1. 원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고 뿐만 아니라 주식회사 AA테크놀로지(이하 'AA테크놀로지'라고 한다)를 제외한 이 사건 각 공급과 관련된 회사들이 모두 이 사건 각 공급 직전에 설립되었다가 이 사건 각 공급 직후 휴·폐업 상태로 전환한 점, 특히 AA테크놀로지는 이 사건 각 공급 이전에 동일 수법으로 영세율을 적용하여 부가가치세 환급신청을 하였다가 거부당한 전력이 있는 점, 이 사건 각 공급 및 그 이후의 거래는 원고를 포함한 관련 회사들이 이 사건 물건을 수입 또는 매입하였다가 아무런 가공도 하지 않은 채 매입 직후에 다시 매도한 것으로 거래 경위가 석연치 않다고 보이는 점, 원고와 AA테크놀로지 및 주식회사 BBB존(이하 'BBB존'이라고 한다)과의 거래금액이 수십억 원에 이르고, 거래기간도 원고의 설립 직후 2개월에 집중되어 있는 반면, 원고는 자본금이 5,000만 원에 불과할 정도로 규모가 영세하고 이 사건 물건의 수입에 소요된 거액의 자금조달 경위가 분명하지 아니할 뿐만 아니라 그 당시 및 현재의 대표이사도 컴퓨터 관련 부품을 수입한 경험이 전혀 없음에도 불구하고 아무런 거래관계가 없던 AA테크놀로지측의 제의로 회사 설립 직후 대규모 거래가 이루어지는 등 이 사건 물건의 수입을 위해 AA테크놀로지측과 원고의 설립 전에 미리 접촉하였을 것으로 보이고, 나아가 당시 AA테크놀로지측으로부터 이 사건 물건의 수입과 관련된 대략의 정보를 얻었다고 판단되는 점, 원고가 AA테크놀로지와의 거래개시 이전에 AA테크놀로지의 자금사정, 회사의 성격, 거래를 제의하게 된 경위 등에 대하여 구체적으로 확인하거나 위 회사의 신용과 관련된 아무런 자료를 확보하지 않은 채 공급가액 합계 80억 원이 넘는 이 사건 각 공급을 하면서 단지 구매확인서만 믿고 영세율 거래를 하였다고 주장하는 점, 원고가 이 사건 각 공급으로 얻은 이익은 거래액의 1% 정도에 불과하여 부가가치세를 환급받지 못하게 되면 손해액수가 적지 않게 될 것임에도 원고는 그로 인한 손해배상채무의 이행을 담보할 수 있는 아무런 방안을 확보하지 아니한 채 영세율 거래를 하였다고 주장하는 점[원고는 이 사건 각 거래에 관한 물품매매계약서(을 8호증)에 이 사건 각 공급이 수출을 전제로 한 것임을 명시하고, 만일 수출용으로 사용되지 않는 경우에는 원고에게 책임이 없음을 명시하였으나, 그러한 사정만으로는 손해배상채무의 이행을 담보하기에 부족한 것으로 보이고, 오히려 부가가치세 탈루 가능성을 염두에 두고 그와 같은 내용을 포함시킨 것으로 볼 여지도 있다], 원고가 환급신청한 부가가치세액이 8억 원이 넘는데도 원고는 이 사건 구매확인서에 대한 승인이 취소되었다는 통보를 받고서 AA테크놀로지에 대하여 부가가치세 미환급에 따른 법적 조치를 진행할 것이라는 통지(갑 11호증)를 하였을 뿐 그 이외에 AA테크놀로지나 BBB존에 대한 형사고소는 물론 위 각 회사로부터 부가가치세를 지급받기 위한 어떤 조치도 취하지 않은 점 등의 사정을 종합하면, 원고는 적어도 이 사건 거래 당시 이 사건 구매확인서가 발급절차상 하자가 있음을 알면서 이 사건 각 공급을 하였거나 이 사건 물건이 해외로 수출될 것이 아니라 국내에 유통될 것이라는 사정을 알고 있었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 각 공급은 영세율 적용 대상이 아니라고 판단하였다.

2. 그러나 원심판결은 다음과 같은 이유로 이를 수긍할 수 없다.

재화의 공급자가 구매확인서에 의하여 재화를 공급한 경우에 그 구매확인서의 발급에 흠이 있어 사후에 그 구매확인서의 승인이 취소되었다고 하더라도 공급자가 재화를 공급할 당시 그 구매확인서의 발급과정에 흠이 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급이 영세율 적용대상에서 제외된다고 할 수는 없고(대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두3642 판결, 대법원 2004. 8. 30. 선고 2002두9100 판결 등 참조), 공급자가 구매확인서의 발급과정에 흠이 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것이다.

원심이 인정한 사실에 의하더라도, 원고가 이 사건 공급을 할 당시 각 구매확인서의 발급 과정에 하자가 있음을 알고 있었다거나 이 사건 물건이 수출되지 않고 국내에서 소비되리라는 점을 알았다고 볼 직접적인 증거는 없다는 것이고, 한편 원고는 이 사건 물건을 수입하면서 그에 대한 10%의 부가가치세를 먼저 납부하고, 영세율을 적용하여 AA테크놀로지 등에 매도하면서 약 1%의 이익을 취하는 거래를 하였다는 것인바, 만일 원고가 이 사건 구매확인서에 하자가 있다거나 이 사건 물건이 수출되지 않고 국내에서 소비되리라는 점을 알았다면 영세율 적용이 부정되어 미리 납부한 8억여 원의 부가가치세를 환급받지 못하게 할 위험을 부담하게 되는데, 원고가 그러한 위험을 감수하면서 손해를 담보할 아무런 방안을 확보하지 않은 채 매출액의 1%인 8,000여만 원의 이득을 얻기 위해 이 사건 구매확인서에 하자 등이 있다는 점을 알면서 이 사건 거래를 하였다는 것은 현저하게 경험칙에 반하므로, 이 사건 각 공급 및 그 이후의 거래는 원고를 포함한 관련 회사들이 이 사건 물건을 수입 또는 매입하였다가 아무런 가공도 하지 않은 채 매입 직후에 다시 매도한 것으로 거래 경위가 석연치 않은 점 등 원심이 인정한 모든 사정을 종합하여 보더라도 원고가 이 사건 구매확인서의 발급절차상 하자 또는 이 사건 물건이 해외로 수출될 것이 아니라 국내에 유통될 것이라는 사정을 알고 있었다고 단정하기에 부족하다 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심은 원고가 이 사건 거래 당시 이 사건 구매확인서가 발급절차상 하자가 있음을 알면서 이 사건 각 공급을 하였거나 이 사건 물건이 해외로 수출될 것이 아니라 국내에 유통될 것이라는 사정을 알고 있었다고 봄이 상당하다고 쉽게 인정하여 이 사건 각 공급은 영세율 적용대상이 아니라고 판단하고 말았으니, 원심판결에는 영세율 적용에 관한 법리를 오해하였거나 채증법칙을 위배하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.