가. 청구법인은 교량·도로 유지 보수공사 등의 건설업을 하는 법인으로 2005.3.15. 특수관계법인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 온도프리스트레싱을 이용한 연속 H형강 교량의 설계 및 시공기법 개발에 관한 연구용역(이하 “쟁점연구용역”이라 한다) 계약을 체결하여 2006년 OOO원, 2007년 OOO원, 합계 OOO원을 지급하고, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액에 포함하여 법인세를 신고납부하였다.

나. OOO국세청장은 청구법인에 대한 법인세통합조사 결과 쟁점연구용역의 시가를 OOO원으로 보아 차액 OOO원에 대하여 부당행위계산부인하여 처분청에 자료 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2010.1.10. 법인세 2006사업연도분 OOO원, 2007사업연도분 OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO원, 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OOO가 쟁점연구용역을 수행하면서 원천기술 지원에 따른 위탁비 OOO원, 연구자재비 OOO원, 가교설치비 OOO원, 인건비 OOO원 등 OOO원이 소요된 사실이 확인됨에도 원천기술 위탁비인 OOO원만 시가로 보아 경비로 인정하고 나머지 OOO원을 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 OOO로부터 제공받은 보고서와 OOO가 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 제공받은 보고서가 제목만 다를 뿐 내용이 일치하는 사실 등으로 보아 청구법인과 OOO가 특수관계자간 부당행위를 한 것으로 보여지므로 쟁점연구용역에 대한 비용 OOO원중 OOO가 위탁개발비로 OOO에 지급한 OOO원을 제외한 금액은 부당하게 고가로 지급된 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

특수관계법인에게 연구용역비를 초과 지급하였는지여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인 】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ‘시가’ 라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업년도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제87조【특수관계자의 범위 】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계자에 있는 자”라 함은 법인과다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

2. 주주 등(소액주주 등을 제외. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

제88조【부당행위계산의 유형 등 】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우

제89조 【시가의 범위 등 】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료와 청구법인이 제출한 연구용역계약서에 따르면 쟁점연구용역과 관련한 청구법인, OOO, OOO간의 연구용역관련 주요 사항은 다음과 같다.

(가) 발주자, 계약일, 계약금액, 계약기간은 다음 <표>와 같다.

(나) 청구법인은 2005.3.15. OOO와 체결한 연구용역계약에 따라 중간보고서(2006.4.)와 최종보고서(2007.4.)를 제출받았는데 중간보고서(2006.4.)는 OOO가 2005.2.15. OOO과 체결한 연구용역계약에 따라 제출받은 최종보고서(2005.11.30.)와 일치하고, 최종보고서(2007.4.)는 OOO가 2005.12.1. OOO과 체결한 연구용역계약에 따라 제출받은 최종보고서(2006.8.31.)와 그 내용이 동일하다.

(다) 청구법인이 2005.3.15. OOO와 체결한 연구용역계약서에 첨부되어 있는 연구개발비 소요예산서에 따르면 인건비 OOO원(박사급 1인, 석사급 5명, 2년 급여), 위탁연구비 OOO원, 연구간접비 OOO원, 합계 OOO원으로 나타난다.

(라) OOO가 2005.2.15. OOO과 체결한 연구용역계약서에 첨부되어 있는 연구개발비 소요예산서에는 인건비 OOO원, 직접연구비 OOO원, 간접연구비 OOO원, 합계 OOO원으로 나타난다.

(마) OOO가 2005.12.1. OOO과 체결한 연구용역계약서에 첨부되어 있는 연구개발비 소요예산서에는 인건비 OOO원, 직접연구비 OOO원, 직접연구비 실험경비(현물) OOO원, 간접연구비 OOO원, 합계 OOO원(현물 OOO원 제외)으로 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점연구용역에 대한 비용 OOO원중 OOO가 위탁개발비로 OOO에 지급한 OOO원을 제외한 금액을 부당하게 고가로 지급된 것으로 보아 이에 대한 증빙으로 청구법인의 확인서 등을 제출하였다.

(가) 청구법인이 2010년 9월 OOO국세청에 제출한 확인서에 따르면, 청구법인은 쟁점연구용역을 특수관계사인 OOO에 의뢰하여 연구결과물을 받으면서 연구대가를 다음 <표>와 같이 지급한 사실이 있으며 OOO가 OOO에 재의뢰한 금액은 OOO원이나 특수관계사의 재무구조개선을 위하여 OOO원을 과다 지급한 사실이 있다고 기재되어 있다.

(나) 청구법인의 2007년 대여금/미수수익 명세서에 OOO 대여금 OOO원이 연구개발비로 대체된 사항이 나타나고, 법인세액 세제혜택과 연구소 존속을 위함이란 문구가 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 OOO가 쟁점연구용역을 수행하면서 연구용역비가 OOO원 소요되었다고 주장하면서 쟁점연구용역과 관련하여 작성한 연구개발비 세부집행내역서와 이에 따른 증빙을 제출하였는 바, 그 주요내용은 다음 <표>와 같다.

(OO : OO)

(4) OOO가 청구법인에게 2006년 4월 제출한 쟁점연구용역에 대한 중간보고서 제4장 현장시험시공(31페이지부터 41페이지까지)에 따르면 OOO에서 강판, 온도가열장비, 자동온도조절장치를 사용하여 가설교량를 시험시공한 것으로 나타난다.

(5) 처분청은 OOO가 작성한 연구개발비 세부집행내역서의 연구재료비가 OOO와 OOO이 현물 OOO원, 현금 OOO원으로 쟁점연구용역관련 계약을 체결한 2005.12.1. 이전에 지출되어 쟁점연구용역과 관련이 없다는 의견이다.

(6) 청구법인은 2009.8.26. 쟁점연구용역을 기초로 국토해양부장관으로부터 신기술지정증서를 교부받았는 바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 종합하여 살피건대, 2005.12.1. OOO과 체결한 연구용역계약서 연구개발비 소요예산서에 실험경비(현물) OOO원이 나타나는 점, OOO부지에서 강판, 온도가열장비, 자동온도조절장치를 사용하여 실제 가설교량를 시험시공한 것으로 나타나는 점, OOO가 작성한 연구개발비 세부집행내역서에 연구용역비가 OOO원으로 산정되어 있는 점 등을 감안하면 OOO가 쟁점연구용역과 관련하여 OOO에 지급한 위탁비 OOO원 이외에 연구자재비, 가교설치비, 인건비 등이 추가로 소요된 것으로는 보이나, 그 구체적인 내역이 확인되지 아니하므로 이 부분을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.