가. 원고는 2012. 3. 20. 한국수자원공사로부터 김포 아라뱃길 물류단지 내 토지인 김포시 고촌읍 전호리 748 창고용지 25,996.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 2013. 2. 28. 소유권이전등기를 마치고, 2013. 11. 25. 이 사건 토지 위에 철근콘크리트구조 평슬라브지붕 4층 창고시설 건물[지하1층~4층 연면적 78,317.14㎡(일반창고 56,375.19㎡ 경사로 및 주차장 21,941.95㎡), 이하 이 사건 건물‘이라 한다]을 신축하여 2013. 12. 16. 소유권보존등기를 마쳤는데, 2013. 12. 2.경 피고로부터 이 사건 건물 및 토지가 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제71조 제2항의 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산'에 해당함을 이유로 이 사건 건물 및 토지의 취득에 따른 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 면제받았다.

나. 원고는 2013. 12.경부터 2015. 5.경까지 이 사건 건물의 일반창고 중 일부인 연면적 46,043.18㎡ 부분 이하 '임대창고 부분'이라 한다

을 주식회사 성화기업택배 등 이하 '임대업체들'이라 한다

)에 물류창고 용도로 임대하는 한편, 이 사건 건물의 일반창고 중 나머지 부분은 화주와의 물품보관계약에 따라 물품을 보관하는 물류창고 용도로 사용하였는데, 2013. 12. 30.부터 2015. 6. 15.까지 피고에게 이 사건 건물 중 임대창고 부분 및 그 부지(이 사건 토지 중 임대창고 면적 비율에 상응하는 부분 에 관한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 합계 1,495,444,200원을 납부하였다.

다. 원고는 2015. 7. 30. 주식회사 카이트제팔호위탁관리부동산투자회사 이하 '카이트투자'라 한다

와 이 사건 건물 및 토지에 관하여 전세금 820억...

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