청구인은 서울특별시 종로구 OO동 OOOOOO번지의 대지 102.7㎡ 및 같은 곳 OOOOO 소재의 지상건물 657.72㎡(이하 대지 및 건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각 63.12.20 및 77.6.1 취득한 후 위 쟁점부동산을 96.7.2 서울특별시에 공공사업용 토지로 협의양도하고, 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 양도소득세 70%를 감면하여 자산양도차익예정신고납부하였다.

처분청은 청구인이 양도차익을 계산함에 있어 기준시가를 잘못 적용하였다 하여 이를 경정하여 97.12.16 청구인에게 96년 귀속 양도소득세 13,652,210원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 98.1.13 심사청구를 거쳐 98.5.13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

지상건물은 양도한 것이 아니고 도시계획사업을 원활히 하기 위한 지장물의 철거에 대한 보상금을 받은 것이니 건물부분에 대하여는 양도소득세의 부과대상이 아니며, 양도소득세를 부과한다 하더라도 실지 철거가 필요한 부분의 면적만을 양도로 보아야 한다.

나. 국세청장 의견

소득세법 제88조 제1항 및 조세감면규제법 제63조 제1항에 의하면 건물의 수용도 양도소득세 과세대상이 되는 것으로 규정하고 있어 쟁점부동산중 건물의 수용에 대하여 과세한 처분은 정당하다고 판단되고, 이 건 심리일 현재 쟁점부동산의 철거작업은 진행되지 아니하였으나 종로구청의 지출결의서, 청구인의 통장입금청구서 및 지장물철거계약서 등에 의하여 건물전체면적에 대하여 철거계약 및 보상이 이루어졌음이 확인되므로 건물 전체면적에 대하여 기준시가로 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공공사업용으로 사업시행자에게 수용된 건물에 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관계법령

소득세법 제88조 제1항에서 “제4조 제3항 및 이 장에서 ‘양도’라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(이하 생략)”고 규정하고 있고

조세감면규제법 제63조 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 ‘토지등’이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득”을 규정하고 있다.

한편, 같은 법 부칙(1993.12.31 법률 제 4666호) 제16조 제8항에서 “이법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 1996년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제57조, 제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다”고 규정하고 있는데, 종전의 제57조 제1항에 의하면 “당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점부동산은 원래 서울특별시 종로구 OO동 OOOOO번지 소재의 대지 273.4㎡ 및 지상건물 657.72㎡에서 95.9.30 필지분할되어 같은 곳 OOOOOO번지 대지 102.7㎡ 및 OOOOO번지의 지상건물임이 토지대장 및 건축물대장에 의하여 확인되고, 95.12.11자 서울특별시 고시 제1995-343호의 도시계획사업(지봉길확장공사) 실시계획인가내용중 수용할 토지·건물의 현황에 의하면 동소 OOOOOOO(분할되기 전의 것) 대지 273.4 중 102.7㎡를 편입하고 동소 OOOOOOO 소재의 건물 702.6㎡(공부상에는 657.2㎡로 되어 있음)중 326.8㎡를 편입하는 것으로 되어 있음을 알 수 있다.

청구인은 서울특별시 고시 제1995-343호로 시행되는 도시계획사업인 지봉길확장공사로 인하여 쟁점부동산중 대지 102.7㎡를 96.6.28 서울특별시 종로구청장과 용지매매계약을 체결하였으며, 위 고시상 편입키로 되어 있는 건물326.8㎡외에 잔여건물(375.8㎡)에 대하여 청구인의 잔여건물 포함요청으로 잔여건물을 포함한 전체건물을 확대보상키로 결정하였음이 종로구청의 ‘잔여건물 확대보상 협의통지’(96.6.12, 건관OOOOOOOOOO)에 의하여 확인되고 이에 따라 96.6.28 전체건물을 대상으로 지상물철거계약이 체결되었다. 또한, 대지102.7㎡에 대한보상금 426,596,500원과 전체건물 702.6㎡에 대한 지장물철거보상금 263,206,500원이 보상되었음이 종로구청의 지출결의서, 청구인의 통장입금청구서 및 지장물철거계약서에 의하여 확인된다.

청구인은 96.9.2 자산양도차익예정신고를 하였는데 이를 보면 기준시가에 의하여 쟁점부동산(전체건물)의 양도차익을 계산하였고 산출세액에서 70%를 감면하는 것으로 신고하였으나 처분청은 청구인이 기준시가를 잘못 신고하였다 하여 이를 경정하여 과세결정을 하였는바, 조세감면내용 및 처분청의 기준시가 적용에 대하여는 다툼이 없이 이 건 심판청구에서 청구인은 건물부분은 양도소득세의 부과대상이 아니며, 양도소득세를 부과한다 하더라도 실지 철거가 필요한 부분의 면적만을 양도로 보아야 한다고 주장한다.

소득세법 제88조 제1항에 의하면 ‘양도’라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호에서 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 또는 건물을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이라고 규정하고 있어 건물의 수용도 양도소득세 과세대상임을 알 수 있다.

위 사실관계에서 본 바와 같이 전체건물이 공공사업시행자인 서울시에 수용되었고 이에 대한 보상금이 지급되었음이 확인되고 있는 바, 이는 소유권이전등기와 관계없이 유상으로 사실상 서울시에 매도된 것으로 보아야 할 것이고 이로써 발생한 소득은 양도소득에 해당한다 할 것이므로 처분청이 건물전체에 대하여 양도소득세를 과세한 데에 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.