청구인은 OOOOO OOO OOOO O OO번지 임야 1,508㎡ 및 같은 곳 산 23-1 임야 1,118㎡ 합계 2필지 2,626㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 1993.5.7. 상속 취득한 후 2005.1.20. OOOOOOO(OOOOO OOOOOO)에 수용으로 양도하고, 2005.5.31. 실지거래가액으로 자산양도차익을 산정하여 확정신고 납부하였다.

그 후 2007.7.12. 기 신고한 실지거래가액에 의한 신고방법을 기준시가에 의한 방법으로 변경하여 처분청에 양도소득세 269,553,750원을 환급하는 내용의 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 2007.8.16. 경정청구 거부통지를 하였다.(처분청은 청구인이 당초 신고시 취득가액 계산오류에 대하여 2005.8.25. 양도소득세 139,873,080원을 추가로 고지하자 청구인은 이를 납부하였다.)

청구인은 이에 불복하여 2007.10.26. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구 조세특례제한법 제85조에 의하여 자산양도차익 산정방법을 기준시가에 의한 방법으로 신고할 수 있음에도 불구하고 착오로 양도가액을 실지거래가액으로, 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 자진 신고하였으므로 양도소득세 산정방법을 기준시가에 의한 방법으로 변경하여 과다 납부한 양도소득세를 환급신청 한 것은 정당하므로 경정청구 거부 처분은 부당하다.

나. 처분청의견

청구인이 주장하는 기준시가에 의한 양도소득세 산정방법의 근거가 되는 구 조세특례제한법 제85조의 단서의 규정에 의하면, 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다고 명시하고 있는 바, 청구인은 법정신고기한내에 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하였으므로 기준시가에 의하여 양도가액 및 취득가액 산정의 여지가 없으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한 다음, 확정신고기한이 도과한 이 후에 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

(2) 소득세법 제96조【양도가액】 ①제94조제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(3) 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(4) 조세특례제한법시행령 제79조의 2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

(5) 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】부칙(제7322, 2004.12.31)

제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.

제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 1993.5.7. 상속으로 취득하여 2005.1.20. OOOOOOO(OOOOO OOOOOO)에게 2005.1.20. 양도한고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2005.5.31. 양도소득세 확정신고를 한 후, 쟁점토지의 양도는 구 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 지정지역내 공익사업용 부동산의 양도로서 기준시가로 양도차익을 산정하여 기 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 제기하자 처분청은 구 조세특례제한법 제85조 단서의 규정에 의하여 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 신고한 경우에 해당되므로 2007.8.16. 경정청구 거부통지를 하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(2) 이에 청구인은 구 조세특례제한법 제85조에 의하여 기준시가에 의한 방법으로 신고할 수 있었음에도 불구하고 착오로 실지거래가액으로 신고하였으므로 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 조세특례제한법 제85조 제1항 본문에 의하면 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 양도한 경우에도 양도인이 토지를 지정일 전에 취득하였고, 지정일 이후에 도시개발법에 의한 개발지역지정이 이루어졌으며 2006.12.31. 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에는 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 있으나, 같은 항 단서에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 본문을 적용하지 않는다고 규정하면서 동법 부칙 제12조에서 위 규정은 2005.1.1. 이후 양도소득과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 적용된다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 따라 실지거래가액 과세대상이나 공익사업용으로 수용되는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준확정신고 기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고한 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액에 따라 산정 할 수밖에 없다할 것이다.(OO OOOOOOOOO, 2006.9.2 같은 뜻)

(5) 따라서 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 12월 31일

주심국세심판관 김 홍 기

배석국세심판관 허 종 구

김 기 섭

김 두 형