가. OOO 주식회사로부터 분할한 법인)은 2015년부터 2017년까지 OOO 내인 OOO 소재 토지상에 산업용 건축물 9,448.79㎡(세부내용은 아래 ＜표1＞과 같고, 이하 “쟁점①건축물”이라 한다)를 신․증축하여 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전 지특법”이라 한다) 제78조 제4항 및 같은 법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후 지특법”이라 한다) 부칙 제25조에 따른 취득세 등의 면제대상으로 신고하여 취득세를 면제받고, 취득세의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 신고․납부하였으며, 처분청은 쟁점①건축물에 대한 2015년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등을 면제하였다.

나. OOO 주식회사는 2015.7.16. OOO 내인 OOO 소재 토지상에 공장용 건축물 8,173.45㎡(이하 “쟁점②건축물”이라 하고, 쟁점①건축물과 합하여 이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축하여 취득하였고, 처분청은 2016.7.25. 쟁점②건축물에 대한 2016년도분 재산세 등을 면제하였다.

다. 처분청은 OOO 주식회사로부터 분할한 OOO 주식회사를 흡수합병한 청구법인이 OOO 및 OOO의 사업시행자와 분양계약을 체결한 자에 해당하지 아니하여 개정 후 지특법 부칙 제25조를 적용할 수 없고, 이에 따라 쟁점부동산은 취득세 등의 면제대상이 아니라 100분의 75 경감대상인 것으로 보아, 2019.7.19. 청구법인에게 쟁점①건축물에 대한 취득세 등 OOO원, 2015년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등 OOO원 및 쟁점②건축물에 대한 2016년도분 재산세 등 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 부과·고지하였다.

＜표＞ 쟁점건축물의 세부내용 및 취득세 등의 과세내용

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO 주식회사는 1994.11.12. 사업시행자인 OOO와 OOO에 소재한 토지를 분양받기로 하는 계약을 체결하여 취득하였고, 동 회사는 1997.7.1. OOO 주식회사(분할 존속법인)와 OOO 주식회사(분할신설법인)로 분할되었으며, 분할 신설법인인 OOO 주식회사는 가공사업 부문(쟁점①건축물 관련)에 속하는 일체의 적극․소극 재산 및 기타의 권리․의무와 재산적 가치 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송, 지식재산권 등을 모두 포함한다)를 포괄적으로 승계받았고, 이후 청구법인도 OOO에 소재한 사업과 관련된 모든 권리․의무․사실관계를 승계받았으며, 이 산업단지 내에서 사업을 지속적으로 영위하면서 OOO 내 사업장을 실질적으로도 점유․사용하여 왔다.

(2) OOO 주식회사는 1990년대에 사업시행자인 OOO 내의 토지에 대한 분양계약을 체결하였고, OOO 주식회사는 2008.7.1. OOO 주식회사의 사업 관련 모든 권리․의무 등(분양사업자와 분양계약을 체결한 사실을 포한다)을 포괄적으로 양수하였으며, 이를 포괄적으로 승계한 청구법인은 OOO 내에서 사업을 지속적으로 영위하면서 이 산업단지 내 사업장을 실질적으로도 점유․사용하여 왔다.

(3) 청구법인은 당초 1994.11.12. OOO 내 토지 및 1990년대에 OOO 내 토지의 분양계약을 체결한 자와 실질적으로 동일한 자에 해당한다고 할 수 있는바, 청구법인은 개정 후 조특법 부칙 제25조에 규정하고 있는 사업시행자와 분양계약을 체결한 자로서의 지위에 있으므로, 개정 전 지특법 제78조 제4항 및 개정 후 지특법 부칙 제25조에 따라 이 건 취득세 등을 면제하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 개정 후 지특법 부칙 제25조를 적용받기 위해서는 산업단지 사업시행자와 2015.12.31.까지 분양계약을 체결하여야 하나, 쟁점건축물이 소재한 토지를 사업시행자로부터 분양받은 자는 각각 OOO 내 토지의 경우 분할 전 법인인 OOO 주식회사이고, OOO 내의 토지의 경우 매도 법인인 OOO 주식회사인바, 회사의 분할과 매매가 기존의 법인과 매도인의 권리·의무를 포괄 승계한다고 보기 어렵고, 법인은 독립된 법인격을 가지고 권리의무의 주체가 되므로 분할신설법인과 매수 법인을 각각 분할 전 법인과 매도 법인으로 동일시 할 수 없다 할 것이다.

(2) 매매는 상대방에게 대가를 주고 매매물건 또는 권리를 이전하는 특정승계에 해당하므로 개정 후 지특법 부칙 제25조의 적용대상에 해당되지 않는다 할 것이고, 법인의 합병이나 분할은 기존법인의 모든 권리와 의무를 신설법인이 포괄승계 한다는 점에서, 상대방에게 대가를 받고 재산을 이전하는 특정 승계인 매매나 당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에게 수여하는 증여와는 동일한 것으로 보기 어렵다 하겠으나, 신설법인의 권리의무승계시점이 기존법인의 권리의무를 취득한 시점으로 소급한다는 의미가 아니라 합병이나 분할 등기를 마친 때라고 할 것(대법원 2017.9.7. 선고 2017두44787판결, 같은 뜻임)이므로 청구법인은 개정 후 지특법 부칙 제25조에서 규정하고 있는 사업시행자와 분양계약을 체결한 자로 보기 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점①건축물에 대한 취득세 및 재산세 등이 개정 후 지특법 부칙 제25조에 따라 면제대상에 해당한다는 청구주장의 당부

(2) 쟁점②건축물에 대한 재산세 등이 면제대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) OOO 주식회사는 1994.11.12. OOO 사업시행자인 OOO와 OOO 소재 토지의 분양계약을 체결하여 취득하였다.

(나) OOO 주식회사는 1999.6.17. OOO 주식회사로 상호를 변경하였고, 1999.7.1. OOO 주식회사(분할 존속법인)와 OOO 주식회사(분할 신설법인)로 분할되었다.

(다) OOO 주식회사는 2007.10.9. OOO 주식회사로 상호를 변경하였다.

(라) OOO 주식회사는 1990년대 OOO 사업시행자인 OOO로부터 토지를 분양받아 취득한 후 OOO 공장을 운영하고 있었고, OOO주식회사는 2008.7.1. 위 OOO을 인수하였다.

(마) OOO 주식회사에서 2014.7.1. 분할한 OOO 주식회사(분할 존속법인)는 OOO 주식회사로 상호를 변경하였다.

(바) OOO 주식회사는 2018.11.1. OOO 주식회사를 흡수합병하면서 OOO 주식회사로 상호를 변경하였다.

(사) OOO 주식회사는 2019.9.2. OOO 주식회사(분할 존속법인)와 OOO 주식회사(분할 신설법인)로 분할되었고, OOO 주식회사는 2020.1.6. 청구법인(OOO 주식회사)에 흡수합병되었다.

(아) 청구법인 등은 2015년부터 2017년까지 쟁점①건축물을 아래 ＜표2＞와 같이 신․증축하였다.

＜표2＞ 쟁점①건축물의 신․증축 현황

(자) 청구법인은 2015년부터 2017년까지 OOO 내인 OOO 소재 토지상에 산업용 건축물 9,448.79㎡(쟁점①건축물)를 신․증축하여 취득한 후, 개정 전 지특법 제78조 제4항 및 개정 후 지특법 부칙 제25조에 따른 취득세 등의 면제대상으로 신고하여 취득세를 면제받고, 취득세의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 신고․납부하였으며, 처분청은 쟁점①건축물에 대한 2015년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등을 면제하였다.

(차) 청구법인은 2015.7.16. OOO 내인 OOO 소재 토지상에 공장용 건축물 8,173.45㎡(쟁점②건축물)를 증축하여 취득하였고, 처분청은 2016.7.25. 쟁점②건축물에 대한 2016년도분 재산세 등을 면제하였다.

(카) 처분청은 청구법인이 OOO 및 OOO의 사업시행자와 분양계약을 체결한 자에 해당하지 아니하여 개정 후 지특법 부칙 제25조를 적용할 수 없고, 이에 따라 쟁점부동산은 취득세 등의 면제대상이 아니라 100분의 75 경감대상인 것으로 보아, 2019.7.19. 청구법인에게 쟁점①건축물에 대한 취득세 등 OOO원, 2015년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등 OOO원 및 쟁점②건축물에 대한 2016년도분 재산세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 개정 전 조특법 제78조 제4항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 등에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하면서 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 다목에서 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다고 규정하고 있다.

또한, 개정 후 조특법 제78조 제4항에서 산업단지등에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 다목에서 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다고 규정하고 있으며, 부칙 제25조에서 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점①건축물에 대한 취득세 등이 면제대상이 아니라 100분의 75 경감대상이라는 의견이나, 청구법인이 쟁점①건축물을 개정 후 지특법이 시행중인 2015년부터 2017년까지 취득한 점, 개정 후 지특법 부칙 제25조에서 2015.12.31.까지 사업시행자와 분양계약을 체결하고 그 후에 산업용 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 개정 후 지특법에 불구하고 개정 전 지특법을 적용하여 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있는 점, 합병 또는 분할은 「상법」에 규정된 절차에 따라 피합병법인 또는 분할 전 법인의 권리․의무를 합병 후 존속하는 법인 등이 포괄승계하는 것이고 청구법인은 당초 OOO 주식회사가 사업시행자인 OOO와 분양계약을 체결한 OOO 내 토지를 합병 또는 분할을 원인으로 하여 포괄승계받아 취득하였는바, 청구법인은 OOO 주식회사 등으로부터 OOO 내 토지의 분양계약에 관한 권리·의무를 포함하여 승계받은 것으로 볼 수 있는 점, 「지방세기본법」제41조에서 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다고 규정하고 있으므로 지방세의 감면 등도 이와 동일한 관점에서 판단하는 것이 타당한 점 등에 비추어, 청구법인 등이 쟁점①건축물을 2015년부터 2017년까지 사이에 취득하였다 하더라도 OOO 사업시행자와 2015.12.31.까지 토지의 분양계약을 체결하여 개정 후 지특법 부칙 제25조에서 정한 특례요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점①건축물에 대한 취득세 및 2015년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등을 면제하지 아니하고 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②건축물에 대한 2016년도분 재산세 등이 면제대상이라고 주장하나, OOO 주식회사는 1990년대에 OOO 내 토지를 사업시행자인 OOO와 분양계약을 체결하여 취득하였고, OOO 주식회사는 2008.7.1. 위 토지 등을 매수한 사실이 확인되어 청구법인이 2015.12.31. 이전에 사업시행자와 OOO 내 토지의 분양계약을 체결한 것으로 보기 어려운바, 쟁점②건축물은 개정 후 지특법 부칙 제25조의 특례요건을 충족하지 못하여 재산세 100분의 75 경감대상으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

부 칙

제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지 등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

(3) 세종특별자치시 시세 감면 조례

제8조의3(산업단지 등에 대한 추가감면) 법 제78조 제8항에 따른 취득세의 추가 경감률은 100분의 25(법 제78조 제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)로 하며, 2016년 12월 31일까지 해당 추가 경감률을 적용한다.(신설 2015.7.30.)