청구법인은 농촌지역의 관급토목공사를 주로하는 영세법인으로 처분청은 1998.11월 청구법인에 대한 법인세조사를 하여 1996.1.1～1996.12.31 사업연도(이하 “1996사업연도”라 한다)법인세과세표준 및 세액신고시 청구외 OOOO등으로부터 간이세금계산서를 수취하여 원가로 계상한 76,114,530(이하 “쟁점원가”라 한다)을 실물거래가 없는 가공거래로 보아 손금불산입하고 법인세과세표준과 세액을 경정하며 1999.1.18 청구법인에게 1996사업연도 법인세 16,489,220원을 고지하였고 그 귀속이 불분명하다 하여 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.2.1 이의신청, 1999.4.22 심사청구를 거쳐 1999.9.13 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인주장

(1) 처분청이 청구법인에 대한 1996사업연도 법인세조사시 공사원가로 계상한 재료비 414,682,820원중 쟁점원가를 가공으로 보아 손금부인하여 법인세를 과세하고 대표자에 대하여 상여처분하였으나 1996년중 공사현장 증빙을 관리하던 청구법인대표의 부인이 사망하여 증빙을 누락하였고 이를 보충하기 위하여 이에 상응하는 가공재료비를 계상하였던 것이 처분청의 법인세조사시 적출된 것으로 청구법인이 당초 법인세신고시 반영하지 못한 누락된 노무비 91,230,000원중 과세적부심에서 인정받은 22,505,000원을 제외한 나머지 68,725,000원을 손금으로 인정하여야 한다.

(2) 처분청이 청구법인에 대한 법인세조사시 가공재료비 부인액은 98,619,530원으로 전체재료비의 31%이며 청구법인이 1996사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 누락한 노무비 91,230,000원은 신고한 노무비의 68%로서 주된 공사원가의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때에 해당하므로 청구법인의 1996사업연도 소득금액은 추계조사방법에 의하여 결정하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인이 대표자 개인주택신축자재비와 실물거래가 없는 간이세금계산서에 의하여 재료비 110,659,030원을 가공으로 계상하였음을 청구법인의 대표이사가 확인하였고 과세적부심사에서 청구인의 주장중 지출이 확인되는 식대등 12,039,000원과 노무비 22,505,000원을 인정하고 쟁점원가를 손금부인하였으며

(2) 청구인이 추가로 작성하여 제시한 일용직급여대장과 가공계상한 재료비를 제외한 기장내용은 사실로 인정되므로 실지조사에 의한 각 사업연도 소득금액계산은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(가) 청구법인이 주장하는 쟁점원가에 대응하는 노무비를 공사원가로 손금인정할 수 있는지의 여부와

(나) 청구법인의 장부의 중요부분이 미비 또는 허위인 것으로 보아 소득금액을 추계에 의하여 결정할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

법인세법(1996.12.30 법률 제5192호로 개정되기 전의 것) 제9조(각 사업연도의 소득) 제1항에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며 제3항에서 “제1항에서 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급·잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다”고 규정하고 있으며 같은법 제32조(결정과 경정)제3항에서는 “정부는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다(79.12.28 개정)”고 규정하고 있다.

법인세법시행령(1996.12.31 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것)제12조(수익과 손비의 정의)제2항에서 “법 제9조 제3항에서 ‘손비’라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다(81.12.31 개정)”고 규정하고 제2호에서 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용”을 제3호에서 “인건비”를 규정하고 있으며 같은법시행 제93조(과세표준의 추계결정) 제1항에서 “법 제32조 제3항 단서에서 ‘대통령령이 정하는사유’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다(79.12.31 개정)”고 규정하고 제1호에서 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때”를 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

처분청이 청구법인의 1996사업연도에 대하여 법인세조사를 하여 쟁점원가를 가공공사원가로 보아 손금부인하고 법인세과세표준과 세액을 경정결정하여 법인세 과세하고 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분한 데 대하여 청구법인은 당초 법인세신고시 누락한 노무비를 공사원가로 손금인정하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 경기도 평택시 OO면에 소재하며 주로 농지개량조합의 수로보수공사와 면사무소로부터 소액의 관급공사를 도급받아 시공하는 영세법인으로 1996사업연도 수입금액을 641,464,934원으로 공사원가를 원재료비 414,682,826원, 노무비 133,070,000원 등 547,752,826원으로 하여 법인세를 신고하였는 바, 처분청은 1988.11월 청구법인에게 대한 법인세를 조사하여 1996사업연도에 청구법인이 공사원가로 계상한 원재료비 414,682,826원중 98,619,530원의 가공거래를 적출하여 손금불산입하고 과세표준과 세액을 경정하여 청구법인에게 결정전조사내용을 통지하였고 이에 대해 청구법인은 1988.12.11 노무비가 91,230,00원 신고누락되었으므로 이를 원가로 인정하여야 한다는 과세적부심사청구를 하였고 처분청은 노무비 22,505,000원을 추가로 인정하여 법인세 16,489,220원을 과세하고 쟁점원가를 청구법인의 대표자인 청구외 OOO에 대한 상여로 소득처분하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(나) 청구법인은 1996년 공사현장의 증빙을 관리하던 청구법인의 대표의 부인이 사망하여 공사원가와 관련된 노무비등의 증빙서류를 누락하였고, 1996 사업연도 법인세신고시 누락한 노무비를 보충하기 위하여 이에 상응하는 가공재료비를 원가로 계상한 것이므로 처분청이 쟁점원가를 손금부인하려면 당초 법인세신고시 반영하지 못하고 누락된 노무비 68,725,000원을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하며 일용직급여대장, 공사원가계산서, 예금거래내역서, 급여수령시 날인된 인감의 인감증명서를 제시하고 있다.

(다) 청구법인은 1996사업연도 법인세신고시 증빙이 불비하여 노무비 68,725,000원은 신고누락하였다는 주장이나 청구법인이 제시한 일용직 급여대장을 보면 1996년 월별로 날짜를 표시하지 아니한 채 인별 출역일수만을 표기하였고 일일노임단가를 일률적으로 35,000원으로 하여 매월의 급여액을 산정하고 있어 일반적인 토목공사업체의 노무비관련대장으로 보기 어렵고, 신고누락되었다고 추가로 제시한 노무비가 당초 신고시의 노무비와 구분되지 아니하고 일용직급여대장의 출역인원이 이중으로 등재되어있으며, 청구법인의 대표가 일용직급여대장이 사후에 작성된 것을 법인세조사시에 시인한 점 등을 보면 청구법인이 제시한 일용직급여대장은 신빙성이 있다고 인정하기는 어렵다 할 것이다.

(라) 또한 청구법인이 노무비지급과 관련한 증빙으로 제출한 OOOO조합중앙회 OO지점이 발행한 예금거래내역을 보면 1996.1.4～1996.12.31 기간의 입출금내역이 기재되어 있을 뿐 출금된 금액이 어디에 어떠한 용도로 지급되었는지에 대하여 나타나지 아니하고 이를 입증할 수 있는 증빙의 제시가 없어 청구법인이 공사와 관련하여 68,725,000원의 노무비를 추가로 지급하였다는 주장이 증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 처분청이 이를 손금으로 인정하지 아니하고 법인세를 과세하고 대표자에게 상여로 소득처분한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 예비적청구인 쟁점2에 대하여 본다.

청구법인은 1996사업연도 법인의 소득금액을 추계조사방법에 의해 결정하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 1996사업연도 법인세과세표준신고서의 수입금액은 641,416,934원, 과세표준금액은 17,671,365원, 산출세액은 2,827,418원으로 공사원가중 원재료매입액은 414,682,826원, 노무비는 133,070,000원으로 신고하였으나 처분청이 청구법인에 대한 세무조사결과 원재료비 98,619,530원이 허위로 신고되었음을 확인하였고 청구법인이 91,230,000원의 노무비를 신고누락하였으므로 이는 장부의 중요한 부분인 재료비와 노무비가 허위인 경우에 해당하고 또한 실지조사에 의한 결정소득율은 14.5%로서 추계에 의한 결정소득율(7.8%)을 크게 웃돌고 있으므로 청구법인의 각 사업연도소득을 추계조사방법에 의하여 결정하여야 한다고 주장하고 있다.

(나) 그러나 청구법인은 1996사업연도 법인세과세표준신고시 법인세법령의 규정에 의한 관련장부에 근거한 필수적 첨부서류를 첨부하여 제출하였고 처분청이 청구법인의 법인세조사시 재료비 98,619,510원을가공계상한 것으로 밝혀졌으며 청구인이 노무비를 신고누락하였다는 거증으로 제시한 일용직급여대장은 쟁점(1)에서 살펴본 바와 같이 사실로 인정할 수 없는 점을 감안하면 당초 신고시 청구법인이 제출한 기장내용에 따라 소득금액을 계산할 수 있다 할 것이므로 실지 조사에 의한 결정소득율이 추계결정소득율보다 높다 하여 추계결정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 실지조사에 의하여 각 사업연도소득금액을 계산하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.