청구인은 서울특별시 양천구 O동 OOOOOOOO 소재 대지 615㎡를 1979.3.23 취득하여 국민주택을 건설하기 위해 결성된 OOOO지역주택조합등 3개 주택조합에 1989.11.23 양도한후 1990.5.31 과세표준확정신고를 하고 기준시가에 의해 양도차익을 계산하여 양도소득세 72,506,210원을 납부하였으며 처분청에서는 청구인이 신고납부한 세액의 계산에 오류가 있다 하여 기납부한 세액중 3,742,890원을 청구인에게 환급하는 것으로 이 건 과세처분을 확정 결정하고, 1991.1.4 청구인에게 이를 통지하였으며 청구인은 1991.1.24 OO은행 OOOO지점에서 동 환급금을 수령한 사실이 있다.

한편, 청구인은 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도하였으나 양도소득세 감면대상인 사실을 인지하지 못하고 양도소득세를 납부하였던 것이므로 기납부한 세액의 환급을 요구하는 내용의 심사청구를 1994.3.12 국세청장에게 제기하였으나 국세기본법 제61조 제1항의 규정에 의하면 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날로부터 60일내에 하도록 규정되어 있는 바, 청구인이 이 건 과세확정처분이 있은 것을 안 날은 청구인이 주장하는 바와같이 1994.3.2이 아니라 늦어도 처분청의 통지에 의해 청구인이 환급금을 수령한 1991.1.24 이전으로 보아야 하므로 이날로부터 3년이상이 경과된 1994.3.12에야 이 건 심사청구를 한 것은 법정 청구기간이 경과한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.