가. 원고는 뵘석(Boehmite)으로 이루어진 배터리, 셀, 세퍼레이터, 전해액에 관한 기술에 대한 특허권 등 지적재산권을 소유한 미국법인이다.

나. 원고는 2016. 3. 21. 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)과 사이에 B에게 원고가 보유한 총 20건의 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)의 사용권을 부여하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 특허 1건당 사용료를 103,428,000원(미화 90,000달러)으로 정하였다.

다. B은 2016. 4. 15. 원고에게 이 사건 특허권에 대한 사용료로 2,068,560,000원[미화 1,800,000달러(= 20 × 1건당 미화 90,000달러)]을 지급하면서, 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 및 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한ㆍ미 조세협약’이라 한다) 제14조에 따른 제한세율 15%를 적용하여 법인세 310,284,000원(270,000달러)을 원천징수하여 신고ㆍ납부하였다. 라.

그런데 이 사건 특허권 중 우리나라에 등록된 특허는 1건 뿐이었고, 나머지 19건은 미국, 유럽, 일본, 중국 등 국외에 등록된 것이었다.

이에 원고는 B이 원천징수한 사용료 중 국내 미등록 특허권 사용료 1,965,132,000원[미화 1,710,000달러(= 19 × 90,000달러), 이하 ‘이 사건 사용료’라 한다]이 한ㆍ미 조세협약에 따라 원천징수의 대상이 되는 국내원천소득에 해당하지 않는다는 이유로 2016. 5. 25. 피고에게 294,769,800원(= 1,965,132,000원 × 15%, 이하 ‘이 사건 원천징수금’이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2017. 1. 12. 이를 거부하는 내용의 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼...

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