처분청은 청구법인이 ’89사업년도(89.1.1～12.31) 부터 ’92사업년도(92.1.1～12.31)까지의 기간에 실물매입없이 가공으로 1,836,096,923원(각 사업년별 금액 별지와 같음)에 상당하는 세금계산서(이하 “쟁점가공매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 매입세액공제를 받고, 또한 법인세 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금(원가)에 산입한 사실을 조사확인하여 93.9.16 청구법인에게 부가가치세 207,485,560원(각 과세기간별 세액 별지와 같음), 법인세 841,933,260원 및 동 방위세 45,044,470원(각 사업년도별 세액 별지와 같음)를 경정고지하고, 또한 쟁점가공매입세금계산서상의 금액을 각 사업년도 별로 대표자 상여처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.11.15 심사청구를 거쳐 94.3.5 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 음향, 영상 및 통신장비 제조업을 영위한 법인으로 이러한 제품제조시 사용되는 원재료는 주로 OO상가, OOO, OO전자상가 등에서 자료수수없이 할인되는 가격으로 구입하고 있으며, 이 같은 거래는 청구법인이 영세기업이므로 세법의 무지함에 따른 결과로 위와같이 무자료로 원재료를 구입하여 제품을 제조하였으나 당 제품에 대한 원가를 인정받을 수 없어 부득이 세법을 어기고 청구외 주식회사 OO, OO방재통신 등으로 부터 실물거래없이 세금계산서금액의 4-8%를 지급하고 자료만 구입하여 원가처리해 왔던 것으로 청구법인은 부가가치세법을 어기고 실물매입 없이 교부받은 세금계산서의 매입세액불공제에 대하여는 그 부당성을 주장할 수 없어 당연히 납부하여야 하나 제품제조에 대한 원가는 회사가 계상한 매출원가가 아래와 같이 전국동일업종 평균매출원가율에 미달하므로 회사계상매출원가는 전액 손금으로 인정해 주는 것이 타당하고,

○ 청구법인의 매출원가 및 전국평균매출원가 비교분석표(OO은행 기업경영분석자료)

(2) 처분청의 처분내용대로 쟁점가공매입금액을 법인세 과세소득금액계산상 손금부인한다고 하더라도 청구법인의 결산서상 ’92년도 기말재고 자산에 포함되어 있는 가공원가상당액 310,877,226원은 회사가 손금으로 처리하지 아니한 금액으로 이를 손금부인하는 것은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인이 계상한 매출원가는 전국업종평균원가율에 미달하므로 전액손금으로 인정하여야 한다고 주장하나 법인세법 제32조 제3항에는 “정부는 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다”고 규정하고 있는 바 청구법인이 당초에 OO상가 등에서 무자료로 매입하였다고 하는 주장은 거래처 인적사항, 거래일자, 거래품목 등을 입증할 수 있는 자료의 제시가 없으므로 청구주장은 신빙성이 없으며,

(2) 청구법인은 ’92년도 기말재고자산으로 쟁점가공매입분 중 310,877,226원이 포함되어 있다고 주장하나 그 증빙을 제시하지 못하므로 청구주장은 신빙성이 없다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 첫째, 쟁점가공매입세금계산서상의 금액을 각 사업년도의 소득금액계산상 손금부인하여 법인세과세하고, 동 가공매입금액을 대표자에 대한 상여로 처분한 것이 정당한지 여부와

둘째, 청구법인이 쟁점가공매입세금계산서상의 금액 중 ’92사업년도 기말재고자산에 계상되어 있다고 주장하는 310,877,226원을 ’92사업년도의 손금부인대상 금액에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

법인세법 제32조 제2항에는 『정부는 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업년도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다』고 규정하고 있고, 그 제1호에서는 『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 『정부는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다(단서 생략)』고 규정하고 있다.

또한 같은법시행령 제94조의2 제1항에는 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타소득, 기타 사외유출로 하되, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에 대한 상여로 처분하도록 규정하고 있다.

다. 쟁점가공매입세금계산서상의 금액을 각 사업년도의 소득금액계산상손금부인하여 법인세과세하고, 동 가공매입금액을 대표자에 대한 상여로 처분한 것이 정당한지 여부

(1) 청구법인은 가공매입사실은 인정하고 있으며, 실물매입은 OO상가 등에서 무자료로 매입하였다고 주장하고 있으나 거래처 인적사항, 거래일자, 거래품목, 수량 등을 입증할 수 있는 증빙은 제시한 바 없다.

(2) 청구법인은 쟁점가공매입금액을 각 사업년도의 매출원가에 포함하여 계산한 매출원가율이 전국동업종평균매출원가율 보다 낮으므로 쟁점가공매입금액은 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나 법인세법 제32조 제3항에서는 “법인세의 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다”고 규정하고 있는 바, 이 건 처분청의 조사시에 청구법인의 장부에 의하여 조사하여 소득금액을 계산한 것은 달리 잘못이 없다고 판단되고, 청구법인의 매출원가율이 전국동업종평균매출원가율에 미달한다고하여 가공매입분까지 손금에 계산하여 소득금액을 산출할 수는 없다고 판단된다.

(3) 따라서 처분청이 쟁점가공매입금액을 손금에 산입하지 아니하고 계산한 소득금액을 기준으로 법인세를 과세하고, 또한 동 가공매입금액을 대표자상여처분한 것은 정당하다고 판단된다.

라. 쟁점가공매입금액 중 청구법인이 ’92사업년도 기말재고액으로 남아 있는 부분이라고 주장하는 310,877,226원을 ’92사업년도의 손금부인대상금액에서 제외할 수 있는지 여부

청구법인은 위 310,877,226원이 ’92사업년도의 기말재고액으로 남아 있다고 주장하고 있으나 이에 대한 장부제시나 입증자료를 제시하지 못하고 있으며 청구법인의 경우 그 재고자산의 품목이나 규격이 다양하므로 가공매입분이 기말재고자산에 포함되었는지 여부는 구체적인 증빙자료에 의하여 확인되지 않는 한 가공매입분이 기말재고자산에 포함되었는지 여부가 불분명하다 할 것이므로 위 금액은 ’92사업년도 또는 그 이전사업년도에 손금에 계상된 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이고 이를 손금부인대상금액에서 제외할 수는 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【 별 지 】

○ 각 사업년도별 가공매입금액

(단위 : 원)

○ 과세기간별 부가가치세 고지세액 내용

(단위 : 원)

○ 각 사업년도별 법인세 및 방위세 고지세액 내용

(단위 : 원)