청구인은 1992.2.1.부터 OOO OOO OOO OOOOOO OOOO OO OOOO에서 OOOO(이하 “청구인사업장”이라 한다)이라는 상호로 섬유염색가공제조업을 영위하는 계속사업자로서, 2003년 1기 및 2기에 주식회사 OOOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 원단 등 화물의 운송용역을 제공받고 각각 공급가액 26,648천원, 24,241천원 합계 50,889천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

OOOOOOOO은 2005년 3월 쟁점거래처에 대한 자료상조사를 실시하여 쟁점거래처가 실물거래없이 허위로 세금계산서를 교부하고 교부받은 사실을 확인하고, 쟁점세금계산서를 가공자료로 확정하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

처분청은 OOOOOOOO으로부터 통보받은 과세자료를 근거로 2007.11.7. 청구인에게 2003년 1기분 부가가치세 4,406,510원과 2003년 2기분 부가가치세 3,873,950원 합계8,280,460원을경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.1.14 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 세무서에서 발행한 쟁점거래처의 사업자등록증, OOOOOOOOOOOOOOO에서 발행한 쟁점거래처 소유차량의 보험가입증서를 믿고 쟁점거래처가 직영차량을 소유하고 화물운송용역을 제공하는 정상적인 사업자라고 판단하여 2002.12.30. 쟁점거래처와 차량임대차계약을 체결하고 화물운송용역을 제공받았으며, 2003.5.9.에는 대금이 인상되어 계약서를 다시 작성한 사실도 있고, 운송용역대가는 매월 쟁점거래처가 청구인사업장에 파견한 운전기사(쟁점거래처에 지급하면 기사들의 월급을 바로 지급하지 않는다고 기사들이 부탁하여 7～9월은 청구인사업장의 여직원이 기사에게 지급) 또는 쟁점거래처(여직원이 기사에게 지급하는 것을 알고 10～12월은 쟁점거래처에 직접 지급하도록 시정하였음)에 현금 또는 계좌이체 방법으로 지급하여 정상적인 거래임에도 처분청이 쟁점거래처가 자료상이라는 사유만으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 염색 임가공업이 통상적으로 운송료가 많이 들어가며 쟁점거래처와 정상적으로 지입차량을 계약하여 정당하게 세금계산서를 교부받았고, 차량임대차계약서와 자동차공제조합가입증명서, 운전자 재직증명서 등으로 정상매입이라고 주장하나, 쟁점거래처는 2005년 3월 OOOOOOO 조사국에서 직영차량없는 업체로 확인하여 매출을 100%부인하고 자료상확정자료로 통보한 업체이며, 2003년 7～9월 거래대금중 공급가액만을 운전기사 OOO과 OOO의 배우자 계좌로 이체하고 쟁점거래처에는 부가가치세 부분만 지급한 점 등으로 보아 쟁점거래처로부터 실제 화물운송용역을 제공받았다고 볼 수 없으므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003년 1기 및 2기에 쟁점거래처로부터 원단 등 화물의 운송용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 하여 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2)OOOOOOO이 2005년 3월경 쟁점거래처를 자료상혐의로 조사하고 작성한 자료상조사종결보고서(이하 “조사보고서”라 한다) 주요내용을 보면, 쟁점거래처의 대표자는 2002.9.16. OOO, 2003.5.31. OOO, 2003.9.22. OOO, 2004.1.6. OOO, 2004.1.19. OOO으로 변경되었고, 전 대표자 OOO의 진술 및 매출처 소명자료를 검토한 바 지입차주와 쟁점거래처와의 관계가 불명확한 점, 운송료 지급사실이 입증되지 않는 점, 직영차량 및 운송기사가 확보되지 않은 점, 대금증빙서류가 조작된 점, 매입자료의 93%이상이 자료상과의 거래인 점 등으로 보아 쟁점거래처가 직접 화물운송용역을 제공한 사실이 없는 것으로 조사하고, 쟁점거래처의 2002년 2기부터 2004년 2기까지 매출 신고금액 7,294백만원, 매입 신고금액 5,371백만원 전부를 가공거래자료로 확정한 것으로 나타나며, 쟁점세금계산서와 관련해서는 쟁점거래처가 직영차량이 없어 실제운송용역을 제공하고 있는 운송사업자로 볼 수 없으므로 가공자료로 확정한다는 내용이 나타난다.

(3)청구인은 쟁점거래처의 사업자등록증 및 화물자동차보험가입증서 등을 확인하고 정상사업자로 믿고 화물운용계약을 체결하여 거래하였으며, 쟁점거래처에서 보낸 화물차와 운전기사를 통해 화물운송용역을 제공받았고, 거래대금은 현금 또는 계좌이체방법으로 지급하였다고 주장하면서 아래와 같은 증빙자료를 제시하고 있다.

(가) OO세무서장이 2002.11.6. 발급한 것으로 나타나는 쟁점거래처의 사업자등록증에 의하면, 대표자는 OOO, 개업년월일은 2002.9.16, 사업장소재지는 OOO OOO OOO OOOOOO OOO호, 사업의 종류는 일반화물운수로 나타난다.

(나) OOOOOOOOOOOOOOOO(OOO OOO)이 2003.10.10. 쟁점거래처에 발급한 것으로 나타나는 자동차공제가입증명서(자동차검사용), 자동차공제가입증명서 및 분담금통합공제영수증(조합원용)에 의하면, 계약번호는 200309022291, 상호는 쟁점거래처, 차량번호는 OOOOOOOOO, OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO, 책임공제 계약기간(유효기간)은 2003.7.29. ～ 2004.7.29, (조합)영수금액은 147,080원으로 나타난다.

(다) 계약당사자가 청구인과 쟁점거래처로 나타나는 2002.12.30.자 차량임차계약서 주요내용을 보면, 청구인은 쟁점거래처로부터 2.5톤 탑차 1대를 월 250만원(부가가치세 별도)으로 1년간 임차한다는 내용이 나타나며, 쟁점거래처는 안전을 기하기 위해 보험가입영수증 사본을 청구인에게 제시하여야 하고, 차량운행에 필요한 도로비 및 통행료는 청구인이 부담하며, 청구인사업장의 규정에 의한 휴무시 별도수당 5만원과 연료비 2만원 합계 7만원을 지급한다는 내용 등이 나타난다.

(라) 계약당사자가 청구인과 쟁점거래처로 나타나는 2003.5.9.자 차량임차계약서 주요내용을 보면, 청구인은 쟁점거래처로부터 2.5톤 탑차 2대를 월 280만원(부가가치세는 별도)에 임차한다는 내용이 나타나고, 기타 내용은 위 2002.12.30.자 차량임차계약서와 유사한 것으로 나타난다. 한편, 청구인은 이 건 과세기간 이후인 2004년에는 (주)신대신화물과 2004.1.1.자로 납품운송계약을 체결하여 화물운송용역을 제공받은 것으로 나타난다.

(마) 청구인은 쟁점거래처가 청구인사업장에 파견한 운전기사는 1월부터 3월까지는 OOO과 OOO, 4월은 OOO과 OOO, 5월은 OOO과 OOO, 6월부터 9월까지는 OOO과 OOO, 10월부터 12월까지는 OOO(이하 운전기사들을 “OOO 등”이라고 한다)이라고 주장하고 있으며, 2003.9.15. 쟁점거래처가 발급한 것으로 나타나는 OOO의 재직증명서에 의하면 OOO(OOOOOOOOOOOOOO)이 2003.5.9.부터 2003.9.15 현재까지 쟁점거래처 관리부 기사로 재직중임을 확인한다는 내용이 나타나고, 2003.9.15. 쟁점거래처가 발급한 것으로 나타나는 OOO의 재직증명서에 의하면 OOO(OOOOOOOOOOOOOO)이 2003.6.5.부터 2003.9.15 현재까지 쟁점거래처 관리부 기사로 재직중임을 확인한다는 내용이 나타난다.

(바) 청구인이 쟁점거래처로부터 화물운송용역을 제공받고 거래대금을 지급한 내용을 보면 아래와 같은 것으로 나타난다.

① 2003년 1월분부터 2003년 6월분까지는 쟁점세금계산서 공급대가 상당액을 쟁점거래처에 현금으로 지급하고 입금표을 받았다고 주장하고 있는 바, 쟁점거래처로부터 매달 교부받은 것으로 나타나는 입금표를 보면, 공급자는 쟁점거래처, 내용은 운송비, 대금의 영수자는 OOO(당시 쟁점거래처의 영업사원이었다는 주장임)으로 나타나며, OOO의 이름과 사인이 기재되어 있다. 한편, 처분청 조사보고서에 의하면 OOO은 2004.1.19. 쟁점거래처의 대표로 등재된 것으로 나타난다.

② 청구인 명의의 OOOO OO(OOOOOOOOOOOOOOO) 거래내역에 의하면, 2003년 7월분부터 2003년 9월분까지는 쟁점세금계산서상 공급가액에 상당하는 금액을 OOO, OO OOOO OOO의 아내(OOOO OOO)에게 각각 계좌이체방법으로 송금한 것으로 나타나고 있으며, 나머지 금액은 관리비, 부가가치세 등으로 운전기사가 수령할 금액이 아니기 때문에 쟁점거래처에 지급하였다는 주장이며, 쟁점거래처로부터는 공급대가 상당액을 수령하였다는 내용의 입금표를 받은 것으로 나타난다.

③ 청구인의 위 국민은행계좌 거래내역 및 국민은행이 발급한 폰뱅킹 거래내역 확인증에 의하면, 2003년 10월분부터 2003년 12월분까지는 쟁점세금계산서상 공급대가 상당액을 쟁점거래처의 OOOOOO(OOOOOOOOOOO)에 송금한 것으로 나타난다.

④ 청구인은 대금지급방법이 위와 같이 변경된 이유에 대하여 2003년 8월경 OO세무서로부터 자료상혐의자인 청구외 OOOO(주)와의 거래내용 소명을 요구받고 객관적인 지급증빙을 확보하기 위하여 거래대금 지급방식을 현금지급에서 계좌이체방식으로 변경하였고, 이 과정에서 청구인사업장 직원이 운전기사들의 요청을 받고 운전기사 또는 운전기사 배우자의 계좌로 대금을 이체하게 되었으며, 청구인은 이러한 사실을 알고나서 10월분 거래대금부터는 쟁점거래처 명의의 계좌에 이체하는 방식으로 변경하였기 때문이라고 우리 원에서 진술하였다.

(사) 청구인사업장의 원단입고일보에 의하면 OOO 등이 원단운송을 한 것으로 기재되어 있고, 현금수불일계표에는 매월 쟁점거래처에 쟁점세금계산서 공급대가 상당액의 화물차임대료를 지급한 것으로 기재되어 있으며, 거래명세표에도 OOO 등의 이름이 기재되어 있는 사실이 나타난다.

(아)청구인사업장의 매월분 급여산정 참고자료(직원의 근무일수, 결근일수, 가불금 등이 기재되어 있음)에 OOO 등이 청구인 사업장 직원과 함께 기재되어 있는 것으로 나타나는 바, 이에 대하여 청구인은 OOO 등이 청구인사업장에 상주하면서 운송을 하였기 때문에 근무상황을 고려하여 대금을 지급하기 위해 청구인사업장 직원들과 같이 기재되어 있을 뿐이라는 주장이고, 처분청은 OOO 등이 직원과 같이 기재되어 있는 점으로 보아 청구인이 화물운송용역을 실제로 제공받은 사실여부는 별론으로 하고 쟁점거래처가 실제 화물운송용역의 공급자로는 볼 수 없다는 입장이나, 처분청 심리자료에 의하면 OOO 등이 청구인사업장에서 근로소득을 지급받은 사실은 없는 것으로 나타나고, 운전기사가 청구인사업장에 상주하면서 운송용역을 제공한 사실로 보아 청구인사업장의 급여산정 참고자료에 OOO 등이 기재되어 있다고 하여 쟁점거래처가 파견한 운전기사가 아니라고 단정하기는 어렵다고 판단된다.

(4) 이상의 내용을 종합해서 살피건대, 처분청은 쟁점거래처가 직영차량이 없으므로 쟁점세금계산서가 가공자료라고 확정한 것으로 나타나고 있으나, 청구인이 제시한 증빙자료에 의하면 화물자동차 1대에 대하여는 쟁점거래처가 가입한 것으로 나타나는 화물자동차공제가입증명서가 있으므로 쟁점거래처가 운영하는 직영차량 또는 지입차량이 있는 것으로 보이고, 설령 그 공제가입된 화물자동차의 실소유자가 쟁점거래처가 아니라고 하더라도 이를 청구인의 귀책사유로 돌릴 수는 없는 점, 청구인이 제시하는 증빙자료를 보면 쟁점거래처와 체결한 차량임차계약서가 있고 특히 수개월후 차량이 1대에서 2대로 변경되어 다시 계약을 체결한 것으로 보아 계약서가 신빙성이 있다고 보이는 점, 대금지급방법이 현금지급, 운전기사 또는 운전기사 배우자에 대한 계좌이체, 쟁점거래처에 대한 계좌이체로 변경되었고 그 변경된 사유가 신빙성이 있다고 판단되므로 쟁점거래처와 실제 거래가 있었다고 보이는 점, 청구인사업장의 원단입고일보, 현금수불일계표 등에 매월 빠짐없이 쟁점거래처와의 거래사실이 기록되어 있는 점으로 보아 가공거래 등을 위장하기 위한 것으로는 보이지 않는 점, 청구인사업장의 매월분 급여산정 참고자료에 OOO 등의 이름이 기재되어 있으나 OOO 등이 청구인사업장에서 급여를 지급받지는 아니한 것으로 나타나고 운전기사가 청구인사업장에 상주하고 있기 때문에 근무상황을 고려하여 운송대금을 정산하기 위한 것이라는 청구주장이 타당성이 있는 점, OOO 등이 쟁점거래처에 재직한 사실이 있는 것으로 나타나는 재직증명서가 일부 제시된 점 등을 모아 볼 때 청구인은 쟁점거래처로부터 화물운송용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.