가. 피고가 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 과세처분에서 2004 사업연도 법인세 121,015,707,770원 부과처분 중 120,712,741,116원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 9,146,334,050원 부과처분 중 8,333,272,346원을 초과하는 부분 및 2008 사업연도 법인세 2,720,707,170원 부과처분, 2004년 4기 교육세 3,920,880원, 2005년 4기 교육세 12,230,920원, 2007년 4기 교육세 50,807,150원 및 2008년 4기 교육세 55,198,320원 각 부과처분을 모두 취소한다.

나. 피고가 2009. 8. 17. 원고에 대하여 한 2004년 제2기 부가가치세 890,235,960원 부과처분 중 134,398,377원, 2005년 제2기 부가가치세 866,346,270원 부과처분 중 163,861,766원, 2006년 제2기 부가가치세 825,752,670원 부과처분 중 166,443,577원, 2007년 제2기 부가가치세 916,692,520원 부과처분 중 212,655,068원, 2008년 제2기 부가가치세 1,000,820,620원 부과처분 중 224,474,124원을 각 초과하는 부분을 모두 취소한다.

다. 원고 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 과세처분 중 같은 목록 기재 각 정당세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 과세처분에서 2004 사업연도 법인세 121,015,707,770원 중 120,709,194,320원, 2005 사업연도 법인세 9,146,334,050 부과처분 중 8,321,897,290원, 같은 목록 기재 정당세액을 초과하는 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 쓸 이유 중 ‘1. 처분 경위, 2. 이 사건 각 처분 적법 여부, 가. 관계 법령, 나. 쟁점, 다. 쟁점①에 대한 판단, 라. 쟁점②에 대한 판단, 마. 쟁점③에 대한 판단, 바. 쟁점④에 대한 판단 1) 원고 주장 2) 인정 사실’ 부분은 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 해당 부분(제2쪽 11째 줄부터 제19쪽 아래에서 4째 줄까지) 기재와 같다. 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 인용한다.

〈고치는 부분〉

○ 제2쪽 14째 줄 “2009.”부터 16째 줄까지를 “2009. 11. 13. 법인세 76,494,526,790원(2004 사업연도 127,593,551,180원, 2005 사업연도 17,850,183,520원, 2006 사업연도 6,522,396,430원, 2007 사업연도 -81,123,264,020원, 2008 사업연도 5,651,659,680원, 별지6 법인세 항목 중 당초 처분란 참조), 2009. 7. 21. 2004년 제2기 교육세 21,653,150원과 2009. 11. 13. 2004년 제3기부터 2008. 제4기까지 교육세 합계 508,481,780원(별지6 교육세 항목 중 당초 처분란 참조), 2009. 7. 21. 및 2009. 8. 17. 2004년 제1기분부터 2008년 제2기분까지 부가가치세 합계 5,367,580,140원(별지6 부가가치세 항목 중 당초 처분란 참조)을 경정·고시하였다”로 고친다.

○ 제3쪽 4째 줄부터 6째 줄까지를 “2) 피고는 2004년부터 2008년 사이 최종거래된 예금 중 예금잔액이 10만 원을 초과하는 예금에 관하여 최종거래일로부터 5년이 경과하여 시효 완성된 예금은 5년이 경과하는 날이 속하는 사업연도에 잡이익으로 계상하여야 한다고 보아 2004년 712,887,545원, 2005년도 2,223,802,342원, 2007년도 7,981,643,831원 2008년 9,487,507,221원을 각 해당 사업연도 법인세 산정에서 익금에 산입하였으며, 원고가 과다하게 익금산입한 2006년도 5,258,689,977원을 해당 사업연도 손금에 산입하여 법인세를 부과하였고, 위와 같이 익금에 산입된 금액을 교육세법(2010. 12. 27. 법률 제10407호로 개정되기 전 것) 제5조 제3항 , 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21296호로 개정되기 전 것) 제4조 에 의하여 금융·보험업자에게 부과되는 각 해당연도 제4기(10월 1일～12월 31일까지) 교육세 과세표준이 되는 수익금액 중 기타 영업수익 등에 해당한다고 보아 각 교육세를 부과하였다.

○ 제3쪽 10째 줄 “수수료”를 “별지5 기재와 같은 2004년 제1기부터 2008년 제2기까지 상품권 수수료”로 고친다.

○ 제4쪽 2째 줄 “익금산입하였다”를 “익금산입하여 법인세를 부과하고, 누락한 이자수익에 대하여 2004년 제2기부터 2008년 제4기까지 교육세를 부과하였다(별지6 교육세 부분 참조).

○ 제4쪽 5째 줄 “법인세”부터 6째 줄 “감액하였다”를 “법인세 28,946,852,680원(2004 사업연도 6,523,843,410원, 2005 사업연도 8,703,849,470원, 2006년 사업연도 8,386,460,590원, 2007년 사업연도 2,401,746,700원, 2008년 사업연도 2,930,952,510원, 별지6 법인세 항목 중 ‘심판결정에 따른 감액’란 참조)과 2004년 제2기부터 2008년 제4기까지 교육세 합계 407,977,660원을 감액하였다(별지6 교육세 항목 중 ‘심판결정에 따른 감액’란 참조)”로 고친다.

○ 제4쪽 12째 줄 “관계 법령”에 “별지 추가하는 관계 법령”을 추가한다.

○ 제4쪽 20째 줄 “가산금을”을 “가산세를”로 고친다.

○ 제7쪽 4째 줄 “(1.27%)”를 “(0.127%)”로 고친다.

○ 제7쪽 6째 줄 “이 사건 주식”을 “이 사건 주식을 포함하여 채권금융기관이 출자전환하여 취득한 주식”으로 고친다.

○ 제7쪽 7째 줄 “그 외에는 정상적으로 거래되었다”를 “2004. 3. 27. 관리종목으로 지정되었다가 2005. 3. 29. 해제되었다”로 고친다.

○ 제8쪽 2째 줄 [인정근거]란에 “갑 제15호증, 갑 제16호증의 11”을 추가한다.

○ 제9쪽 5째 줄부터 9째 줄까지를 다음과 같이 고친다.

(3) LG카드 주식이 3차례에 걸쳐 매매거래가 정지되고 2004. 3. 27.부터 1년 정도 관리종목으로 지정되기는 하였으나 원고가 LG카드에 대한 채권을 출자전환 할 시점에 매매거래가 정지된 적은 없다. 2, 3차 출자전환 당시에 관리종목으로 지정되기는 하였으나 출자전환 무렵에 적지 않은 LG카드 주식이 꾸준히 거래되면서 시세를 형성하고 있었다.

(4) 상장주식에 대해서는 거래소에서 기업에 대한 현재 가치뿐만 아니라 미래 가치도 함께 평가되어 거래되는 것이므로 출자전환 무렵 거래소 종가를 LG카드 주식에 대한 객관적인 교환가치로 볼 수 있다.

○ 제13쪽 아래에서 2째 줄 “소멸시효는 중단되었다고 할 것이다” 다음에 아래 내용을 추가한다.

2004년도에 소멸시효 완성 예금으로 익금산입된 예금은 최종 거래일로부터 5년이 경과한 예금이므로 1999년 중에 거래가 종료된 예금이다. 최종 거래일로부터 5년이 지나기까지는 시효 소멸되지 아니한 예금이므로 원고는 2004년까지 정상적으로 이자를 지급하였다. 최종이자를 지급한 2004년에 마지막으로 소멸시효가 중단되어 그때부터 다시 소멸시효가 진행되므로 1999년에 거래가 종료된 예금은 2004년에 시효가 완성되지 않았다. 이때 익금으로 산입한 것은 잘못이다. 마찬가지로 거래종료일로부터 5년이 자나 소멸시효가 완성되었다고 보고 한 2005년, 2007년, 2008년 익금산입도 잘못이다.

○ 제14쪽 4째 줄부터 15쪽 5째 줄까지를 다음과 같이 고친다.

각 과세연도에 소멸시효가 완성되지 아니하였으므로 이 부분 원고 주장은 반드시 판단할 필요는 없으나 살펴본다.

소멸시효가 완성되면 당사자 원용이 없어도 채권자 권리는 소멸한다. 예금에 관하여 채무 승인 등 소멸시효 중단 사유 없이 5년인 소멸시효 기간이 경과하면 소멸시효 완성으로 예금채무는 소멸이 확정되어 금융기관은 부채감소라는 이익이 실현된다. 이러한 효과는 소멸시효 완성으로 확정된다고 보아야 한다.

소멸시효가 완성된 때에 수익으로 인식할 만큼 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보지 않는 근거는 대체로 다음과 같다. ① 원고가 이자를 계속 지급하면서 고객이 청구하면 언제든지 시효완성 예금을 지급하고 인터넷 뱅킹이나 텔레 뱅킹을 통하여 권리를 고객으로 하여금 확인할 수 있도록 하는 상태에 계속 두고 있다. ② 원고는 최종거래일로부터 5년이 지났어도 예금채무가 소멸하는 것은 아니라는 내용을 언론이나 영업장 등을 통하여 홍보하고 휴면예금 찾아주기 운동을 실시하고 있으며, 감독기관인 금융감독원은 휴면예금에 대하여 소멸시효 완성을 이유로 잡수익에 편입한 것을 지양하고 고객에게 돌려줄 것을 요구하고 있다. 휴면예금에 대하여 예금주 청구가 있으면 언제든지 지급하고 있고 예금주도 예금을 찾을 수 있다는 신뢰가 어느 정도 형성되어 있다.

그러나 ① 원고는 내부규정으로 최종거래일로부터 5년이 경과한 예금은 잡이익으로 처리하고 예금주로부터 환급청구가 있으면 지급한 다음 잡손실로 처리하도록 하고 있다. 시효 소멸된 예금을 이익으로 계상하되 고객이 가지는 신의를 저버리지 않기 위하여 원고가 손해를 입으면서 예금을 돌려주는 것뿐이다. ② 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전 것) 제62조 제1항 , 제3항 에 의하면 소멸시효가 완성된 대여금 채권 등은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도 손금으로 한다고 규정하고 있는바, 소멸시효가 완성되면 채권자에게는 손해가 채무자에게는 이익이 확정된다는 취지로 보인다.

이 부분 원고 주장은 이유 없다.

○ 제15쪽 7째 줄부터 10째 줄까지를 “피고가 2004, 2005, 2007, 2008 각 사업연도에 익금에 산입하거나 교육세법상 기타 영업이익으로 본 최종거래일로부터 5년이 경과한 예금채무는 원고가 한 채무 승인으로 소멸시효가 중단되었으므로 익금이나 기타 영업이익을 볼 수 없다. 이를 전제로 한 이 사건 처분2는 위법하다.”로 고친다.

○ 제17쪽 첫 째줄 “신고하였다”를 “신고하였는데, 원고가 일반가맹점으로부터 받는 상품권 수수료와 농협계약판매점으로부터 받은 상품권 수수료를 달리 취급할 이유가 없다”로 고친다.

○ 제17쪽 10째 줄부터 14째 줄까지를 삭제한다.

○ 제17쪽 15째 줄 “마)”를 “라)”로 고친다.

2. 새로 쓰는 부분

3) 판단

원고와 주식회사 영일케미컬이 2005. 1. 18. 체결한 농약 구매납품 계약서(갑 제12호증)에 의하면 원고와 영일케미컬이 이 계약에 따라 부담하는 주된 의무는 다음과 같다. 원고는 계약금액을 영일케미컬에 지급할 의무가 진다. 농약대금은 선지급할 수 있고, 영일케미컬이 원고에게 개설한 결제계좌에 입금한다. 영일케미컬은 원고에게 납품한 총액 2%를 취급관리비로 원고에게 지급한다. 영일케미컬은 농약공급을 촉진하기 위하여 납품종목별로 납품액의 일정률에 해당하는 금액을 판매장려금으로 원고에게 지급한다. 영일케미컬은 물품을 원고가 한 발주서에 따라 원고가 지시하는 조합창고로 납품하여야 한다. 영일케미컬은 원고가 정한 납품기일에 납품하지 못한 경우 물품대금 1,000분의 1.5에 상응하는 지체상금을 원고에게 지급한다.

이 계약서에는 취급관리비를 주는 대가로 원고가 농약제조사에게 어떠한 용역을 체공한다는 규정이 없다. 취급관리비를 원고가 농약제조사에 제공한 용역에 대한 대가라고 볼 증거가 없다.

피고는 취급관리비 중 일부를 원고 회원조합이 입을 수 있는 불가항력으로 인한 사고(수해, 화재 등)에 의한 농약 손실 등에 대비한 재원과 농약공급 촉진 등 시장개척비로 활용하도록 특정한 점에 비추어 취급관리비가 농약제조사들이 수행하여야 하는 시장관리 등을 원고가 대신하거나 농약제조사가 회원조합과 직접 거래할 경우 번거로움과 재고위험, 대금 수취 등을 원고가 대신 수행한 대가로 보아야 한다고 주장한다.

원고 회원조합이 입을 수 있는 수해, 화재 등에 의한 농약 손실 등에 대비한 재원과 농약공급 촉진 등 시장개척을 위한 재원 마련 필요성은 농약제조사로부터 농약을 구매하여 회원조합에 판매하는 원고에게 요구되는 것이다. 원고가 취급관리비를 사용할 용도를 농약 구매납품 계약서에서 정하였다고 하여 그와 같은 용도가 농약제조사를 위한 것이라고 해석되는 것은 아니다. 원고가 농약제조사에 제공한 용역대가로 해석할 것은 더욱 아니다.

피고는 농약 구매와 관련한 취급관리비와는 달리 하우스용 필름, 토지개량제, 배양토(상토) 제조사로부터 받는 취급관리비나 취급수수료에 대하여는 이것이 제조사에 대한 용역제공 대가라는 것을 전제로 원고가 부가가치세를 신고하고 있으므로 농약취급관리비도 부가가치세 대상이라고 주장한다.

위 물품들에 대하여 원고가 부가가치세를 신고하였다고 하여 농약구매 관련 취급관리비도 당연히 용역제공 대가라고 볼 것은 아니다.

3. 원고 추가 주장에 대한 판단

가. 쟁점①에 대한 주장

1) 원고 주장

상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라고 한다) 제63조 제1항 제1호 나목 , 같은 법 시행령 제53조 제2항 에 의하더라도 평가기준일 전후 6월 이내에 한국거래소가 정하는 기준에 따라 매매거래가 정지되거나 관리종목으로 지정·고시된 경우에는 거래소 종가를 시가로 보지 않고 비상장주식처럼 순자산과 순손익을 가중평균하여 평가하여야 하므로, 이 사건 출자전환일 전후 6개월 이내에 매매거래가 정지되거나 관리종목으로 지정된 LG카드 주식에 대하여 이 사건 출자전환일 거래소 종가를 시가로 볼 수 없다.

2) 판단

원고가 출자전환으로 취득한 LG카드 주식에 관한 법인세 부과를 위하여 취득가액을 정하는 데에 법인세법이 아닌 상증세법 규정을 적용할 것은 아니다. 원고가 들고 있는 상증세법령은 상장주식에 대한 것이 아니고 협회등록주식(코스닥 등록주식)에 대한 것이므로 상장주식인 LG카드 주식 취득가액 결정에 적용하지도 못한다.

나. 쟁점③에 대한 주장

1) 원고 주장

원고는 조세특례제한법에서 정한 정부업무를 대행하는 단체로 고유 목적사업으로서 일정한 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다. 상품권 발행은 농축산물 판매 촉진을 위한 것으로 원고 고유목적 사업인 ‘농업경제사업 또는 신용사업과 위 각 사업과 관련된 부대사업’에 해당하고, 원고 상품권과 관련하여 원고가 농협계열 판매점에 제공하는 용역이 있다고 하더라도 그것은 상품권에 대한 대행용역이 아니라 상품권 발행용역이므로 부가가치세 면제 대상이다.

2) 판단

조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전 것) 제106조 제1항 제6호 에 의하면 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 21196호로 개정되기 전 것) 제106조 제7항 제5호 , 제8항 에 의하면 원고는 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 에서 정한 정부업무를 대행하는 단체에 해당하고, 원고 고유 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 다만 조세특례제한법 시행규칙(2008. 12. 31. 기획재정부령 제48호로 개정되기 전 것) 제48조 제1항 표10 5호 단서에 의하면 상품권에 관한 대행용역을 제공하는 사업은 부가가치세 면제 대상에서 제외된다.

원고가 일반가맹점뿐만 아니라 농협계열 판매점으로부터 받은 상품권 수수료는 일반가맹점이나 농협계열 판매점으로 하여금 원고가 발행·판매한 상품권을 사용할 수 있도록 하고, 일반가맹점이나 농협계열 판매점 매출 증대에 필요한 상품권 판매와 판매촉진을 위한 홍보 등 가맹점 사업운영과 관련한 지원서비스를 제공한 대가이다. 부가가치세 면제 대상에서 제외되는 상품권에 관한 대행용역 또는 그와 유사한 용역에 해당한다.

4. 정당한 세액 산출

가. 이 사건 처분2와 관련하여 원고가 최종거래일로부터 5년이 경과한 예금을 각 해당연도 익금으로 산입하여 법인세를 부과하거나 기타 영업이익으로 보고 교육세를 부과한 것은 위법하다. 이 부분을 익금에서 빼고 계산한 법인세는 별지7 각 정당한 세액란 기재와 같이 2004 사업연도 120,712,116원, 2005 사업연도 8,333,272,346원이고, 2008 사업연도는 0원이다. 정당한 세액을 초과하는 법인세 부과처분을 취소한다. 이 부분을 기타 영업이익으로 보고 한 교육세 부과처분(별지6 교육세 항목 나머지 금액란 참조)을 취소한다.

나. 원고가 농약제조사로부터 받은 취급관리비를 용역제공에 대한 대가로 보고 부과한 이 사건 처분4는 위법하다. 이 부분을 빼고 계산한 부가가치세는 별지8 각 정당한 세액란 기재와 같다. 정당한 세액을 초과하는 부가가치세 부과처분을 취소한다.

5. 결론

제1심 판결은 일부 결론을 달리하므로 아래와 같이 변경한다. 피고가 원고에게 한 별지1 목록 기재 각 과세처분 중, 2004 사업연도 법인세 121,015,707,770원 부과처분 중 120,712,741,116원을 초과하는 부분, 2005 사업연도 법인세 9,146,334,050원 부과처분 중 8,333,272,346원을 초과하는 부분 및 2008 사업연도 법인세 2,720,707,170원 부과처분, 2004년 4기 교육세 3,920,880원, 2005년 4기 교육세 12,230,920원, 2007년 4기 교육세 50,807,150원 및 2008년 4기 교육세 55,198,320원 각 부과처분을 모두 취소한다. 피고가 2009. 8. 17. 원고에 대하여 한 2004년 제2기 부가가치세 890,235,960원 부과처분 중 134,398,377원[= 890,235,960원 - 농약취급관리비 관련 세액(이하 같다) 755,837,583원], 2005년 제2기 부가가치세 866,346,270원 부과처분 중 163,861,766원(= 866,346,270 - 702,484,504원), 2006년 제2기 부가가치세 825,752,670원 부과처분 중 166,443,577원(= 825,752,670원 - 659,309,093원), 2007년 제2기 부가가치세 916,692,520원 부과처분 중 212,655,068원(916,692,520원 - 704,037,452원), 2008년 제2기 부가가치세 1,000,820,620원 부과처분 중 224,474,124원(1,000,820,620원 - 776,346,496원)을 각 초과하는 부분을 취소한다. 원고 나머지 청구를 기각한다.

[별지 생략]