에 상당하는 금액임)의 쟁점퇴직금을 지급하는 것은 지배주주이자 대표이사가 아니라면 현실적으로 어려운바, 대표이사에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적 방편으로 보이는 점, 만일 청구법인의 계산방식처럼 퇴직급여를 중간정산한 이후 퇴직급여를 재임기간 동안 다시 소급하여 지급하는 것이 가능하다면 향후 실제 퇴직시 퇴직급여를 중복적으로 지급할 수 있다는 해석이 가능하고, 법인에 지배력을 행사하는 임원의 경우에는 일단 중간정산을 사유로 고액의 퇴직금을 수령하고 향후 법인세에 대한 부과제척기간이 경과한 시점에 퇴직하면서 다시 소급하여 퇴직금을 지급받을 수 있는 불합리성이 존재하는 점, 현실적인 퇴직의 요건을 갖추지 못하고 지급하는 임원퇴직금을 세법상 가지급금으로 보아 손금불산입하도록 한 「법인세법 시행령」제44조, 같은 법 시행규칙 제22조 등의 규정은 「법인세법」상 임원퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대하여 손금산입을 제한하는 제재규정일 뿐, 이를 근거로 실제 기업과 직원 간에 중간정산·지급된 금원의 법률적 성격이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것은 아니므로, 「법인세법」상 손금산입 여부와 무관하게 현실에서 퇴직금 지급은 유효한 경제행위 및 법률행위에 해당하여, 중간정산 이전 재직기간에 대하여 재차 지급한 퇴직금은 법률상 지급의무 없이 과다지급한 손금에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.